據菲律賓多家媒體報道，日本駐菲律賓大使遠藤和也3月24日在「加強戰略紐帶：慶祝日菲建交70周年」論壇上表示，兩國在安全與經濟領域的合作已提升至「新高度」。
「菲律賓與日本在海上秩序面臨『相似挑戰』，深化安全合作『自然而然』」，遠藤和也在會上表示。他說，日本駐菲大使館已擴大其軍事代表規模，本月已新增一名武官，使駐菲武官總數增至三人，分別負責航空自衛隊、綜合部門以及陸上自衛隊等相關事務，這將便於日本自衛隊日後參與在菲舉行的各項演習，尤其是美菲「肩並肩」聯合軍演。
2026年2月，在巴士海峽附近，一架菲律賓空軍FA-50輕型戰鬥機（左）與日本海上自衛隊P-3獵戶座海上巡邏機一起飛行
菲律賓武裝部隊總司令羅密歐·布勞納會上透露，日本將首次派兵參加2026年度美菲「肩並肩」軍演。羅密歐·布勞納說：「81年以來，這將是日本兵力首次踏上菲律賓的土地。上一次，我們彼此敵對。而這一次，我們將相向而行。」
日本軍事力量上一次進駐菲律賓是在二戰期間。當時，日本對菲律賓及其他東南亞國家發動了大規模侵略戰爭，造成了大量平民傷亡。
戰敗後，日本依據「和平憲法」不再向海外部署作戰部隊。但近年來，日本逐漸加強與菲律賓軍事合作，通過援助菲海警海上態勢感知設備、向菲海軍轉讓二手軍艦等方式，提高在南海及亞太地區存在感。
2025年9月，日菲《互惠准入協定》正式生效，今年1月，雙方又簽署《物資勞務相互提供協定》，准許日本自衛隊與菲律賓軍隊在開展聯合訓練時，互相提供彈藥、燃料、食品等物資。分析人士指出，日菲不斷升級軍事互動，聯手制衡中國意圖明顯，這些互動也可能導致地區安全形勢趨向複雜化，甚至導致地區內出現新的軍備競賽。
對於日本不斷加強與菲律賓的「准同盟」關係，中國外交部新聞發言人郭嘉昆曾表示，中方一貫認為，國家間開展合作不應針對第三方或損害第三方的利益，不應破壞地區的和平與穩定。郭嘉昆進一步指出，東南亞國家和國際社會對日本軍事安全動向批評聲音不斷，日方不但不反省收斂，反而編造借口擴軍備武、出口殺傷性武器，暴露出日本右翼勢力推動「再軍事化」、重走軍事擴張老路的企圖。「所有愛好和平的國家和人民都應該堅決抵制日本軍國主義死灰復燃和『再軍事化』，維護地區和平穩定。」
