（一）台灣
台灣防衛總司令部是台灣地區防務體制中的重要軍事指揮機構，其前身為1949年10月因第二次國共內戰而暫不存在的國民政府軍事委員會陸軍總司令部。1950年4月16日，台灣防衛總司令部在高雄縣鳳山鎮（現高雄市鳳山區）改組整編為「陸軍總司令部」，負責台灣地區陸軍的軍事事務規劃、督導及執行。1958年，根據當局軍事整編計劃，陸軍總司令部與台灣地區保安司令部等機構合併成立台灣警備總司令部。
台灣防衛總司令 孫立人（兼），安徽廬江人，非黃埔系出身，因與美軍關係密切而受蔣介石猜忌。
第4軍軍長 薛仲述，廣東樂昌人，薛岳二弟。
轄第59師（薛叔達）、第90師（彭問津）、第286師（陳鵬）。
第6軍軍長 蘇時，湖北枝江人，黃埔軍校第六期畢業。
轄第207師（周中峰）、第339師（馬滌心）、第363師（何俊）。
第18軍軍長 高魁元，山東嶧縣人，黃埔軍校第四期畢業，土木系成員。
轄第11師（劉鼎漢）、第43師（鮑步超）、第118師（李樹蘭）。
第23軍軍長 劉仲荻，江西龍南人，曾任中央軍校第一分校（南寧分校）主任。
轄第96師（陳輔漢）、第211師（魏蓬林）、第139師（劉雲五）。
第32軍軍長 李玉堂（兼），山東廣饒人，黃埔軍校第一期畢業。
轄第252師（康樂三）、第255師（柴正源）、第266師（馮陳豪）、第256師（耿若天）。
第50軍軍長 鄭挺鋒，海南文昌人，鄭介民胞弟。
轄第36師（張國英）、第91師（高芳先）、第147師（張家寶），另有第107幹部師。
第52軍軍長 劉玉章，陝西興平人，黃埔軍校第四期畢業。
轄第2師（郭永）、第25師（李有鴻）、第40師（張文博）。
第54軍軍長 張純，湖南湘鄉人，黃埔軍校第五期畢業。
轄第8師（謝志兩）、第198師（葉錕）、第291師（吳世英）。
第62軍軍長 李鐵軍（兼），廣東梅縣人，黃埔軍校第一期畢業，原胡宗南系二號人物。
轄第151師（羅懋勛）、第153師（李鑄靈）、第163師（林澤長）。
第63軍軍長 莫福如，廣東茂名人，薛岳舊部。
轄第152師（陳中堅）、第186師（黃質文）、第321師（黃錫彤）。
第64軍軍長 張其中，廣東蕉嶺人，黃埔軍校第四期畢業。
轄第131師（鄭彬）、第156師（張志岳）、第159師（倪鼎垣）。
第67軍軍長 劉廉一，湖南長沙人，黃埔軍校第六期畢業。
轄第32師（馮陳豪）、第56師（袁九鵬）、第67師（何世統）、第75師（王光堯）。
第75軍軍長 吳仲直，浙江諸暨人，黃埔軍校第六期畢業。
轄第6師（朱元琮）、第16師（曹永湘）。
第80軍軍長 唐守治，湖南零陵人，黃埔軍校第五期畢業。
轄第201師（鄭果）、第206師（邱希賀）、第340師（胡英傑）。
第87軍軍長 朱致一，江西於都人，黃埔軍校第六期畢業。
轄第222師（詹抑強）、第221師（吳淵明代）。
高雄、基隆要塞司令部。
（二）澎湖
澎湖防衛司令兼馬公要塞司令 李振清，山東臨清人，龐炳勛舊部。
第96軍軍長 於兆龍，山東濱縣人，五省聯軍出身。
轄第39師（韓鳳儀）、第87師（柴正源）、第121師（郭思義）。
（三）金門
金門防衛司令官 胡璉，陝西華縣人，黃埔軍校第四期畢業，土木系核心成員。
第5軍軍長 高吉人，陝西靖邊人，黃埔軍校第四期畢業。
轄第14師（尹俊）、第200師（麻心權）、第13師（劉明奎）。
第19軍軍長 劉雲瀚，江西大庾人，黃埔軍校第七期畢業，土木系成員。
轄第18師（孟述美）、第45師（勞聲寰）、第196師（張定國）。
（四）馬祖
馬祖指揮官，第92師師長李毓南兼。
