宋朝皇帝推崇道教，搜遍天下道家之書，委派福州知府黃裳刻書傳世，黃裳生怕刻錯字被皇帝治罪，便逐字逐句認真校讀，常年累月下來竟然通曉道家真理，無師自通，習得高深內功，自己卻不知道。後來明教進入中原，宋朝皇帝派黃裳剿滅明教，不料明教高手如雲，黃裳派去的官兵悉數被殺，黃裳心中不忿，便親自前往討伐，後來黃裳被明教高手圍攻，不經意間卻打死了幾個明教高手，後因寡不敵眾，拚命逃走，逃到一處僻靜之地躲了起來，黃裳回想明教高手的招數，加上自己的道家根基，苦心鑽研，著成《九陰真經》。
後來《九陰真經》流落江湖，華山論劍便是為了爭奪《九陰真經》而設，第一屆華山論劍中神通王重陽力壓東邪西毒，南帝北丐。取得第一，《九陰真經》便歸王重陽所有。後來王重陽遇見一個和尚，這個和尚為了一睹《九陰真經》與王重陽斗酒，王重陽斗酒輸了，和尚看了一遍《九陰真經》，心中大喜，根據《九陰真經》創出《九陽真經》，後來《九陽真經》演變成少林九陽功、武當九陽功和峨眉九陽功，後來張無忌所學九陽神功亦是出自此書。
南宋時期，民族英雄岳武穆被害，武穆遺書流落民間，岳飛部將楊再興的曾孫楊鐵心與結義兄弟郭嘯天隱居臨安府牛家村，後金人完顏洪烈設計，郭嘯天慘死，楊鐵心流落江湖賣藝為生。郭嘯天妻子李萍帶著郭靖遠走蒙古，從小教郭靖民族大義，做人道理；江南七怪收郭靖為徒，教了十年，不見所長；後郭靖遇馬鈺，馬鈺教郭靖內功調息，郭靖武功一日千里。
後來郭靖入宋，遇黃蓉，黃蓉被郭靖人格魅力所吸引，在黃蓉幫助下，洪七公教郭靖降龍十八掌，機緣巧合下習得《九陰真經》，郭靖人生從此開掛，華山論劍稱「北俠」。後因偶像岳飛精忠報國所影響，郭靖夫婦攜《武穆遺書》鎮守襄陽，期間收養楊康之子楊過，楊過經過一番奇遇成「神鵰大俠」。後來蒙古軍隊進軍襄陽，楊過擊殺蒙古皇帝，蒙古退兵，華山論劍楊過稱「西狂」。隨後攜小龍女退隱江湖，將玄鐵重劍送與郭靖，郭靖夫婦以玄鐵重劍為基礎，鑄倚天劍屠龍刀，將《九陰真經》《武穆遺書》《降龍十八掌》置於刀劍之內。夫婦二人苦守襄陽五年，知道襄陽終會失陷，最終二人戰死襄陽，無愧俠之大者，精忠報國。
期間郭襄一遇楊過誤終身，流轉江湖，希望能與楊過碰面，但未能如願。曾隻身闖少林，遇見張君寶與覺遠大師，後離開少林，勸張君寶下襄陽投靠郭靖，張君寶望著郭襄遠走的倩影，心想一定要在江湖闖出名堂。
在江湖行走的郭襄聽聞襄陽城破，父母戰死，南宋滅亡，心灰意冷，開創峨眉派，廣收門徒。張君寶亦成長成張三丰，成一代宗師，開創武當山，收張翠山為徒。張翠山下山與殷素素流轉冰火島，生張無忌，後回歸中原，武林正派逼問張翠山夫婦屠龍刀下落，因不願出賣謝遜下落，紛紛自盡。
張無忌身中玄冥神掌，寒毒攻心，卻機緣極佳，習得九陽神功，又在光明頂習得乾坤大挪移，對抗六大派，解明教之危，又因與明教眾人淵源頗深，被奉為教主，後進少林救謝遜，得楊過後人相助，謝遜出家，得倚天劍屠龍刀，但看破江湖上的一切，攜趙敏歸隱冰火島，將教主之位交給朱元璋。朱元璋提出「驅逐韃虜，恢復中華」，一路北伐，勢如破竹，建立明朝，恢復漢家天下。至此，全故事完畢。
