蒼南縣歷史悠久,人傑地靈。早在商周時期已有人類活動,宋、元以來人文薈萃,明代為抗倭前線,新民族主義革命時期是革命老根據地,1988年經國務院批准為沿海對外開放縣。
今蒼南地,早在新石器時代,靈溪鎮的渡龍山上就有人類活動,並留下了石器和古陶碎片。至今錢庫鎮桐橋村還遺留有7座商周時期石棚墓。它是當時浙南沿海地區的一種比較特殊的墓葬形制,這種巨石墓葬文化在國內極為罕見,已被列為「國保」單位。商周時期人類活動逐漸頻繁。春秋時為東甌越人地。戰國時屬越,秦統一中國後,屬閩中郡。漢高祖五年(公元前202年)於閩中故地置閩越國,屬閩越國。漢惠帝三年(公元前192年)立騶搖為東海王,都東甌(今溫州),世稱東甌王,為東海轄地。漢武帝時,東甌舉國內遷江淮間,國除。漢昭帝始王二年(公元前85年),今蒼南地屬回浦縣。當地的閩南文化主要來自明朝清朝時的閩南的莆田人移民和已經移民到泉州漳州的莆田人再次移民到溫州,以蒼南縣為中心分佈,被稱為浙南閩語。,此後歷屬章安、永寧、羅陽、安陽、安固、始陽、橫陽、永嘉、平陽等縣。東漢章和元年(87年),改回浦縣名為章安縣。隋朝開皇九年(589年),章安縣併入臨海縣,屬處州。隋唐之際,因戰亂頻仍,撤銷臨海縣制,併入安固或永嘉。吳越乾化四年(914年),設立平陽縣。
1981年3月6日,中共平陽縣委、平陽縣革命委員會向中共浙江省委、浙江省革命委員會提出《關於要求分縣問題的報告》。6月18日,國務院給省政府下達批複,批准設立蒼南縣。將原屬平陽的礬山鎮以及靈溪、礬山、馬站、金鄉、錢庫、宜山、橋墩等7個區的72個公社劃歸蒼南縣管轄,縣城設在靈溪鎮。同年11月5日,蒼南,平陽分署辦公。後經幾次行政區劃調整,轄36個鄉鎮(其中鄉16個、建制鎮20個),104個居民區,818個行政村,總人口122.4萬。