宋朝皇帝推崇道教，搜遍天下道家之书，委派福州知府黄裳刻书传世，黄裳生怕刻错字被皇帝治罪，便逐字逐句认真校读，常年累月下来竟然通晓道家真理，无师自通，习得高深内功，自己却不知道。后来明教进入中原，宋朝皇帝派黄裳剿灭明教，不料明教高手如云，黄裳派去的官兵悉数被杀，黄裳心中不忿，便亲自前往讨伐，后来黄裳被明教高手围攻，不经意间却打死了几个明教高手，后因寡不敌众，拼命逃走，逃到一处僻静之地躲了起来，黄裳回想明教高手的招数，加上自己的道家根基，苦心钻研，著成《九阴真经》。
后来《九阴真经》流落江湖，华山论剑便是为了争夺《九阴真经》而设，第一届华山论剑中神通王重阳力压东邪西毒，南帝北丐。取得第一，《九阴真经》便归王重阳所有。后来王重阳遇见一个和尚，这个和尚为了一睹《九阴真经》与王重阳斗酒，王重阳斗酒输了，和尚看了一遍《九阴真经》，心中大喜，根据《九阴真经》创出《九阳真经》，后来《九阳真经》演变成少林九阳功、武当九阳功和峨眉九阳功，后来张无忌所学九阳神功亦是出自此书。
南宋时期，民族英雄岳武穆被害，武穆遗书流落民间，岳飞部将杨再兴的曾孙杨铁心与结义兄弟郭啸天隐居临安府牛家村，后金人完颜洪烈设计，郭啸天惨死，杨铁心流落江湖卖艺为生。郭啸天妻子李萍带着郭靖远走蒙古，从小教郭靖民族大义，做人道理；江南七怪收郭靖为徒，教了十年，不见所长；后郭靖遇马钰，马钰教郭靖内功调息，郭靖武功一日千里。
后来郭靖入宋，遇黄蓉，黄蓉被郭靖人格魅力所吸引，在黄蓉帮助下，洪七公教郭靖降龙十八掌，机缘巧合下习得《九阴真经》，郭靖人生从此开挂，华山论剑称“北侠”。后因偶像岳飞精忠报国所影响，郭靖夫妇携《武穆遗书》镇守襄阳，期间收养杨康之子杨过，杨过经过一番奇遇成“神雕大侠”。后来蒙古军队进军襄阳，杨过击杀蒙古皇帝，蒙古退兵，华山论剑杨过称“西狂”。随后携小龙女退隐江湖，将玄铁重剑送与郭靖，郭靖夫妇以玄铁重剑为基础，铸倚天剑屠龙刀，将《九阴真经》《武穆遗书》《降龙十八掌》置于刀剑之内。夫妇二人苦守襄阳五年，知道襄阳终会失陷，最终二人战死襄阳，无愧侠之大者，精忠报国。
期间郭襄一遇杨过误终身，流转江湖，希望能与杨过碰面，但未能如愿。曾只身闯少林，遇见张君宝与觉远大师，后离开少林，劝张君宝下襄阳投靠郭靖，张君宝望着郭襄远走的倩影，心想一定要在江湖闯出名堂。
在江湖行走的郭襄听闻襄阳城破，父母战死，南宋灭亡，心灰意冷，开创峨眉派，广收门徒。张君宝亦成长成张三丰，成一代宗师，开创武当山，收张翠山为徒。张翠山下山与殷素素流转冰火岛，生张无忌，后回归中原，武林正派逼问张翠山夫妇屠龙刀下落，因不愿出卖谢逊下落，纷纷自尽。
张无忌身中玄冥神掌，寒毒攻心，却机缘极佳，习得九阳神功，又在光明顶习得乾坤大挪移，对抗六大派，解明教之危，又因与明教众人渊源颇深，被奉为教主，后进少林救谢逊，得杨过后人相助，谢逊出家，得倚天剑屠龙刀，但看破江湖上的一切，携赵敏归隐冰火岛，将教主之位交给朱元璋。朱元璋提出“驱逐鞑虏，恢复中华”，一路北伐，势如破竹，建立明朝，恢复汉家天下。至此，全故事完毕。
