1911年武昌起義的一聲槍響使清王朝的統治進入了倒計時狀態。1912年2月12日清朝歷史上最後一位皇帝愛新覺羅·溥儀頒布退位詔書。自秦始皇以來在中國延續2133年的皇帝制度就此畫上了句號，然而這並沒改變中國半殖民地半封建的社會性質。新生的民國處於一種內憂外患的境地：外有列強虎視眈眈，內有軍閥爭權奪利。袁世凱作為帝國的舊官僚卻堂而皇之成為了中華民國的大總統。
從此中國歷史進入到北洋軍閥統治時期。1915年12月袁世凱公然復辟帝制，結果在全國聲討之下失敗。袁世凱的皇帝夢僅僅做了83天就宣告結束。1916年6月6日袁世凱因尿毒症不治而亡。袁世凱死後原本由他統領的軍閥分成了直系、皖系、奉系等幾個較大的派系。除了由袁世凱的北洋系分化出來的直、皖、奉等派系之外地方上也崛起了桂系、滇系等一大批軍閥。
這種軍閥混戰的亂局並沒隨著國民政府取代北洋政府而終止，事實上直到1949年新中國成立前中華大地一直處於各路派系逐鹿爭雄的狀態。在不算國民政府中央軍的前提下民國時代的軍閥一共有16個大派系、40多個小派系、上百名大大小小的軍閥。整個民國時期各地各省幾乎都出現過易主現象，很少有軍閥能夠始終佔據一地。如此這般怎一個亂字了得？
城頭變幻大王旗可以說是民國時代的常態：這個地方今天可能是張大帥的地盤，可明天就變成了李大帥的地盤，等到了後天又不知道成為誰的地盤了。很多人在學習民國史的時候都會被一大堆軍閥人物的名字繞得稀里糊塗。實事求是地講民國時期的軍閥混戰歷史的確給人一種混亂的感覺。為了避免被繞糊塗就需要對這些軍閥人物各自所屬的派系有所了解，從而在混亂之中整理出一定的邏輯性條理性。
袁世凱麾下的王士珍、段祺瑞、馮國璋三人被譽為"北洋三傑"。袁世凱死後北洋系軍閥開始分化：段祺瑞憑藉手裡的兵權和大量追隨者成為了皖系軍閥的頭號人物，與此同時以馮國璋、曹錕、吳佩孚等人為代表的直系軍閥則成為與之分庭抗禮的對手。當直、皖兩系圍繞北京政府的統治權明爭暗鬥之時東北的奉系軍閥勢力也在張作霖的領導下日漸壯大起來。
從1912年2月15日袁世凱就任中華民國臨時大總統開始到1928年6月8日國民革命軍進入北京城為止這段歷史時期在中國歷史上被稱為北洋時期。這一時期由北洋軍閥分化而來的直、皖、奉三系圍繞中央政權的爭奪呈三足鼎立之勢，而地方上的桂系、滇系等軍閥則趁直、皖、奉三系混亂之時擴張自己的勢力範圍。袁世凱死後繼任總統的黎元洪和擔任國務總理的皖系首領段祺瑞之間的矛盾導致了府院之爭。
被稱為「鞭帥」的張勳趁機率部進京扶持清朝廢帝溥儀復辟，段祺瑞隨即以討逆軍總司令名義討伐張勳。趕走張勳恢復共和後馮國璋出任總統、段祺瑞出任總理。1917年總理段祺瑞與總統馮國璋就解決南北分裂、統一中國的方式問題發生第二次府院之爭。1917年11月22日段祺瑞辭職，次年3月22日復職。1918年10月10日馮國璋的總統任期屆滿後國會選舉徐世昌為大總統。
段祺瑞與馮國璋約定共同下野，然而實際上段祺瑞仍在幕後繼續操縱政權。 1920年7月14日-19日直、皖兩系大打出手。一開始直系攻勢略挫：皖系西路第1師師長曲同豐率部猛襲直軍，從而迫使直軍退出高碑店；與此同時皖系東路徐樹錚以西北邊防軍四獨立旅進攻張庄、蔡村、楊村。17日直系吳佩孚率兵突襲松林店，從而迫使皖系西路潰退。接著直軍佔領涿州並向長辛店追擊。
儘管皖系東路徐樹錚部追趕直軍到了北倉、李家嘴一帶，然而這時奉系出兵與直系夾擊皖系。歷時五日的直皖戰爭最終以皖系軍閥的落敗告終。直皖戰爭後直系代表人物曹錕被徐世昌總統任命為直、魯、豫三省巡閱使，吳佩孚也被任命為副使，同時還成立了直魯豫巡閱副使署。直、奉兩系軍閥由此控制了北京政權，而以段祺瑞為首的皖系則基本退出了歷史舞台。
直系和奉系在聯手打敗皖系後很快就圍繞權力分配的問題撕破了臉。1922年4月29日第一次直奉戰爭爆發：奉系軍閥以張作霖為總司令，直系軍閥以吳佩孚為總司令。雙方激戰6天後張作霖敗走。等到直系和奉系在英、美等國的調停下停戰之時直系已完全控制了北京政府。直系領軍人物之一曹錕通過賄選當上了大總統，但此舉激起了民眾的反對之聲，與此同時直系內部的矛盾衝突也愈演愈烈。
1924年9月中旬休整過後的張作霖捲土重來，吳佩孚奉曹錕之命領兵應戰。第二次直奉戰爭就此打響。正當張作霖與吳佩孚激戰正酣之際身為直系第三軍總司令的馮玉祥率部星夜回京發動政變：囚禁了總統曹錕，隨即宣布脫離直系，另行成立國民軍。後院起火對直系軍閥而言是致命一擊。到了11月初吳佩孚的部隊已潰不成軍。第二次直奉戰爭就這樣以奉系軍閥的勝利告終。
11月25日馮玉祥和張作霖共同擁戴段祺瑞出任中華民國臨時執政，但北京政府的實權其實掌握在奉系軍閥手中。1927年6月18日張作霖在北京就任陸海軍大元帥，代表北洋政府行使統治權，成為了國家最高統治者。1928年6月4日張作霖在瀋陽皇姑屯被日本關東軍預先埋好的炸彈炸死。1928年12月29日張作霖之子張學良通電全國宣布東北易幟，從此東北地區在形式上被納入南京國民政府的管轄。
第二次直奉戰爭中吳佩孚正與張作霖酣戰之時馮玉祥的臨陣倒戈令其陷於腹背受敵的局面。此後吳佩孚為分化對手不惜與打了多年的奉繫結成聯盟，從而得以集中精力以報馮玉祥反目之仇。兩年後的1926年6月吳佩孚和張作霖達成聯合組建北京政府、南北共分天下的計劃：在聯合攻下北京南口之後吳佩孚向南進攻廣東；張作霖則向北進攻北方的國民軍。
然而形勢的發展再次使吳佩孚的計劃落空：廣東國民政府發起了北伐戰爭，葉挺獨立團等部在鄂南汀泗橋、賀勝橋連續擊敗吳佩孚的部隊，吳佩孚試圖與川系、奉系軍閥聯合對抗北伐軍，然而終究還是回天無力——10月10日北伐軍攻下武昌城，吳佩孚逃往河南信陽。1927年4月19日武漢國民政府在武昌舉行二次北伐。吳佩孚在國民軍和北伐軍的夾擊下徹底失敗，率殘部逃往四川託庇於楊森，從此徹底退出政壇。
1915年皖系盧永祥率第十師南下駐軍吳淞，任淞滬護軍使。1919年五四運動期間盧永祥因鎮壓學生運動升任浙江督軍，成為一省軍政長官。儘管升任浙江督軍後的盧永祥名義上不再管轄上海，但他早已在上海經營多年，自然不會放棄已到手的地盤，於是他推舉何豐林接任自己在上海的職權，仍實際掌控著上海的軍政大權。這樣一來就出現了弔詭的一幕：民國時代的上海還不是直轄市，當時的上海隸屬於江蘇省。
按說上海理當由江蘇督軍管轄，偏偏身為浙江督軍的盧永祥卻實際掌控上海多年，如此一來就引發了盧永祥和江蘇軍閥派系之間的矛盾。1924年江蘇督軍齊燮元與浙江督軍盧永祥發生江浙戰爭。這場戰爭最終以盧永祥戰敗告終。第二次直奉戰爭後奉軍一度南下進入進入江蘇、威脅上海。奉軍的到來令毗鄰江蘇的浙江等省份的軍閥非常擔心奉軍會搶佔自己的地盤。
1925年10月浙江軍務督理兼閩浙巡閱使孫傳芳聯絡安徽的王普、福建的周蔭人、浙江夏超等各路軍閥以及暫時投靠奉軍的江蘇陳調元部共同組成了閩、浙、皖、蘇、贛五省聯軍。五省聯軍總司令孫傳芳在驅逐奉系勢力後一度擁兵數十萬。這一時期號稱「東南王」的孫傳芳與張作霖、吳佩孚並稱為「北洋三大軍閥」。民國十六年（1927年）2月孫傳芳組織兵力試圖阻止國民革命軍北伐，最終在主力軍消耗殆盡之後一蹶不振。
第二次直奉大戰後張作霖為了讓張宗昌在南方替自己擋住直系的反撲就默認了張宗昌的半獨立地位。由此形成的這一派系稱為直魯聯軍。直魯聯軍儘管擁有半獨立地位，但畢竟是由奉系扶持起來的旁支。奉系但凡有大動作都能得到直魯聯軍的配合。奉系在二次北伐中被北伐軍擊敗後直魯聯軍在北伐軍的打擊下短短數周便土崩瓦解。這一派系的代表人物有張宗昌、孫殿英、李景林、褚玉璞、方永昌、畢庶澄等人。
1866年河南巡撫李鶴年為阻止捻軍入豫招募了兩支軍隊：一是張曜統帶的嵩武軍；一是宋慶統帶的毅軍。末代皇帝溥儀退位後毅軍宣布擁護袁世凱，從而成為了北洋系的盟友。北洋時期毅軍先後投靠過皖系、直系、國民軍、奉系等各方勢力。奉系控制北京政府後張作霖擔心反覆無常的毅軍會再次投靠新靠山，所以就下令把毅軍繳械。這支誕生於晚清時期的老部隊就此從歷史舞台上消失了。
毅軍在發展過程中曾分化出定武軍、宏威軍等分支。定武軍的首領就是著名的辮帥張勳。張勳在毅軍和北洋系都混過，所以他對兩邊都很熟。民國建立後張勳所部改稱定武軍。當時其他部隊都已紛紛剪去辮子，而張勳麾下的定武軍依舊留著辮子，定武軍也因此被稱為"辮子軍"。張勳復辟失敗後定武軍瓦解：北上北京的五千人被皖系繳械，留在南方的兩萬人被安徽督軍倪嗣沖吞併。
宏威軍是毅軍的另一分支。1913年二次革命時期宏威軍趙倜奉袁世凱之命率部進入河南，後又追剿白朗起義軍，因功授河南護軍使，1914年督理河南軍務。袁世凱死後趙倜任河南督軍兼省長，成為了河南事實上的土皇帝。1920年直皖戰爭時期趙倜擁直反皖。戰後直系大將吳佩孚將趙倜排擠開，從而成為河南省的新主人。趙倜和他的宏威軍最終被馮玉祥消滅。
第二次直奉戰爭期間身為直系將領的馮玉祥臨陣倒戈導致了直系的瓦解。馮玉祥脫離直系後與孫岳、胡景翼等人一起成立了國民軍。在1925年10月的魯豫戰爭中胡景翼的部隊被直魯聯軍打敗。在1925年底1926年初的國奉戰爭中馮玉祥和孫岳被奉軍打敗後被迫退往綏遠。北伐戰爭期間馮玉祥於1926年9月在五原誓師。誓師大會上舉行了改旗易幟儀式：將北洋政府的五色旗更換為南方國民政府的青天白日旗。
國民軍改旗易幟後和張學良在東北易幟一樣標誌著在形式上對國民政府的服從。國民軍因此順勢蛻變為國民政府的西北軍。二次北伐後西北軍一度盛極一時。1928年5月27日孫岳病死後馮玉祥成為了西北軍的唯一首領。1930年馮玉祥聯合李宗仁、閻錫山與蔣介石在中原地區展開大混戰。中原大戰後西北軍分化瓦解出宋哲元系、石友三系、韓復榘系、孫連仲系、孫良誠系這五大派系。
辛亥革命爆發後陝西臨潼人李雲龍與張鳳鳴、南成祥、張明軒、丁增華等一批綠林義士組成「渭北刀客」。他們喊出了「殺官兵替天行道，打財主殺富濟貧」的口號。1912年9月「渭北刀客」在官道劉村伏擊了一隊官兵。此後「渭北刀客」逐漸由一幫江湖義士演變為在當時的陝西一支不可忽視的軍事力量。由陝豫刀客發展而來的陝軍先後參加過護國戰爭、護法戰爭。
第二次直奉戰爭中陝軍胡景翼部與馮玉祥聯合組建國民二軍，陝軍楊虎城部加入了國民三軍。這些加入國民軍的陝軍各部在國民黨時期被併入西北軍系，在經歷蔣馮戰爭、中原大戰之後陝軍各部又相繼獨立。從西北軍中獨立出來的陝軍各部被整編為國民革命軍第十七路軍：由楊虎城擔任軍長兼總指揮。1936年12月12日楊虎城和張學良聯手發動兵諫逼迫蔣介石抗日。
西安事變得以和平解決之後楊虎城被迫辭去西安綏靖公署主任及第17路軍總指揮職務。1937年6月蔣介石令楊虎城「出洋考察」。從西安事變開始到楊虎城離開西安出國為止第17路軍在蔣介石分化收買之下發生了大分裂。最終南京國民政府將第17路軍縮編為共22個團約4萬人的第38軍。1937年七七盧溝橋事變爆發後第38軍先後改編入第31軍團和第4集團軍。
光緒二十八年（1902年）山西省開始編練新軍。宣統三年九月八日（1911年10月29日）山西新軍起義成功後組織了山西臨時軍政府：推舉閻錫山為都督，溫壽泉為副都督。源於清末山西新軍的晉軍其實和北洋系沒什麼關係，不過晉軍在閻錫山的經營下發展得一直都很穩固。當皖系、直系、奉系三派打得一地雞毛之時山西始終沒受什麼大影響。國民政府北伐後閻錫山在1927年6月宣布加入國民黨。
此後閻錫山麾下的晉軍也和張學良的東北軍、馮玉祥的西北軍一樣在形式上隸屬於國民革命軍序列。二次北伐勝利後晉軍殺出山西，佔據了綏遠、華北等部分地區，從此晉軍也被稱為晉綏軍。在那個城頭變幻大王旗的年代裡山西的情況相當固定：在整個民國時期這裡一直是晉系閻錫山的地盤。從1911年辛亥革命一直到1949年新中國成立的38年間閻錫山始終在山西屹立不倒，堪稱是民國軍閥中的不倒翁。
廣東的粵系軍閥共有七大派：最早成名的是陳炯明的部隊。陳炯明是廣東革命政府早期的骨幹軍事領導人，但因為與孫中山政見不一而決裂。1922年6月16日陳炯明發動兵變：炮轟總統府和粵秀樓。8月15日陳炯明在廣州任粵軍總司令。1923年1月陳炯明在被滇、桂、粵聯軍組成的西路討賊軍擊敗後率部退守東江。1925年國民革命軍兩次東征徹底打垮了陳炯明的殘部。
陳炯明脫離孫中山後許崇智憑實力上位。許崇智的部隊是1919年廣東革命政府進攻福建時組建的（兵力大約有一個軍）。孫中山死後許崇智受廖仲愷遇刺案牽連被蔣介石排擠。許崇智這個粵軍頭牌人物下野後李濟深和李福林填補了粵系空缺。李福林的部隊是廣東土著武裝。廣州國民政府成立後李福林所部被改編為第五軍。後來李福林因為支持汪精衛而被蔣介石排擠下野，其麾下所部被李濟深派吞併。
李濟深的部隊源於陳炯明所部。北伐時該部改編為第四軍。後來蔣介石與李宗仁的新桂系大戰期間怕李濟深會支持李宗仁，所以就把李濟深誘騙至南京施以軟禁。李濟深被軟禁後他的三個師長陳銘樞、陳濟棠、張發奎宣布擁護中央，於是這三個人又形成了三派粵軍：陳銘樞派粵軍就是第二十九路軍，福建事變後被中央軍以武力解散。相比之下陳濟棠一度成為統治廣東的大軍閥，因此被時人譽為「南天王」。
粵軍張發奎派曾是武漢國民政府擁護汪精衛的台柱力量。後來廣東大部分地區被陳濟棠派控制後張發奎只好把部隊指揮權交給蔣介石。這一派粵軍也就成為了中央軍的旁系部隊。國軍著名將領吳奇偉、薛岳等人就出自這一派。實力強勁的陳濟棠後來因為聯合桂系挑起兩廣事變反蔣而被中央政府強勢剿滅。此後陳濟棠被迫流亡海外，而他這一派粵軍的領導人也換成了余漢謀。
1911年辛亥革命之後原清政府廣西提督陸榮廷宣布廣西獨立、投向革命。以陸榮廷為代表的桂系勢力被稱為舊桂系。1920年舊桂系欲消滅孫中山指揮下處於潮汕的粵軍。第一次粵桂戰爭（又稱「兩廣戰爭」）爆發，雙方激戰至1921年6月。桂軍失敗後陸榮廷被迫宣布下野。舊桂系勢力受到重大打擊。1921年「第二次粵桂戰爭」爆發：粵軍攻入廣西，摧毀了舊桂系的政權。
1924年初陸榮廷與沈鴻英發生激戰，李宗仁趁機發兵攻打陸榮廷，將陸榮廷的勢力消滅。此後兩廣地區逐漸由以李宗仁、白崇禧為代表的新桂系控制。1930年以李宗仁為首的新桂系聯合馮玉祥、閻錫山與蔣介石在中原地區展開大混戰。中原大戰後桂系又多次與蔣介石對抗，還曾三次把蔣介石從領導人的位置上擠下去，堪稱是國民政府時代的第三強勢力。
辛亥革命後清政府時期的雲南新軍轉型為滇軍。1912年民國初建時的雲南都督是蔡鍔，次年由唐繼堯接任。唐繼堯利用先後任貴州都督、雲南都督的機會逐步控制和統一了全部滇軍。護國戰爭後期唐繼堯在雲南大肆擴軍。這一時期的滇軍除統治雲南、控制貴州外還曾進入四川。護法戰爭期間唐繼堯更是組建靖國軍，自任八省聯軍總司令，從而使滇軍的聲威達到了頂點。
1927年唐繼堯的侍從副官、第五軍軍長龍雲發動政變逼唐下台。從此滇軍由舊滇系時代過渡到新滇系時代。此後直到1945年龍雲獨掌雲南軍政大權18年。1945年10月3日杜聿明在昆明發動「十·三」政變——下令免去龍雲本兼各職，調任軍事委員會軍事參議院院長，雲南省政府主席由盧漢續任。1949年12月9日盧漢通電全國宣布雲南起義。至此滇軍退出歷史舞台。
1902年進入貴州的廣西會黨起義軍攻陷了興義府城。當地人劉官禮與兒子劉顯世、侄子劉顯潛乘機扯起團防局大旗協同清軍收復府城。劉顯世因此被清政府委任為靖邊團正營管帶。此後劉家已儼然成為盤據興義的地方小朝廷。辛亥革命後興義劉家逐漸擴張成為割據貴州的軍閥勢力。劉官禮死後其子劉顯世集貴州軍權、政權於一身：對內實行軍事統治，對外追隨滇系唐繼堯向四川擴張。
1920年的貴州在劉顯世的統治下表面上維持著一團和氣，可實際上興義系內部已分崩離析：以劉顯世的外甥王文華為首的新派勢力試圖革新。這些人對郭重光等老派勢力挾持劉顯世控制貴州的做法十分不滿，最終王文華以「清君側」的名義逼迫劉顯世下台。王文華本人極具才華，但趕走舅父的做法使他不敢貿然掌控省權，所以只得稱病避居上海。1921年王文華部下袁祖銘派刺客到上海刺殺了王文華。
1922年袁祖銘發動定黔戰爭，從而掌握了貴州的軍政大權。1922年8月袁祖銘就任貴州省長。不久滇系唐繼堯又入主貴州，然而滇系入主貴州後已無力繼續外擴，黔軍周西成的勢力開始日漸壯大。1928年秋蔣介石指使第四十三軍軍長李燊回黔倒周，儘管李燊戰勝了周西成，卻遭到周西成舊部毛光翔、王家烈、猶國材、廖懷中等人的聯合攻擊。李燊不敵眾人，被迫退出貴陽，貴州軍政大權落入毛光翔之手。
此後王家烈在配合蔣介石剿共方面深得蔣介石賞識。1932年2月王家烈在蔣介石的慫恿下脅迫毛光翔交印讓權，成為了貴州的新主人。中央紅軍長征期間進入貴州，國民黨中央軍薛岳部尾隨紅軍進入貴州。紅軍離開貴州後中央軍卻賴下不走了。1935年5月3日王家烈帶著愛妾梁氏飛往漢口。王家烈的部隊就這樣在事實上被中央軍吞併了。至此作為一支獨立軍閥勢力的黔軍實際上已不復存在。
民國時期的四川是軍閥混戰的重災區：從1912年「省門之亂」到1935年中央軍入川就前前後後經歷大小戰爭四百次以上。這其中殃及全省的規模較大的戰爭就有29次，幾乎每年都有大規模的混戰發生。這一時期的四川形成了軍閥割據混戰的局面：楊森、鄧錫侯、田頌堯、劉湘、劉文輝、劉成勛、賴心輝、劉存厚八大軍閥割據一方，八大軍閥皆有統一四川的念頭，與此同時他們也和川外的各路軍閥勢力有著種種糾葛。
最終在四川八大軍閥混戰中勝出的劉湘被稱為四川王。與劉湘同樣出自四川大邑劉氏家族的劉文輝論輩分是劉湘的族叔。劉文輝、劉湘叔侄在四川軍閥混戰期間是實力最強的兩大軍閥。兩人都有一統四川、成為四川之主的想法。在1932年爆發的二劉大戰中劉湘最終獲勝。劉湘就此成為了四川最大的軍閥和四川省主席，而敗於劉湘的劉文輝則被迫退守雅安。
恰逢此時國民政府正打算在川藏邊界設立西康省，已無力再爭奪四川霸主之位的劉文輝於1927年趕走劉成勛後佔領了西康。蔣介石為避免劉湘統一四川後尾大不掉，於是扶植劉文輝主政西康以牽制劉湘的側翼。此後主政西康省達十年之久的劉文輝被時人稱為「西康王」。中央紅軍強渡大渡河、飛奪瀘定橋時「西康王」劉文輝在與紅軍作戰中遭到了重大損失。1949年12月9日劉文輝率部起義接受人民政府的改編。
民國時代的湘軍最早是湖南督軍譚延闓組建的部隊。二次革命失利後譚延闓下野，這支部隊也就被北洋系收編了。護國戰爭期間同盟會成員程潛被護國軍總司令部任命為湖南招撫使。從貴州進入湖南的程潛收復湖南大部，於是湘軍在程潛手上又浴火重生，由此形成了程派湘軍。不過程潛由始至終都沒完全控制湖南，所以其後一段時間內譚延闓的舊部趙恆惕藉機發展起來形成了趙派湘軍。
後來趙恆惕和程潛打了一仗。此戰的結果是程派大敗，於是趙派從此獨霸湖南。趙恆惕獨霸湖南後把部隊整編為四個師。後來第四師師長唐生智隨著自身實力的增長逐步脫離了趙恆惕的控制。北伐戰爭開始前程潛和唐生智都歸順了國民黨，所以北伐戰爭開始後這兩派都混發達了。趙恆惕則在北伐戰爭中遭到了北伐軍的沉重打擊，最終趙恆惕所部被唐生智強勢吞併。
唐生智的實力發展壯大後竟一度想跟蔣介石掰腕子，結果在蔣介石的打壓之下被迫下野。唐生智下野後原唐派湘軍軍長何健率部投靠桂系。1929年蔣桂戰爭爆發後何健擁蔣反桂——率部脅迫李宗仁、白崇禧下野，然後在蔣介石的支持下逐漸自成一系。抗戰爆發後何健的湘軍被國民黨中央軍吞併，何健也就成了光桿司令。至此作為獨立軍閥勢力的湘系軍閥不復存在。
民國時期控制甘肅、寧夏、青海等地的地方軍閥被稱為馬家軍。馬家軍分為寧夏馬家軍、青海馬家軍、甘肅馬家軍三大派：寧夏馬家軍簡稱寧馬，代表人物是馬鴻賓、馬鴻逵；青海馬家軍簡稱青馬，代表人物是馬步芳；甘肅馬家軍簡稱甘馬，代表人物有馬安良、馬廷勷、馬廷賢等。1928年春馮玉祥的國民軍與甘肅河州穆斯林發生矛盾，時任寧海軍營長的馬寶前來請願，被國民軍懷疑「通匪」而遭逮捕槍決。
正在軍校學習的馬寶之子馬仲英遂聯合寧海軍軍官馬騰、馬儀、馬虎山、馬古里拜、馬七三、馬丹巴6人私逃河州召集當地兩三萬民眾建立武裝「黑虎吸馮軍」。此後馬仲英部轉戰甘肅、寧夏、新疆等地，最終被新疆王盛世才聯合蘇聯擊敗。1930年中原大戰前後馬麒、馬步青、馬步芳（馬麒是馬步青、馬步芳的父親）一面暗中活動，大肆擴軍；一面積極搜集蔣介石與馮玉祥、閻錫山雙方的情報，兩面下注。
1930年9月東北軍入關後馮、閻失利，馬麒父子立即擁蔣反馮。馬步芳以在西寧組成的青海暫編第一師為資本，布置對國民軍余部的進攻；又徵得蔣介石方面同意，參加追剿馬仲英部的戰鬥。先以所屬第九混成旅第一團由西寧開涼州（今武威）。1931年馬步芳親率部眾自西寧經門源、扁都口進佔甘州（今張掖）和肅州（今酒泉）。馬仲英被迫退處敦煌、安西、玉門，後進入新疆。
同年7月馬麒病死，經馬步芳等人軟硬兼施，南京國民政府遂改變由王玉堂繼任的初衷，發表馬麟為青海省主席，任馬步芳為新編第九師師長。1932年1月馬步芳又兼青海省政府委員，旋又兼青海南部邊區警備司令。當時胡宗南的中央軍第一師進駐天水，有收復青海的意象。感到壓力的馬步芳遂挑起「青藏戰爭」，從而迫使蔣介石不得不委令馬步芳出兵打退藏軍。胡宗南收復青海的計劃也只好擱淺。
1933年蔣介石任命孫殿英為青海柴達木屯墾督辦，孫率部經包頭西進。馬步芳、馬鴻逵、馬鴻賓對此橫加攔阻干擾，迫使蔣介石收回成命。但孫殿英不肯示弱，遂與馬步芳、馬鴻逵、馬鴻賓在寧夏血戰。1934年3月孫殿英失敗。馬步芳則在同馬仲英、孫殿英的征戰中將自身勢力由青海擴大到甘肅、寧夏等地，成為西北五馬軍閥（馬鴻逵、馬鴻賓、馬步芳、馬步青、馬仲英）中實力最強者。
1911年辛亥革命後革命黨湖南人劉先俊等在伊犁策動起義，殺死伊犁將軍志銳，起義後滿清伊犁將軍府所治下的清朝新疆省滅亡，隨後新疆伊犁臨時軍政府成立。新疆巡撫袁大化見軍政府勢大，於是推薦楊增新為新疆都督，自己則轉而出逃。1912年楊增新和軍政府議和後逐漸取得全疆控制，同年外蒙古在沙俄的策劃扶植下獨立，楊增新擊敗入侵新疆的外蒙軍隊，保全了阿爾泰（今阿勒泰地區）。
民國十四年（1928年）楊增新通電擁護南京國民政府，宣布易幟歸附，7月1日就任新疆省政府主席職。同年7月7日軍務廳長兼外交署長樊耀南刺殺楊增新於宴會。事發後政務廳長金樹仁一邊命其部屬把守要隘、固守城防；一邊集結部隊包圍現場。最終樊耀南彈盡被捕。事後金樹仁召集新疆軍政大員開會，各界一致推舉金樹仁為省主席。金樹仁在掌權後大力擴充軍備，對新疆各民族採取壓迫、剝削和奴役的政策。
金樹仁試圖用武力維持自己的統治，然而事與願違的是這種行為反而激起了各族百姓的憤恨，於是新疆各地不斷爆發反對金樹仁的各種暴動。在鎮壓暴動的過程中一名叫盛世才的將領日漸崛起，到了1934年3月盛世才已集新疆軍政大權於一身。1944年9月11日新疆王盛世才離開新疆到重慶赴任。至此新疆地方軍閥勢力實際上已被國民黨中央政府完全兼并了。
