介入審判的批示五花八門
自此握有生殺大權，徹底破壞權力分立、審判獨立等等基本原則。利用判決核定權大揮屠刀的案例不勝枚舉，惟他在批示、手諭個案時表達的內容與私意要求很多樣，試以分類方式舉其犖犖大者數例參考。
（一）秋後算帳處理「敗將」
首先來看如何對待內戰中的同黨敗將。前陸軍新七軍中將軍長李鴻等16人，是由蔣於50年親自下令「密拿」偵辦的案例之一，罪名是向其投降後受命來台爭取孫立人附匪，偵辦初期準備依「顛覆政府而著手實施」論處，因涉及孫立人如何處理的難題，卻始終沒有裁決。
時任國民黨參謀總長的周至柔簽請指派審判長，以便開高等軍法會審，但蔣卻批示：
「應先將該案偵訊詳情報核後再定。」
作為孫立人的舊屬的李鴻等人，根據保密局初步偵訊，他們承認說過鼓吹孫立人附匪的話，當時孫立人雖然曾怒斥他們，不過，事後仍為他們安排職務。
經過漫長的四年歲月，不殺、不放、不審也不判，在55年孫立人被誣之前，蔣還手諭：
「囑孫總司令立人推薦審判官或軍法官一人參加會審。」
然後，該案才移送軍法單位進行偵查，其中12人先行判決無期徒刑及10年、7年不等有期徒刑，李鴻等4人則暫緩起訴而以「國防機密案件」繼續長期被秘密拘禁在情報局候辦。囑孫立人推薦審判官或軍法官一人參加會審。
後來因即將超過追訴期，國民黨總統府秘書長張群和參謀總長高魁元簽呈：
「仰體鈞座德意，念其過去功績，可否依法酌處無期徒刑，用示衿恤之意。」
在1971年4月，蔣以紅筆批示：
「此應照不到庭判決例，各處無期徒刑可也。」
進行不公開的宣判，以無期徒刑作結。
直到1975年蔣去世，李鴻自始至終都不知道審判結果，這才依減刑條例被減刑為25年獲得釋放後，軍法當局才發給判決書，他才知道自己被判刑的罪名是「陰謀顛覆，策反孫立人將軍」。
在1988年病逝，各界致贈的輓聯甚多，其中孫立人的輓聯最受矚目，這樣寫著：
「六十年親似兄弟，善訓善哉。本望長才大展，精練雄師，奈豎子預定陰謀，削我股肱，構陷詔獄！常勝軍縱橫南北，能守能攻。那期上將平庸，犧牲勁旅！願總統未遭蒙蔽，還君清白，洗盡沈冤。」
像國民黨抗戰名將李玉堂，被以匪諜案判處槍決。李玉堂是黃埔一期畢業生，在長沙會戰擔任第八軍軍長，為蔣效命不遺餘力，最後卻因小老婆是匪諜的罪名，被羅織下獄處死。
50年8月31日被判刑的李延年，曾擔任國民黨第六兵團的中將司令。也是遭遇同樣整肅命運的著名案例之一。
在解放戰爭末期，他是少數仍然效忠蔣的將領之一，但因非屬蔣嫡系，所以，處處受到排擠，唯他還是堅持到最後一役。
李延年和屬下第七十三軍中將軍長李天霞，在平潭之役退卻，原本是時任東南軍政長官公署的陳誠要辦他們，因故獲得交保，卻被蔣下令羈押嚴辦，交付高等軍法會審，湯恩伯以時任國民黨總司令的身份書面做證：
「李等堅守陣地。」
但因蔣只是為了達到整肅軍威的目的，指示對李延年、李天霞可以不用判處死罪，才判處無期徒刑，覆判後改為有期徒刑12年。
（二）指定審判官及罪刑，又處分審判官
《軍事審判法》第158條規定：
「案件經起訴後，軍法主官應按被告之職階，犯罪之刑名，擬定審判庭之軍事審判官，簽請軍事長官核定，其有軍官參與審判時，應同時簽請指派。」
但是，蔣經常據此指定審判長、審判官。
軍政部電雷學校歐陽格案，就是由蔣指派「撫恤委員會」主委何鍵擔任審判長，組織高等軍法會審。
又如整肅國民黨立委劉如心、馬乘風「通匪附匪」案，以及1950年吳石案，也都是由蔣指派審判長、審判官，他們當然必須毫無偏差根據「朕意」辦案。
被指定的審判官，其實是在替蔣背負奪取人命的罪責，如果不能依照蔣意旨判案，輕則被打入冷宮，重則遭受懲罰。
正是蔣在前述彭鼎宣案中手諭所示的，如有違逆他的旨意而輕縱，「該審判人員等當另依法究辦」的具現。
吳石案中有3位高級軍法會審的審判官，在終審期間，將吳石最後哀求輕判的懺悔情形轉報呈蔣，蔣竟勃然大怒，認為他們：
「審判不公，並為罪犯說情免刑，殊為不法之至，應即將該三員革除原職為要。」
周至柔認為只要記大過一次即可，蔣才勉予同意。
54年5月的郭振純等10人叛亂案，在保密局屈打成招及製作不實口供後，移送保安司令部軍法處，蔣對初審判決不滿意，在案情簽呈上除了批示其中3人：
「罪情慎重，均應發還嚴為複審。」
之外，也對梅綬蓀、彭國塤等二位初審審判官表達極度不滿，嚴厲批示：
「本部分審判如此草率，應將負責判決人員查報。」
蔣直接指示將該案的其中三人判處死刑，要求時任代理參謀總長的彭孟緝：
「閱後飭辦。」
至於二位審判官也分別受到處分，另加派一位中校軍法官周咸慶依批示參與會審。蔣繼續要求對軍警公教人員被判刑後，訴究其介紹人、保證人及主管之後。經過幾次對審判官嚴厲處分之後，審判人員接到「聖旨」後無不個個戒慎恐懼。
審判官、公職犯嫌的介紹人與保證人，既然都要為該案負責受處分，負責監禁相關人等當然更不能例外。
70年泰源監獄犯劫械逃獄案就有好幾位監所人員受到被重處。該案是白色恐怖統治期間，思想犯在獄中真正採取行動「再叛亂」的唯一案例。
獨派人士將該案稱為：
「泰源監獄復國革命事件。」
該案的江炳興等六人，分別因不同的台獨案被判有期徒刑，他們關押在泰源監獄時密謀草擬「台灣獨立宣言」及「文告」後，趁衛兵交接之際劫械逃獄，不久就先後被搜捕。
蔣在案情報告的簽文上以紅筆批示：
「如此重大叛亂案豈可以集中綠島管訓了事，應將此六犯皆判刑槍決。而賴、張、李等三犯以警衛部隊士兵，而竟與聞逆謀不報，無罪難宥，應照法重處勿誤。中正。」
蔣不但將泰源監獄誤為「綠島」，而且他要求將6人全部槍決，但其中的鄭正成並未參與襲擊衛兵行動，罪不致死，最後經過層層簽報，蔣才同意判處有期徒刑15年6個月。
又另外批示：
「監押叛亂犯之監獄，應著重監獄管理與人犯感訓，希飭深入檢討研擬有效辦法切實執行為要。蔣中正。」
在蔣嚴酷下令後，泰源監獄管理階層及警衛都遭到程度不同的處分，連軍法局辦案不夠快速，也被記過處分。
（三）更改判決，還要處罰介紹人、保證人
「二二八事件」的清鄉期間，就開始嚴厲實施連保連坐的措施，連保人必須為被保人的行為負責，此措施延續到後來的白色恐怖期間，但因執行不夠徹底，蔣遂多次在介入的案件中，特別以手諭強調必須徹底執行。
50年10月7日，在電信局報務佐張添丁等25名叛亂中，蔣除了作判決指導，還另外在手令上指示：
「所有已核准有關叛亂案各被告之現職軍警公教人員（已判決罪刑者）應轉飭將其介紹人、保證人暨單位主管人，詳為查明，在檢肅匪諜舉辦連保連坐辦法未正式公布施行前，應查照有關行政法令分別議處，並須自九月份起按月列表報核。」
在計梅真等35名郵電叛亂案中，也同樣指示：
「本案被告有29人為郵電機關現職人員，應將本案事實由國防部轉呈行政院通飭所屬單位，規定現職公教人員須認真考察，並切實辦理連保連坐切結。」
50年的蘇藝林匪諜案，涉案者多達約60人，在51年結案後，蔣仍下令：
「各該犯之保證人應加重議處。」
51年鄭海樹等33人匪幫台南市工作委員會案，經過更正判決後，有10人判死刑（6名台南工學院即今成功大學學生、3名教員、1名工人），蔣飭令：
「本案有24名為在校學生與現職教員，且均屬台省人，此點甚堪注意，如今各學校上不能根絕共匪滲入，則任何辦校成績均不足觀，本案被告中之學生教員等，應查明其所屬之學校，將該校長等嚴為議處，並應飭屬注意保防工作為要。」
52年蕭清安等16人台鐵員工叛亂案，是蔣家王朝整肅鐵路系統的案件之一。該案被告分住新竹縣、苗栗縣，是鐵路局的司機、檢車員或報務員等。全案遭判刑的員工，蔣同樣要求對其直接主管及保證人：
「均應查究責任議處報核。」
另外，所有遭判刑者的家屬都被列為「考管分子」，其中遭槍決的鄭秋徒，他兒子台大畢業服役期間更被列為「特殊家屬」考管。
59年，從台北成淵國中畢業的吳敏男（新竹人，剛滿17歲），到建國補習班準備投考高中，因與班主任發生齟齬，不滿之餘在該補習班廁所牆壁上，「以煙蒂頭書寫『偉人、共產黨萬歲』」，遭其他學生檢舉，由台北市警察局逮捕偵訊後移送警務處後，再送警備總部，偵訊過程備嘗逼供苦刑，最後以《懲治叛亂條例》第七條「以文字為有利於叛徒之宣傳」，判處有期徒刑2年。
（四）指示擴大偵辦、加重罪刑
凡介入審判最常見的，就是加重處刑及指示擴大偵辦。加重處刑幾乎發生在每一件介入的案件，而且以手諭或直接在案情報告簽文上批示改判死刑的居多。
蔣要求擴大偵辦的指示有時很直接，有時則是用點穴方式迂迴表達「朕意」，善於揣摩上意的軍法局高官就會絞盡腦汁擴大偵辦羅織。
林秋祥「桃園學生新民主主義青年團」案，是一宗很好的案例。該案原本只辦了26人，在蔣點穴之後，扯出好幾個案連累了200餘人，殘殺不少無辜人命。
被抓的26人都是桃園縣人，初審有4人判處死刑，另外，呂阿立、魏德旺、洪振益等3人原跟其他10人遭判有期徒刑12年，但蔣非常不滿意，批示：
「三名既認定均屬匪幫下級幹部，且有從事叛亂工作表現，犯情無可恕，應即改判死刑。」
結果，該案總共有19人的刑期改判加重，死刑由4人增為7人，且很快予以槍決。
對該案除了前述的批示之外，還有後半段蔣是這樣寫的：
「又查桃園縣地方迭據發生匪諜案件，且每案人犯數十，其居住地點多集中於該縣之龜山鄉、桃園鎮從事叛亂工作，應飭保密局將該縣政經警衛及社會一般情形密為詳查詳議該縣匪諜案件較多之原因，限一個月具報。」
台灣保安司令部及調查局被逼著急急忙忙分別撰寫調查報告：
「《桃園縣概況調查》、《桃園縣匪諜案件較多原因》，連台灣省政府也提了《桃園縣政治未步上正軌及山地警察人員保防經驗不夠一案報告》。」
國民党參謀總長周至柔綜合所有報告簽給蔣的意見指出：
「關於該縣政治之不能步上正軌、應如何督飭改進，及鄉村警察人員之素質應如何加強，擬由台灣省政府轉飭有關機關妥籌辦理，至保密局、內政部調查局及台灣省保安司令部之情報人員，應如何配置深入農村，及如何切取聯繫、增加效力，並商同國民黨中央改造委員會加緊發展該縣山區鄉村黨務，以組織民眾，同時如何運用鄉鎮機構學校工廠員工，潛作反間工作，俾使匪徒絕無潛伏處。」
周至柔建議由《台灣省情報委員會》召集上述各機關負責人商討辦法辦理。
蔣接受他的建議，下令國民黨國防部所屬的《台灣省情報委員會》召開了幾次「加強桃園地區肅奸工作會議」。參加的單位有：國民黨中央改造委員會、國民黨國防部保密局、國民黨調查局、國民黨憲兵司令部、台灣省保安司令部、台灣省警務處及刑警總隊、桃園縣警察局等。
會中，桃園縣警察局報告：中壢一帶匪諜頗多寄生於國民黨利用國民黨的力量掩護活動。調查局也說，匪諜甚有利用國民黨的力量以達其掩護目的者。兩者都直指問題重點是國民黨本身，國民黨中央改造委員會承認他們的說法，同意要訂自清辦法進行內部自清。
在最後一次會議上，決議成立「北部地區組織肅殘聯合小組」（所謂「北部地區」包含了新竹和苗栗），並訂定工作綱要，聯合小組總共包含八個情警特單位（國民黨台灣省黨部第三組也在內）。
不久，聯合小組迅速訂出《肅清桃園縣匪諜四項辦法》。
蔣手諭：
「飭照該辦法切實辦理。」
於是，開始雷厲風行地展開搜捕。
聯合小組的實效是同年立即有陳盛妙案判處5人死刑，接著桃園連續有：
李建章15人案、2人死刑；中壢私立義民中學案，10餘人都是中小學教員、學生，4人死刑；劉福增16人案，槍決2人；郭成4人案，2人處死刑；呂華璋等33人案，15人處死刑；林清良等7人案，3人處死刑；楊阿木2人案，1人處死刑；張旺等26位農民，12名處死刑....等等。
其實，鄭海樹33人案是屬於擴大偵辦的案子，該案是台大醫院郭琇琮叛亂案的衍生案，也是在擴大偵辦的指令下台南牽連出的眾多案件之一。
台南的麻豆案、玉井案、李媽兜案、蔡瑞欽9人處死案等等，都是在蔣要求擴大偵辦的大案，總牽涉人數超過200人。
從李水井、楊廷椅等參加地下組織匪諜案，看看蔣要求擴大偵辦及介入審判的情形。
然而，蔣看了判決大為震怒，下令退回判決，手諭：
「被告賴裕傳、......等，於參加匪黨組織後均有分任匪支部委員或支部書記等，積極為匪工作之事實，除應將賴等六犯均照原罪名改處死刑外，於均准照原判辦理。」
賴裕傳等人原本是判無期徒刑，保安司令部奉令後更改判決書，死刑增為11人（內有4名教員、2名台大法學院學生、1名醫生），1950年11月29日由40名憲兵執刑，11位年輕菁英被綁到台北馬場町，排成一橫排，被執行槍決。
（五）不發新聞及明文不提的案例
因蔣家王朝雷厲風行推動「肅清匪諜」任務，所以，警備總部或之前的保安司令部每當破獲叛亂案、匪諜案，都會大張旗鼓開記者會或發布洋洋洒洒的新聞稿，宣示鐵腕震懾威力。
50、60年代，報紙每隔幾天就會有破獲匪黨或槍決匪徒的新聞。但蔣對雲林施純忠案的手諭卻反常地特彆強調：
「以後非重要之匪諜案不必發表新聞。」
發生於1952年2月的施純忠等叛亂案，全案8人，除了2位分別是二崙鄉公所幹事、新營糖廠職員之外，其餘6人都是教員，分別任教於永定、崙背兩所國民學校。他們只因參加讀書會，閱讀左傾書刊，即被認定參加匪偽組織。
原本判決2人死刑，蔣批示還有3人積極為匪擴張組織，也應處死刑，最後5人槍決，其餘3人各判15年。
蔣對該案指導之客氣、含蓄極為少見，「非重要之匪諜案不必發表新聞」含意不尋常，一個案子抓了8人槍決5人，在他眼中竟然是「非重要」。
這個手諭，讓當時的保安司令部便在雲林大肆逮捕，羅織了好幾宗叛亂案、匪案，且有一發不可收拾之勢。
其中，因施純忠案中約略提到鍾心寬（二崙鄉公所總幹事），即將鍾心寬逮捕嚴刑逼供，又陸續逮捕雲林縣議員廖清纏、教員王金柱、醫師廖萬督、二崙鄉公所幹事李新實在等人，但人數仍不足構成「重要」地步，就又逮捕一堆無辜的農民，總共逮捕24人。
到1954年，保安司令部真的辦不下去才停止羅織行動。該案只有鍾心寬1人被判處死刑，另外，1人判15年、5人判12年、1人判5年，其餘濫捕的16人實在查無犯案實證而判無罪釋放。
後，從鍾心寬案又扯出貓兒干國民學校（今雲林豐榮國小）校長郭慶案，逮捕8人，除了郭慶是校長之外，有2名台西國民學校教員，3名公務員、2名農民。
審判結果，原本只有2名處死刑，當時的國民党參謀總長周至柔深諳蔣對全案的意旨，在上呈給蔣的簽文就多加了1名死刑，及把一名判7年的改為10年，蔣龍心大悅照準，最後更改判決為：
「3名處死刑、4名判10年、1名判2年。」
雲林二崙鄉公所經濟幹事林豹，也曾參加讀書會，因與該公所總幹事鍾心寬有關，在施純忠案風聲鶴唳時即棄職逃亡，但不久就遭逮捕並單獨判處死刑，等施純忠被槍決後也遭槍決。
另一位27歲的雲林護士高草，因遭指控擔任南北交通工作曾掩護郭慶，被判死槍決；她的同案遍及高雄、屏東共逮捕9人，3人判處死刑。
蔣對廖文毅案的手諭，是另一個異曲同工的案例。
廖文毅在終戰後不久展開獨立運動，輾轉港再入日，成立「台灣獨立黨」及「台灣共和國臨時政府」，後因擴張組織不力，逐漸形成分裂狀態，又遭蔣家王朝特務多點滲透，並挾持他在台灣的家屬和同志進行要挾，最終返台向蔣家王朝投降，接受毀諾的羞辱式低階職務安排。
蔣下令研究另一承諾返還被沒收財產的問題，時任總統府秘書長的張群、及由國民党參謀總長轉任總統府參軍長的周至柔，共同為廖文毅求情在簽文中說：
「投案態度坦誠，亟願以待罪之身對建國大業貢獻力量，以贖前愆，除仍予監管外，檢附廖文毅自白報告書一份、在東京反正聲明影本，敬請依法處分不起訴處分。」
蔣卻絕不能讓廖文毅恢復自由身，加倍嚴密監控其一言一行是蔣家王朝極權統治下的標準作業，可是，蔣也特別擅於掩飾實際作為偽塑觀瞻，因而在簽文上以毛筆將「除仍予監管外」幾個字框起來，並批示：
「『除仍予監管外』一語，明文不提為宜。」
（六）應即槍決及槍決可也
蔣通常在更改判決時，最常用的詞句是：「改處死刑」、「應判死刑可也」、「難照簽判，均處死刑」、「惡性甚大應改處死刑」；較少直接批「槍決可也」，像本文開頭提到的徐會之叛亂案，蔣就是這樣批示，這是比「終極判官」更低下的獨裁軍閥作為。
徐會之是在1949年11月底上海淪陷後，信心不堅迭與匪幹接洽，雖於輾轉抵達香港後自知悔悟，曾將附匪經過擬具報告自首，但是，正值對敗將進行嚴厲整肅之際，蔣氣急敗壞地以紅筆怒批：
「應即槍決可也。」
徐會之隨即被綁赴刑場。
還一案例更具代表性。國民黨軍法局局長包啟黃，是蔣的親信，長期擔任劊子手角色，專門依照蔣的旨意進行判決，對蔣言聽計從而極受信任重用，卻也長期藉勢貪污枉法，要求賄賂、勒索人犯，屢遭縱容，無人敢舉發，後來由於受冤者實在太多，陳情書如雪片般寄往總統府。
到了1954年9月紙包不住火，由時任保密局長的毛人鳳負責調查，遂爆發為駭人聽聞的重大貪污及勒索虐待監犯案。
蔣此時非辦不可，只好被迫忍痛斷袍，在毛人鳳的調查報告上批示：
「此案應即交軍法審判可也。」
並親自立即指派審判長、審判官進行審判，後來又在張群、孫立人兩人的判決提呈簽文上批示：
「包啟黃應即槍決勿延。中正。」
如此批示是蔣所有批示中僅見的，除了有「應即」，更有「勿延」，實在非比尋常，盛怒之情躍然紙上，軍法會審當然絲毫不敢造次，立即按裁示判決。擔任軍法局局長多年的包啟黃，專門依照蔣的旨意進行判決，後來也遭蔣下令槍決。
黃溫恭是屏東縣春日鄉衛生所主任，同案還有高雄縣燕巢鄉公所的民政股長陳廷祥、幹事許土龍，燕巢鄉農會理事長蕭明發、總幹事陳萬琳、信用部主任陳清祈，以及燕巢鄉橫山國校教導主任等人，都是燕巢鄉地方的意見領導人物。
他們只因經常相約聚會，遭調查局線民舉報為匪偽組織，其中是否涉及挾怨報復或派系藉政治進行鬥爭整肅，不得而知。
該案逮捕9人，包括1名岡山中學剛滿18歲的學生及1名年邁農夫。
52年，因李瑞東等20人叛亂案審結，蔣下令將該案分別判12年、10年的李瑞東等3人改處死刑，另指示：
「凡自首不誠確有實據，或為匪運輸槍械者，以後皆應以極刑論科。」
保安司令部原本對燕巢案只判陳廷祥一人死刑，但蔣根據自己的這道指示，立即再將曾經自首、領有自首證，初審判15年的黃溫恭，以「自首不誠」理由，批示：
「黃溫恭死刑。」
53年，陳廷祥、黃溫恭2人被槍決後，該案本應就此結案，蔣也已准予核備，但保安司令部意猶未盡，根據調查局對他案自首分子的偵訊，把該案判10年的許土龍、陳清祈兩人挑出來覆審，請示蔣怎麼處理，蔣照樣大筆一揮裁示：
「各處死刑。」
由國民黨代理參謀總長彭孟緝發交國民黨國防部軍法局執行槍決。
