一般認為病程日久的疾病大多出現兩個方面的變證：一是久病多虛，二是久病多瘀。
久病多虛
結合痹病來看，病程日久，其虛多在氣血和臟腑。
由於本病日久，同時加上久服祛風散寒除濕等溫燥之品，大多出現氣血的耗傷，從而導致氣血兩虛證。
所以，在治療此類疾病時，要注意有無氣血不足的情況。再者，病程日久，由痹病初期的病在「筋脈肉骨」累及「臟腑」。
由於痹病屬於筋骨病變，而「腎主骨」「肝主筋」，其累及的臟腑必然是肝與腎。
肝與腎同居下焦而同源，所以在治療痹病日久時，若見肝腎不足者，必配伍補益肝腎之品。
久病多瘀
這種理論來源於葉桂「久病入絡」的觀點。
絡即經絡，經絡是氣血運行的通道。久病入絡而氣血通道受阻，故見瘀血之象。比如類風濕關節炎反覆發作導致小關節變形即是瘀血的典型表現。
通過對痹病日久的分析，再來看一下本方的組成：
獨活、桑寄生、細辛、秦艽、防風均能祛風散寒、除濕鎮痛；桑寄生、杜仲、牛膝、肉桂心、乾地黃均能補益肝腎；茯苓、人蔘、甘草、川芎、當歸、芍藥、乾地黃即八珍湯去白朮，能夠補益氣血；牛膝、川芎、當歸均能活血。
可見本方既能祛風散寒除濕，又能滋補肝腎，益氣養血，並能活血。與上面分析痹病日久的病機相一致。
所以本方主治的特點是痹病日久，肝腎不足，氣血兩虛，經絡瘀滯。其中，病程日久是最客觀的指征。
此類痹病的證候表現有腰膝疼痛，關節屈伸不利或麻木不仁，或關節變形，畏寒喜溫，或伴有心悸氣短，舌淡苔白，脈細弱或細遲等。
由於本方含細辛，其鎮痛力強，獨活、秦艽、杜仲、肉桂等均具有較明顯的鎮痛作用，所以本方鎮痛作用顯著，對於痹病的疼痛具有較強的緩解作用，從而具有顯著的近期療效。
此外，由於本方中補益肝腎、益氣養血等藥物的配伍，只要辨證準確，可長期服用，以求標本同治，而具有較好的遠期療效。
由於該方在臨床治療中有較好的療效，故為歷代醫家所推崇。宋·《三因極一病證方論》、《類編朱氏集驗醫方》，明·《外科正宗》、《外科理例》，清·《醫方考》、《醫方集解》、《醫宗金鑒》、《成方切用》、《成方便讀》等書均有記載，現代《全國中藥成藥處方集》亦收載了此方。
近年來在臨床應用上有所拓展，介紹如下：
1.風濕性關節炎
關節疼痛日久，病因風寒濕痹所致。素體肝腎不足，氣血兩虧，兩膝關節疼痛，並遊走至踝，腰痛，伴有低熱，食少，面容呈痛苦狀，苔薄白，舌質淡，脈細。血常規檢查，白細胞增多，抗「O」值偏高，紅細胞沉降率增速。治宜祛風濕，益氣血。服用獨活寄生湯加減，可加入烏梢蛇、地鱉蟲、千年健、威靈仙、制川烏、制草烏等葯。10~20劑，熱退，疼痛明顯減輕，腫消，關節功能有所改善而獲效。
2.類風濕性關節炎
腰痛日久，素體肝腎兩虛，氣血不足，手指關節腫痛變形，遇寒冷痛增，且有低熱，食少，面色㿠白，苔薄白，舌質淡，脈細弱。血常規檢查：類風濕因子陽性，白血球數增多。治宜補益氣血，祛風濕，通經絡。服用獨活寄生湯加減，方中酌加雞血藤、制川烏、制草烏、烏梢蛇等葯，有一定的療效。
3.風濕性坐骨神經痛
一側腿足疼痛劇烈如芒刺，痛在肌肉筋骨之間，按之更甚，痛處檢查不紅不腫，痛時呻吟不已，難以忍耐，喜溫熱，遇熱則疼痛減輕，苔白膩、舌質紅，脈濡緩。治宜祛風濕，強筋骨。服用獨活寄生湯加制川烏、制草烏、炒蒼朮等藥物，療效頗佳。局部結合激光理療效果更佳。
4.慢性腰腿痛
腰腿疼痛經年不愈，素體肝腎不足；氣血兩虧，遇冷疼痛劇增，面色無華，神疲食少，苔白，舌質淡，脈細。治宜補肝益腎，祛除風濕。服用獨活寄生丸或湯劑，均有一定的療效。
5.小兒麻痹症
發熱不退，肌肉疼痛，驚哭不安，下肢軟弱無力，活動不利，此乃濕熱入侵，阻滯氣血，肌肉筋脈失養所致。治宜化濕通絡，活血祛瘀。服用加減獨活寄生湯，本方去杜仲、人蔘、牛膝、肉桂，白芍易赤芍，加蒼朮、木瓜、桂枝、威靈仙、三七、蒼耳子、苡仁等葯，療效很好。
6.慢性布氏桿菌病
潮熱汗出，關節酸痛，尤以大關節呈遊走性的劇痛，狀如錐刺，反覆發作，素體虛弱，肝腎不足，氣血兩虧，日久肌肉萎縮，關節強直，舌質紅、苔白膩，脈弦數。血液實驗檢查：血清凝集試驗及補體結合試驗呈陽性。全身乏力，便燥尿赤。治宜祛風濕，強筋骨，補氣血，益肝腎。服用獨活寄生丸（即本方去肉桂，加桂枝、川斷、銀柴胡、香附，煉蜜為丸），服後臨床癥狀減輕或消失，血清凝集試驗陰性而獲效。
7.治療顳頜關節功能紊亂綜合症
顳頜關節疼痛，張口不利，此乃風寒入侵所致，苔白，脈緊。治宜祛風寒，通經絡，益氣血。服用獨活寄生湯加減。本方去杜仲、牛膝、肉桂，加白芷、藁本。治療後效果頗捷。
8.新產腹痛腰背痛
婦人新產，少腹疼痛，腰背痛，不能轉動，或腰腳攣痛痹弱，此乃產後腎氣虛弱，風寒入侵而成。苔薄白，舌淡，脈細弱，面色蒼白，神疲乏力，畏寒喜溫。治宜除風濕，益氣血，服用獨活寄生湯有效。
獨活寄生湯原方中用生地黃，後世醫家改用熟地黃，其效果更佳。該方中的細辛用量不大，去之其療效則遜。細辛有通陰陽，解痹止痛之功，前人對其用量亦有深究之必要，若肢體酸麻重而痛微者，其用量宜小，痛甚而酸麻重者，用量宜大（以3~5g為宜），因細辛少量能溫經，多量則有鎮痛之功效。
