年仅17岁的他继承了王位，塞尔柱帝国在马立克沙赫时代趋于鼎盛

1072年，阿尔普•阿尔斯兰去世，其年龄仅17岁的儿子马立克沙赫继位。

趁着塞尔柱帝国新老统治者更替之际，当时河中地区的哈拉汗王朝统治者沙姆斯•乌尔•莫尔克入侵呼罗珊，占领了巴尔赫。新上任的马立克沙赫立即发动了抗击哈拉汗王朝的战争。

当塞尔柱人的军队推进到撒马尔罕时，沙姆斯只好请求议和，最后向马立克沙赫俯首称臣。马立克沙赫把巴尔赫交给弟弟塔卡什管理，但不久塔卡什便起兵发起叛乱。为此，马立克沙赫两次出兵远征镇压塔卡什，并于1084年派人挖掉了塔卡什的眼睛。而在此之前的1078年，马立克沙赫的叔叔喀乌德在起儿漫发动叛乱，马立克沙赫发兵将其镇压，并把喀乌德处以绞刑。

这些事件表明，尽管有波斯首相尼査姆•乌尔•莫尔克的精明管理，马立克沙赫要引导其古兹部落去接受一个以他为苏丹的阿拉伯--波斯国家体制，还是非常困难的。莫尔克和波斯的官僚机构都力图把塞尔柱部落联盟的作用限制在过去突厥卫队的范围内。

但是，要使这些不安分的氏族成员服从命令，要使这些尚未开化的游牧民定居在土地上，确实是一件极其艰巨的任务。最后，苏丹马立克沙赫和首相莫尔克一致认为：必须把塞尔柱帝国的冒险建立在一个稳定的基础上，必须强行让这些古兹部落的游牧民接受波斯人的定居生活方式，从而使塞尔柱成为传统式的波斯帝国。马立克沙赫本人就非常乐意在都城伊斯法罕的豪华宫廷里，延续古代伊朗沙赫们的世系。

1080年，为了反对东北方的哈拉汗王朝，马立克沙赫发动了第二次远征河中的战争，打击了沙姆斯•乌尔•莫尔克的继承者、他的侄儿阿黑马德。马立克沙赫先是把阿黑马德监禁起来，后面又启用他作为自已的属臣派驻撒马尔罕。

1081年，马立克沙赫的堂弟塞尔柱幼支苏里曼•伊本•库吐米施不受他的控制，在小亚细亚的尼西亚驻扎下来，这对拜占庭很不利。当时处于内战的拜占庭人却轻率地向苏里曼求援，苏里曼最后建立了塞尔柱的罗姆苏丹国。罗姆苏丹国先是以尼西亚为都城，之后迁都伊康。

塞尔柱帝国作为一个定居的政权，实际只控制了波斯，那些独立的古兹部落联盟却在小亚细亚的原拜占庭疆域内非常活跃。这些古兹部落有的是由像苏里曼这样的塞尔柱幼支统领，有的则是由来历不明的突厥酋长统率。正如卡帕多细亚的丹尼什门德王朝的埃米尔们一样，这些部落显然是从1084年开始统治锡瓦斯和凯撒里亚的。

随着流浪的古兹部落的迁徙，这些古文明地区被他们以吉尔吉斯草原上的方式分割了。为了避开这些流浪的“兄弟”，避免富饶的伊朗领土受到他们的侵扰，塞尔柱帝国的苏丹们选择将他们安置在边境的小亚细亚一带。这就很好地解释了一个事实--为什么波斯本土没有被突厥化，而安纳托利亚却变成了第二个突厥斯坦。

在这些独立的古兹部落之间，酋长们为了争夺战利品而展开战争。1086年，在占领了小亚细亚大片地区之后，苏里曼•伊本•库吐米施攻打了叙利亚。他在叙利亚与马立克沙赫的弟弟突吐施发生了战争冲突，突吐施已于1079年在大马士革为自己开辟了一块封地，双方在阿勒颇附近为争夺大马士革大战了一场。突吐施杀死了苏里曼，并将阿勒颇并入了大马士革。

1087年，正当突吐施在阿勒颇筹建一个独立的塞尔柱王国时，他的哥哥马立克沙赫来到了叙利亚，强迫突吐施交出阿勒颇并退回到大马士革。马立克沙赫在阿勒颇举行了觐见仪式，重新全面地分配酋长们的封地。

同他们的先辈们一样，马立克沙赫终其一生都致力于对西部领土的征服合法化。他主要采取了两种征服方式：一种是让一支古兹队伍以游牧迁徙的方式，渗入到叙利亚周围的鄂克里德朝、小亚细亚的希腊等境内；另一种就是利用如拜占庭帝国、阿拉伯帝国这样的内乱机会，采取直接入侵的方式。

在波斯地区，马立克沙赫有赖于首相莫尔克实施阿拉伯--波斯传统的行政管理，维持了统一的局面。在东方和叙利亚地区，马立克沙赫则完全依靠自己的黩武政治加以控制。而在小亚细亚地区，由于山高皇帝远，这里的古兹部落完全处于无政府状态。

1092年，马立克沙赫去世，塞尔柱帝国的统治地区立刻陷入了一片无政府状态。第二年，马立克沙赫的长子巴尔基雅鲁克继位后，遭到了所有亲属的反叛。首先反叛他的是叔叔突吐施，他已经再次把阿勒颇并入了自己的领地大马士革，并企图夺取波斯。1095年2月26日，突吐施在剌夷附近战败而死。此后一直到1104年间，巴尔基雅鲁克一直处在与自己的亲属们的战争之中。

最后，他被迫与他们瓜分了波斯，塞尔柱帝国从此分裂成为三个王国：巴尔基雅鲁克和他的兄弟们占有波斯苏丹国；突吐施的儿子们占有阿勒颇和大马士革王国；苏里曼的儿子凯佐尔•阿尔斯兰拥有小亚细亚苏丹国。