推進與德意志新教同盟的協商
1534年，教皇克萊門特七世在憂憤中死去，繼任教皇是保羅三世。
為避免重蹈覆轍，保羅迫切希望能通過召開一次大公會議來解決近年來產生的宗教紛爭以恢復羅馬天主教會昔日的榮耀。
無論是亨利還是德意志新教王公，他們都對這個即將召開的宗教大公會議感到憂慮，因此在這一問題上共同的利害促使雙方趨向接近。
巴恩斯與德意志新教神學家的密切聯繫以及此前他展現的出色外交技巧，令他再一次被大臣克倫威爾選中作為英國與新教聯盟之間的聯絡人。
1535年7月，這位皇家使節被送至德意志，英王給他下達的詳細指令表明他對英國此時政治形勢深感擔憂。
指令主要內容有這樣三點:
第一，巴恩斯此行應代表國王鼓勵新教聯盟的王公堅定反教皇權立場，並獲悉王公們在公會議上將維護的基本原則。
第二，表達亨利想要加入新教聯盟的意願，並展示英國國內的佈道書以證實亨利推動改革的意志，聲明英國隨後將派遣一個正式使團來訪，希望能受到王公們的熱情接待。
第三，表達亨利改革福音濫用問題的決心，並且誠邀神學大師梅蘭希頓來英國展開神學研討。
為表明巴恩斯的使者身份，以博取德意志王公的信任，英王特意頒授了一份委任狀，並在上面親切稱巴恩斯為博士。
9月巴恩斯到達維騰堡，目的是尋求他在德意志舊友對此番行動的支持。
幾天後，一封簽署著路德、布根哈根、喬納斯以及克魯齊格名字的聯名信函給了薩克森選侯，他們在信中請求選侯准予接見巴恩斯。
但是由於還未清楚彼此的立場，這次的接見純粹屬於私人性質，連向來固執的路德都滿懷信心地說道:「誰能預料到上帝會怎麼做呢?他的智慧與意志遠不是我們所能想像的。」並鼓勵大臣布魯克努力促成巴恩斯與選侯的私人會面。
巴恩斯在德意志人中間受到的普遍尊敬，在這些信件中體現出來，即便是曾與亨利發生過激烈爭論的路德，也對英國與新教同盟聯合的前景充滿了期待。
而此前英國派出的使者斯蒂芬·沃恩、克里斯托弗·蒙特以及佩吉特與德意志的諸侯進行協商卻接連遭遇「滑鐵盧」，這就更體現出巴恩斯作為被個德意志人所接受和信任的使節的價值。
令人欣喜的是，巴恩斯與薩克森選侯弗雷德里克的私人會面進行地十分順利路德和梅蘭希頓都在寫給友人的信中告知他們:「選侯像接待老友一般接見了安格盧斯博士，兩人聊得十分投機。」
選侯在與大臣布魯克的幾番通信之後，乃決定於9月21日在耶拿(Jena)為巴恩斯安排一次正式會議。
在此次會議上，巴恩斯向選侯呈遞了英王擬定的文書，並且向選侯陳述了亨利提出的三點倡議。
會議七天後，選侯寫信給亨利，對他提的三點提議進行了一一回復。
巴恩斯與薩克森選侯的兩次成功會面，為英國正式使團的來訪打下了堅實基礎。
11月28日，由赫里福德主教愛德華·福克斯、坎特伯雷副主教尼古拉斯·希思率領的使團抵達愛爾福特(Erfurt)受到了薩克森大臣布魯克以及布查迪特的盛情款待。
在一系列預備會議之後，英國使團前往施馬爾卡爾登會晤新教諸侯，並進行了一番長時間的討論。
英國的代表們發現在許多問題上他們與聯盟的諸侯能夠達成一致，德意志諸侯們樂意授予亨利「施馬爾卡爾登同盟的捍衛者」的稱號，但是他們堅持要把接受《奧格斯堡告白》和路德派教會儀式作為任何同盟的首要條件。
政治上的協商結束之後，神學上的討論於在次年3月提上了日程巴恩斯於使團到達一個月後向克倫威爾報告說福克斯主教即將去德意志新教發源地維騰堡討論教義問題。
雙方主要根據《奧格斯堡告白》的內容進行逐一探討，但為了避免引發不必要的爭執，討論並未涉及主要的四項福音濫用問題。
巴恩斯在這些討論中的立場十分清晰，他在維騰堡的流亡生涯以及與德意志改教家之間的交流對他的思想有著深刻影響，現在他在討論中自然也積極響應奧格斯堡信條的核心要義，鼓勵代表們接納路德派的信仰綱領。
雙方神學討論的結果便是《維騰堡信條》的產生，它包含16條，基本根據是《奧格斯堡告白》和《辯護》寫成，但又存在著的本質區別。
《奧格斯堡告白》是對信仰的聲明以及立場的辯護，《維滕堡信條》則體現出路德派為擴大新教陣營而願意妥協的意願，其中多處可見為促進雙方的聯合而做出的讓步。
巴恩斯一直參與討論，並在會議結束後將最終達成的《維滕堡信條》這一文件帶回國內。
在與羅馬教廷決裂之後，亨利八世成為英王國教會事實上的「教皇」。
由於他極其珍惜來之不易的獨立主權，不願再臣服於任何國外的教會勢力，因而他拒絕全盤接受路德派的信仰綱領，這就導致了雙方協商最終的失敗。
作為雙方首次正式協商的聯絡人，巴恩斯難掩對此次結果的失望之情。
在大陸流亡的這段期間，他廣泛接觸了路德宗的教義對並對其有了深刻的理解，在英國斷絕與羅馬的聯繫、建立獨立的民族教會之後，他急切地盼望英國能再次擁有純潔、虔誠的教義。
並為此進行了不懈努力，為英國使團的正式訪問搭橋鋪路，奠定了雙方友好溝通交流的基礎。
但不可否認的是，此次英國使團的訪問仍取得一定成效，德意志新教聯盟同意在合適時機派遣使者出訪英格蘭，商榷共同的教義綱領。
英王亨利在他的兩任妻子接連死去後，他與神聖羅馬皇帝的敵對關係也有了緩和。
此外，他忙於鎮壓因反對改革而爆發的北方叛亂即巡禮求恩運動，因此這段時間中斷了英德的交流，協商一事復歸沉寂。
巴恩斯在國內失去了同情新教的安妮女乾的支持，因而他的處境急轉直下。
1536年6月在寄給德國朋友的信中，他說:「我仍被允許佈道，但國內形勢已十分不明朗。」失去了保護人的巴恩斯，在經濟上開始捉襟見肘，他寫信給克倫威爾，指責教士戈斯特維克剋扣他擔任特使期間的薪水，請求克倫威爾看在往日的情面上予以援助，卻遲遲沒有得到對方的回應。
戈斯特維克見巴恩斯無依無靠，更變本加厲地欺凌他。
11月，他指控巴恩斯在葬禮上的佈道涉嫌異端而將其投入倫敦塔。
雖然巴恩斯在克倫威爾的營救之下獲釋，但是，他出獄後的生活也始終籠罩在保守派勢力的陰影之下，只能靜候下一個命運轉機的到來。
國際政治的核心長期以來就是一個權力和野心的問題，因此當危機再一次來臨之時，亨利八世不得不考慮重啟與德意志人的協商，巴恩斯依舊是他最得力的使者人選。
參與「十三信條」神學討論
1538年初，英國與德意志新教聯盟之間的關係再度迎來回暖期，雙方拋開此前不愉快的協商經歷，此時都期望能實現真正的聯合。
原因主要有以下三點:
其一，雙方共同面臨著更強大的對手入侵的威脅。
英王和新教王公們對於皇帝和法王的友誼而深感不安，而他們作為天主教勢力的兩大巨頭，其聯手的實力不容小覷。
其二，亨利八世發表的反對公會議的論述在德意志新教地區備受歡迎。
德意志新教神學家對亨利在書中所表達的堅定立場感到既驚又喜，爭相傳閱，書籍在短時間內至少印刷了三個版本。」
其三，維滕堡導師梅蘭希頓的努力。
在協商一事復歸沉寂以後，梅蘭希頓憑藉他在亨利八世心中頗高的聲望，代表選候給亨利去信，委婉而懇切地詢問英王對此前英德雙方協商所產生的維滕堡信條的意見亨利很快回信稱讚道:「德意志兄弟對於公會議的態度必將受到每個基督徒的敬仰」。
而對教義問題的分歧，他則表示希望聯盟能派遣有學問的人前來商討。
在以上三個因素共同催化之下，英國與德意志新教聯盟的溝通之門再次打開，幾番通信以及私人信使的來往之後，聯盟同意派代表來英國探討神學問題。
使團由薩克森公國副相弗朗西斯·布查迪特、哥達的教長弗雷德里克·米科紐斯以及漢薩貴族約翰·博恩堡組成。
他們於1538年春天到達英國，亨利為他們舉行了熱烈而降重的歡迎儀式。
之後，雙方就神學議題進行討論。
英方由三名主教、四名博士組成的委員會代表參與討論，包括克蘭默、約翰·斯托克利、桑普森、尼古拉斯·希思、喬治·戴、尼古拉斯·威爾遜、以及羅伯特·巴恩斯。
從英方參會人員構成可以看出國王對於此次會議的深思熟慮，一方面他安排新教領袖克蘭默負責主導全局，另一方面，為防止會議偏向激進一方，他同時安插保守派勢力的代表倫敦主教斯托克利進行平衡。
值得注意的是，巴恩斯在會議期間被安排加入了德方參與討論。
這種安排是不僅僅是出於對巴恩斯所持教義立場的認知，同時也希望他能夠充當個調解角色來促進會議的順利進行，因為他既是一名堅定的路德派擁護者，也是英王忠誠的臣屬。
雙方在四個月間每周都要進行例行會議，針對《維騰堡信條》的內容進行逐一探討。
巴恩斯在德意志學習期間對路德派教義有了深刻的理解，他十分認同梅蘭希頓在《奧格斯堡信條》中對教義和禮儀問題的闡釋，迫切希望在雙方討論後將路德宗教義引入英國。
但是，會議的實際進展卻不如巴恩斯所願，由於保守派的干預，雙方在福音濫用問題的討論上一直停滯不前。
加之，薩克森選候將這些問題視為核心，並將糾正這些問題作為任何成員加入聯盟的基礎，因而德方代表絲毫不敢懈怠。
在幾番僵持之後，聯盟代表們厭倦了這種沒有進展的討論，於是在8月5日，將他們的立場清晰地寫明呈給英王。
他們譴責英國教會仍存在福音濫用問題，希望英王作為教會的至尊領袖能夠及時予以糾正。
由於亨利的回復顯示他無意這樣做，這就徹底澆滅了德方代表和巴恩斯力圖在在教義一致的基礎上建立同盟的幻想。
如同此前協商產生《維滕堡信條》--般，這一次英國與聯盟的代表們就教義問題的討論也達成了部分條款，即由克蘭默整理成《十三條信條》。
對於巴恩斯而言，雖然雙方未能針對福音濫用問題達成一致，他希望英國能夠全盤引入路德宗教義的願望也未能達成，但是，他全程參與了討論，並為《十三信條》的產生做出了很大努力。
《十三條信條》的內容打上了濃厚的路德派教義的色彩，它對於《奧格斯堡告白》的迴響隨處可見，甚至連語句運用上也有部分與其一致。
其中，第三條「論基督的兩種屬性」對應《奧格斯堡告白》當中的第三條「論上帝的兒子」，只是在語法上做了一定調整。
經由克蘭默主編的《十三條信條》就成為英國教義信綱的重要藍本。
新教聯盟代表們離開英國以後，他們所提出的英國存在著五項濫用以及基督在聖餐中的臨在問題，成為了神學家們關注的核心，因為有消息稱，以否認基督真實臨在為主要特徵的兩種大陸異端已經在國內出現，就是是再洗禮派和聖餐象徵論派。
由於大臣克倫威爾發現國內已有再洗禮派活動的痕迹，1538年10月1日，他下令成立調查再洗禮派專案的委員會，委任克蘭默、斯托克利、巴恩斯等九人負責。
正當巴恩斯忙於辦理國內的再洗禮派案件時，他發現處理聖餐象徵派的任務同樣迫切，而持有此種「異端」觀點的正是其早年的好友約翰·蘭伯特。
起初念及友情，巴恩斯決定與蘭伯特促膝長談，耐心地勸服他。
誰知經過與巴恩斯的爭論，蘭伯特反而愈加自信，開始公開宣傳聖餐象徵說。
巴恩斯敏銳地注意到問題的嚴重性，將蘭伯特所寫的對聖餐臨在的觀點報告克蘭默。
最終，蘭伯特被判處火刑，被作為反面教材警戒民眾挑戰官方正統教義的後果。
