1368年，明太祖朱元璋推翻了忽必烈建立的元朝。忽必烈後裔妥懼帖睦爾被趕回蒙古，並於1370年5月23日逝世於沙拉木倫河畔的應昌。在把妥懼帖睦爾驅逐出國境之後，漢人也隨之進入了蒙古地區。
妥懼帖睦爾的兒子愛猷識理達臘在哈拉和林稱汗，並盼望著能重登中國的帝位。然而，他不但不能實現這一願望，還要面臨深入蒙古地區的中國人的攻擊。
1372年，明朝名將徐達率軍進攻哈拉和林，但在土拉河畔受阻。1378年，愛猷識理達臘去世，其子脫古思•帖木兒繼位，此時的蒙古帝國已縮小到它最初的規模。1388年，明朝派10萬明軍進入蒙古境內，在合勒卡河和克魯倫河間的貝爾湖南岸大敗脫古思的軍隊，脫古思被自己的親戚暗殺。這次失敗不但讓忽必烈家族威信掃地，還直接導致了蒙古的分裂，許多蒙古部落紛紛宣布自治。
在這些反叛的蒙古部落中，鬼力赤是忽必烈後裔的主要部落乞兒吉斯部的王公首領。他否認了忽必烈後裔額勒伯克大汗的宗主權，並於1399年起兵殺死了他，從而取得了統治蒙古各部的霸權。
明朝永樂帝很樂於見到這一結局，它增加了蒙古內部的糾紛。由於沒有了蒙古人捲土重來的憂患，永樂帝也就承認了鬼力赤的統治。不久，鬼力赤便被兩個反叛部落的首領打敗，他們分別是阿蘇特部的阿蘭人首領阿魯台和瓦剌特部首領馬哈木。二人為了贏得北京朝廷的支持，遂向永樂帝表示臣服。
事實上，瓦剌部想趁機將其霸權範圍從貝加爾湖西岸擴張至額爾齊斯河上游的整個西蒙古，並計劃向伊犁擴張。但是，蒙古中部和東部仍然是群龍無首、各自為政的混亂局面，鬼力赤的兒子額色庫到死都在與阿魯台和馬哈木爭奪最高汗位。
然而，1403~1404年，以額勒伯克之子額勒錐•特穆爾為代表的忽必烈家族復辟了。隨後，阿魯台被爭取到了他這邊，馬哈木則和明朝關係和睦。明朝對忽必烈家族的復辟深感憂慮，在要求額勒錐•特穆爾承認明朝宗主權遭拒後，永樂帝遂派大軍入侵蒙古。明軍在斡難河上游平原擊潰了阿魯台和額勒錐•特穆爾。這次失敗帶給額勒錐•特穆爾的打擊是致命的，這位復辟者的權威已然是蕩然無存。
1412年，瓦剌部首領馬哈木徹底擊垮額勒錐，奪回了蒙古的霸權。
直到此時，馬哈木一直與明朝永樂帝保持著友好關係，因為瓦剌人需要藉助北京朝廷的支持來對付忽必烈後裔和東部的其他蒙古首領。然而，當他的勢力逐漸強大起來以後，便果斷與一直支持他的明朝斷交。1414年，永樂帝再次派兵入侵蒙古，儘管明軍傷亡較大，但馬哈木還是未能阻止明軍進入蒙古草原。
1422年，阿魯台再次
擁額勒錐•特穆爾為大汗。他洗劫了甘肅邊境，直抵寧夏，當永樂帝匆忙趕來回擊時，他又穿過戈壁向北撤走，逃之夭夭。不久，阿魯台弒君自立為大汗。1424年和1425年，永樂帝兩次起兵征討，都毫無結果。在明軍的牽制下，馬哈木的兒子脫歡打敗了阿魯台，瓦剌人再次和明朝站在一起。
