2022年12月1日，Science杂志发表的一篇论文声称SARS-CoV-2的Omicron变体在被发现之前在非洲的广大地区逐渐出现，但于12月20日被其作者撤回。在撤稿通知中，参与该论文的所有 87 名研究人员均承认，研究结论所依据的关键基因组序列是污染的结果。通讯作者——柏林夏里特医学院的Felix Drexler说：“我们犯了一个错误，这让人感到痛苦。”
这篇论文几乎从发表的那一刻起就招致了批评，一些科学家表示，如果这项研究先以预印本的形式发布，允许独立科学家发表评论，这个问题本可以被避免。牛津大学的进化病毒学家Aris Katzourakis说：“这篇文章在预印本上，几天内就会在Twitter上遭到封杀。”
Omicron于2021年底在博茨瓦纳和南非首次被发现，并迅速传播到世界各地，此后一直主导着这场大流行病。它的确切起源一直是个谜，部分原因是Omicron与之前流传的变体大不相同。
研究人员提出了几种解释病毒变异的观点。在一种情况下，该病毒在动物宿主体内经历了长时间的进化，然后又回到了人类体内。在另一个案例中，它是在一名患有慢性感染的患者身上经过很长一段时间演变而来。第三种可能性是，该病毒一直在世界上一个很少有病毒被采集和测序的地区悄悄传播和变异。
科学论文似乎证实了第三种可能。早在2021年8月和9月，即病毒在非洲南部爆发的几个月前，研究人员就在来自东非和西非的25名患者样本中发现了变异的证据。研究人员对来自贝宁的五个样本的基因组进行了测序，发现它们具有Delta（以前的显性变体）和Omicron的一些特征，表明它们代表了进化的中间阶段。
贝宁科托努，一名教师正在接受 COVID-19 检测。在来自该国的样本中，研究人员认为他们发现了代表 Delta 和 Omicron 变种之间进化的中间阶段的病毒。
但是在斯克里普斯研究所研究病原体进化的Kristian Andersen表示，在论文发表之前，渐进进化理论已经“不在讨论范围内”。Andersen说，如果Omicron真的随着SARS-CoV-2在人群中逐渐传播而进化，它应该有更多的同义突变，这种突变不会导致病毒蛋白发生变化，因为这种突变在人与人之间的传播过程中通常会变得“固定”或永久建立。“这就是为什么当这篇论文一经发表……立即就成了一个危险信号。”他说。
深入研究论文后，Andersen和其他研究人员迅速在Twitter上指出了不一致之处，并直接向作者指出。例如，作为Omicron早期祖先的基因组序列在前体中有许多预期的突变，但也有一些是后来进化的Omicron亚变体BA.1的典型突变。“这种模式表明存在污染问题，”亚利桑那大学图森分校的进化生物学家Michael Worobey说。
Drexler承认，贝宁样本中的一些小的基因片段——单独测序然后组合在一起的基因组片段，似乎是污染的结果。该团队得出结论，它基本上已经对Omicron和早期的SARS-CoV-2毒株进行了测序；然后计算机将它们拼接成一个基因组序列，该序列伪装成介于Omicron和早期变体之间的病毒。Drexler说，从残留样本中再次对病毒进行测序并没有复制早期的结果。
该论文的批评者说，这些错误应该在同行评审中被发现。
“有些棘手的问题当然需要被提出。”Andersen说。另一位科学家回应：他被Science杂志邀请审阅稿件，并且要求保持匿名，而他在审稿报告中指出了这篇论文存在的缺陷。
Science主编Holden Thorp在一封电子邮件中写道，“我们收到足够多的来自审稿人的支持发表这篇论文”，但没有详细说明。“但仅仅因为我们获得发表论文的支持，并不意味着我们不后悔这些问题在发表后才被发现，”Thorp补充道。“我们对在审查期间没有弄清楚这一事实承担责任。” （ Science杂志的新闻部独立于其编辑部。）
Drexler同意发布预印本可以避免论文的发表和撤回。似乎没有必要急于发布这些信息，因为它没有回答紧急的公共卫生问题，但“回想起来，我确实很后悔，”他说。
来源：
https://www.science.org/content/article/we-made-mistake-omicron-origin-study-retracted-after-widespread-criticism
*本文内容由OAE中国办公室编辑翻译校对，部分中文内容仅供参考，一切以英文原版为准。
