燕王朱棣是明太祖的第四子。他興起「靖難之役」，旨在奪取侄子惠帝的皇位。這場政治鬥爭極其殘酷：在流血的軍事鬥爭之後，又出現了流血的思想鬥爭，即把一切反對燕王篡位的文人全部殺光。其中方孝儒、練子寧、茅大芳等人的血案，還帶有文字禍的性質。
方孝儒案。建文四年（1402年），燕王攻下京師，明太祖的長孫惠帝在宮廷大火中不知所終。為籌辦登極大事，燕王命方孝儒起草詔書。方孝儒（1357—1402年）字希直，浙江寧海人。他原是惠帝的侍講學士，因反對燕王篡位，便拒絕起草，投筆於地。燕王威脅說：「獨不畏九族乎？」在封建社會裡，最重的刑罰是「滅九族」，可是方孝儒不怕：「便十族，奈我何！」燕王還想勉強他起草，他拿起筆來，大書四字：
燕賊篡位！
這四字揭穿燕王的陰謀，可也招致方孝儒的滅族。燕王大怒，令左右拿刀從他的嘴邊直割到耳旁，見他仍不屈服， 便將他凌遲處死。
他的弟弟方孝友與他一起被殺。他的妻子鄭氏及二子方中憲、中愈自縊而死， 二女投秦淮河自盡。他的宗友及母族林彥法等、妻族鄭原吉等也都滅族。他的朋友、門生廖鏞、林嘉猷等被抓去，湊成十族 ，也均凌遲處死。行刑達7日之久，死者計873人，充軍邊遠地區而死的有1000多人。一時之間，死亡陰影遮蓋整個京城 。
臨海人葉惠仲因重修《太祖實錄》，直斥「靖難」為逆黨，也被滅族。
練子寧案。 燕王從血泊中登上帝位，是為明成祖。明成祖即位後，仍以鮮 血開路，大殺不願臣服的文人。如：
練子寧，名安，以字行，新淦（今江西新干）人。惠帝時任右副都御史。他 被縛至成祖前，因出語不遜，被割斷舌頭。成祖說：「吾欲效周公輔成王耳！」 歷史上，周公忠心地輔佐侄子成王治國，已傳為美談，而明成祖卻率「靖難」之師 ，致侄子惠帝於死命。練子寧已不能說話，還用手指蘸著自己的舌血，在地上寫字，去戳穿成祖的騙局 。那血字是 ：成王安在？！
成祖看罷大怒 ，即將他凌遲處死。他的親族被殺的有151人，充軍邊遠地區的有幾百人。
南京陽山碑
茅大芳案 。茅大芳，名浦，以字行 ，泰興（今屬江蘇）人。惠帝時任右副都御史。當燕王率「靖難」之師南下的時候 ， 他寄詩給淮南守將 、明太祖寵婿梅殷 。
詩云：
幽燕消息近如何 ？
聞道將軍志不磨 。
縱有火龍翻地軸，
莫教鐵騎過天河。
關中事業蕭丞相，
塞上功勛馬伏波。
老我不才無補報，
西風一度一悲歌。
把堅守淮北、阻擊燕兵南下同漢丞相蕭何、伏波將軍馬援的功業相提並論後來燕兵攻下京師，他即被捕。明成祖責問他贈詩之事，他仍不屈服，就把他連同他的兒子茅順童、道壽、文生一起殺掉，他的兩個孫子也死於獄中。他的妻子張氏的遭遇也很悲慘：張氏已有56歲了，還被送到教坊司去，病死後，明成祖竟下令：「抬出去，著狗吃了！」
南京大報恩寺琉璃塔
朱權案。永樂元年（1403年），明成祖騰出手來對付寧王朱權（1378—1448年）。朱權是明太祖的第十七子。在明太祖眾多兒子里，他是能同燕王並駕齊驅的，因有「燕王善戰，寧王善謀」的說法。燕王興「靖難之役」，拉寧王朱權來參謀，甚至說「事成，當中分天下」，及至燕王登極稱帝，卻又賴掉了。朱權請求改封南土，先後提出封蘇州、杭州，可是「上有天堂，下有蘇杭」，明成祖均不答應，最後改封於南昌。朱權借《日蝕》詩 ，抒發心中的不滿 ：
光浴成池正皎然，
忽如投暮落虞淵。
青天俄有星千點，
白晝爭看月一弦。
蜀鳥亂啼疑入夜，
杞人狂走怨無天。
舉頭不見長安日，
世事分明在眼前。
怨望之意，躍然紙上。不久，有人告他「巫蠱誹謗」，即用巫術咒詛天日以陷害皇 上 。明成祖趁機派人明查暗探，造成了向朱權開刀的聲勢。事雖不甚了了，但目的已經達到，是叫朱權惶惶不可終日，那無異於在他的頭上懸一把無形的「達摩克利斯之劍」。
在血洗宮廷之後，明成祖已經發覺，對付政治上的反對者，單靠肉體消滅的 辦 法是不行的，還得常用精神恐嚇的手段。這表現在文藝上，是嚴禁褻瀆帝王聖賢的詞曲，「敢有收藏的，全家殺了」；同時又禁毀方孝儒的詩文，凡收藏的，都判死罪。永樂三年（1405年）， 庶吉士章朴因藏有方孝儒詩文，被告發而戮於市 。
與明太祖一樣，明成祖在思想上也奉程朱理學為一統天下的準則。所謂準則，就像刀子，誰觸犯誰就流血。永樂二年（1404年），饒州府士人朱季友著書立說，指斥程朱理學。明成祖看罷大怒，罵道：「此儒之賊也！」下令把他痛打一頓，押回老家看管，燒毀他全部著作。
與此相應，在科舉考試上，也時用精神恐嚇的手段。永樂七年（1409年），考試官鄒緝、徐善述因試題出自《孟子節文》、《尚書·洪範》「九疇」，被控為出偏題而下獄。
明成祖很像明太祖。在「靖難之役」，他鎮壓文人的暴行，竟同明太祖一樣兇殘。不過，他還不至於從文字上捕風捉影，去羅織罪名，如朱權有「不見長安日」的詩句，並未判刑；朱季友指斥程朱理學，也不處死；就是永樂十三年（1415年），瞿佑、胡子昂以詩禍入獄，也沒有殺掉，以致瞿佑後來有「不才棄斥逢明主」的感恩詩句。
明成祖有一條明確的政治原則，就是屠殺那些反對自己奪權稱帝的人，除此之外，他是不輕易開殺戒的。自「靖難之役」後，他忙於抓內削諸藩、外平漠北的大事 ，更無暇去挑剔文字了。
