東晉時期，浙江上虞縣有一個祝家莊。祝家莊有一個祝員外，祝員外有一個小女兒名叫祝英台。祝英台生得聰慧、美麗，從小就跟隨家中幾個哥哥讀書習字，對古代才女班昭、蔡文姬等人非常欽佩，心想自己將來也一定要成為那樣的人。
一晃之間，祝英台十六歲了，她看到同齡的男子到當地有名的杭州書院去讀書，非常羨慕，也請求父親讓她去讀書。但父親以她是女子為由拒絕了，因為當時人們的思想觀念是只讓男子出外讀書，求取功名，而女子只能在家做針線和刺繡，將來好嫁人。
父親的話不能違抗，祝英台暗自傷神，悶悶不樂。當天夜晚，祝英台給家中留下一封信，女扮男裝，把自己打扮成書生模樣，把丫鬟打扮成書童，偷偷出了祝家莊，朝杭州城走去。長這麼大，祝英台還是第一次離家出遠門，她就像掙脫籠子的鳥兒，一路非常高興。
一天，走到草橋亭的時候，忽然下起了大雨，祝英台和丫鬟就到草橋亭下避雨。這時，一個書生和他的書童也在亭子下面避雨，於是祝英台和書生攀談起來。這位書生是浙江紹興人，名叫梁山伯，也是去杭州書院求學。兩人越談越投機，於是就在草橋亭下結為金蘭。梁山伯十七歲，祝英台叫他「梁兄」，祝英台十六歲，梁山伯喚他「祝弟」，並約定從此像親兄弟一樣患難相助，同生共死。
雨停了，他們結伴同行，一路上說說笑笑，來到了杭州書院。從此祝英台和梁山伯開始同窗共讀，生活上相互幫助，感情也越來越深厚。梁山伯家境貧寒，祝英台總是給他資助錢財，祝英台因是女兒身，顯得孱弱，梁山伯總是對她呵護有加。
不知不覺，三年光陰過去了。一天，祝英台收到一封家書，說英台離家求學已有三年，父親和母親因為思念女兒，夜不能寐，茶飯不思，如今憂思成疾，盼望英台趕快回家，看望一下病中的父母。
祝英台離家三年，也很想念家中父母，於是和梁山伯依依惜別。梁山伯也捨不得離開祝英台，一直將祝英台送到杭州城外。
一路上，祝英台不斷向梁山伯表達自己的愛慕之情，但是梁山伯總是不能理解祝英台的情意。祝英台最後無奈，只好對梁山伯撒謊說，自己家中有一個妹妹，性情和樣貌與自己非常相像，她要替梁山伯做媒，梁山伯聽了非常歡喜。兩人約好，梁山伯七夕那天到祝家莊求親。
祝英台回家後，發現父母並未生病，他們為女兒尋了一門親事，是太守的兒子馬文才，讓女兒回家成親。聽到這個消息，祝英台就像晴天霹靂般非常傷心，她堅決拒絕了父親，並說出了自己與梁山伯的感情，表示非梁山伯不嫁。
父親聽後十分憤怒，他把祝英台關在家裡，讓人日夜看守。
到了七夕節那天，梁山伯如期到祝家莊提親。這時，梁山伯才知道和自己同窗三年的祝英台是女兒身，祝英台並沒有妹妹，原來祝英台一直深深地愛慕著自己。梁山伯非常感動，但現在祝英台就要嫁人了，自己已經不能再見祝英台了，隨即祝員外派人將梁山伯趕出了祝家莊。
梁山伯的心都碎了，他在祝家莊附近找了一家客棧住了下來，希望在祝英台出嫁那天能看上她一眼。但是由於傷心過度，梁山伯感染上了風寒，在客棧里一病不起，他一心思念著祝英台，病越來越重，沒有多久就離開了人世。客棧的人被梁山伯的痴情所感動，就在客棧附近找了一處地方將他埋葬了。
祝英台聽到梁山伯去世的消息，悲痛欲絕，想到曾經自己與梁山伯的點點滴滴，她也想隨梁山伯而去。出嫁那一天，花轎經過梁山伯墓前，她要求停下轎子，下去祭拜。一下轎，她就向梁山伯的墓前奔去。剛才還晴朗的天氣頓時電閃雷鳴，暴雨如注。她剛奔到墓前，只聽見「轟隆」一聲巨響，墳墓裂開了一道縫兒，她縱身跳了進去。接著又是一聲巨響，墳墓合攏了。
不一會兒，天氣變得晴朗起來，天空出現了一道美麗的彩虹，從墳墓中飛出一對美麗的蝴蝶，自由飛舞……人們都說，這對蝴蝶是梁山伯和祝英台化成的，他們的愛情感天動地！
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