百級凈化空調系統的新風需經一初、一中二級過濾隨著過濾器容塵量的不斷增加，新風管路中的阻力也隨之增中。新風量將逐漸減少。而排風所過濾的是來自百級潔凈室較清潔的空氣（中效過濾器主要是為防倒灌而設置的），該過濾器的阻力增加比較緩慢，排風量的減少很小。因此若不進行調節，百級無塵車間的正式值將越來越小，這對保持無塵車間的潔凈度極為不利。因此，必須適時關小迴風總管上的風閥，使正式值接近設計值。若採用自動控制，將有以下兩種最常用的控制方法：
（1）在凈化空調系統的迴風總管上設電動風閥在百級潔凈室調試結束並投入運行後，通過潔凈室內的正壓值測點來控制電動風閥的開度，使正壓值恆定在設計範圍內。這種控制形式，對新風及排風不能作恆定風量控制。
（2）潔凈空調系統中的送、排風機均配置變頻電機在正常運行時，由設置在送、排風總管上的恆定風量裝量控制送、排風機電機之頻率，根據系統的阻力變化自動調整風機轉速，使百級潔凈室獲得恆定的送、排風量。同時，為得到百級潔凈室必需的正壓值，通過潔凈室內的正壓值測點自動控制潔凈空調系統迴風總管上風閥的開度。這實際上也決定了凈化空調系統的迴風量和新風量。應該指出是，前述恆定風量裝置，是指恆定動壓或風速的控制系統，有別於民用空調系統中，其末端通常是散流器、百葉風口或條縫型風口等無阻力變化的風口，恆定了送風乾管中的靜壓值，即可恆定該系統中原來的風量分配。而凈化空調系統中的末端是高效過濾器，其初阻力為200Pa左右，終阻力可達450Pa左右。顯然，用恆定送風總管中的靜壓值這一控制方式，就無法確保凈化空調系統中恆定的風量分配。
上述第一種控制形式，控制系統十分簡單，且投資很少。但缺點是，潔凈室內的總風量將隨著凈化空調系統中總阻力的增加有所減小。這就要求設計人員在選擇風機尤其是送風機時，要提高風機的風壓，這樣會造成一定的能量浪費。而第二種控制形式，克服了第一種控制形式的缺點，其控制品質比較高，當系統使用新的過濾器，運行阻力比較小時，送風機所需的輸入功率也比較小，不會浪費風機的剩餘壓頭，而且比較容易獲得百級無塵車間所需的值班風量及其正壓值。
另外，若僅從節約冷、熱量的角度而言，在過渡季節應採用變新風量空調系統。但是，由於新風的含塵濃度遠遠大於百級潔凈室迴風的含塵濃度。況且，採用變新風的空調系統，仍需保證百級潔凈室恆定的送風量。所以，一方面將使新、回、排風系統的控制方案比較複雜，另一方面，還將大大增加凈化空調系統各級過濾器的過濾負荷，縮短了過濾器的使用壽命，所以凈化空調系統的新風量宜採用恆定的最小新風量。
