1905 年 10 月 19 日大臣會議正式進行了機構改革，其機構職能明顯擴大，組織構成也進一步完善。起初大臣會議的所轄機構主要為小大臣會議和大臣會議辦公廳。後來在大臣會議組織機構中又增加了一些附屬機構，如彼得格勒通訊社、遠東事務委員會和酒類專營特別委員會等。
在討論對大臣會議進行改革時，曾有人建議將大臣會議改組成為類似於西方國家的現代內閣。但事實上，改革後的大臣會議主席雖然不再由沙皇擔任，但是卻仍由沙皇直接任命，並且大臣會議仍向沙皇負責，而不是向立法機構負責。可以看出，改革後的大臣會議與現代內閣仍不完全相同，大臣會議也因此保留了原有的機構名稱。
1905 年大臣會議改革的直接目的是為了加強中央各直屬部門的統一和協調工作，提高政府工作效率。改組後大臣會議主席由沙皇在其信任的大臣中間挑選和任命，而此時的沙皇仍然有權組織召開全體大臣會議並在會議期間行使會議主席的權力。會議召開期間若大臣會議主席缺席，沙皇有權任命某位大臣臨時履行會議主席的職責。
改革後的大臣會議主席的職責相當於政府總理，享有廣泛的行政權力。如大臣會議主席有權就重大問題單獨向沙皇彙報和請奏；有權要求所屬部門負責人就其關心的問題進行彙報和作出解釋；大臣會議主席有權參加國務會議和大臣委員會組織召開的所有會議；各部、總局和委員會負責人在向沙皇提交的工作報告時須提前向大臣會議主席彙報並獲得其批准，未獲得大臣會議主席批准的工作報告和奏章各部門負責人不得向沙皇呈奏。
《大臣會議章程》規定在特殊情況下，各部門負責人呈奏的報告若無大臣會議主席批准，那麼在其個人向沙皇呈奏時須有大臣會議主席同時在場等。1905 年 10 月改革後，大臣會議主要成員包括：內政大臣、財政大臣、司法大臣、工商業大臣、交通大臣、國民教育大臣、陸軍大臣、海軍大臣、御前大臣、外交大臣、土地管理與規劃總局（1915 年 10 月 26 日改組為農業部）局長，國家監察總局和主教工會的負責人。
其他非正式成員如需參加會議討論，則視所研究的問題臨時由大臣會議主席確定。《大臣會議章程》第 13 條就大臣會議的主要職能進行較詳細的規定。《大臣會議章程》規定，除了國家防務、外交政策及宮廷事務以外，涉及多部門的具有公共性質的行政事務均須通過大臣會議統一討論和協調。
而涉及防務、外交和宮廷事務的問題在有相關部門負責人提出申請並獲得沙皇批准後，大臣會議有權進行討論和研究。具體而言，此時的大臣會議主要職責包括以下幾方面：1、法律動議與諮詢。大臣會議有權研究所屬各部門提交與之相關的法律問題，獲得通過後再交到國務會議和國家杜馬討論。2、對公共行政事務具有討論和決定權。3、有權討論所轄部門提交的機構章程的修訂和主要中央和地方行政部門的人事任免問題。（陸軍、海軍、外交和宮廷部門除外）4、有權討論由沙皇特別指定的關於國防、對外政策和宮廷事務等問題。5、大臣會議在國家預算、信貸及特別經費支出方面具有廣泛權力。
如組織編寫年度國家預算，發放特別貸款，負責協調各部委與財政部、國家監察總局關於財政預算的相關問題，有權向各部委撥發預算外款項等。6、原大臣委員會所轄的各類行政事務。除了以上行政事務管理權力以外，大臣會議還享有部分立法權。
按照 1906 年《國家根本法》第 87 條規定，在不與國家根本法、國家杜馬章程、國務會議章程及選舉法相抵觸的前提下，大臣會議所有權在國家杜馬休會期間批准通過一般性法律文件並在沙皇批准後直接實施。大臣會議須在國家杜馬恢復工作後的兩個月內將實施的相關法律文件交由國家杜馬討論，審議通過後即成為正式法律文件。
1905 年 10 月 19 日大臣會議改革後，原大臣委員會的部分權力改由大臣會議行使，如對公共行政事務研究，協調各部委工作，部分涉及陸軍部和海軍部利益的事務，各部門無法單獨解決的事務，審議關於公共行政事務的法律文件，限制、加強或廢除由沙皇批准施行的行政措施，研究涉及國家秩序、穩定及安全事務，研究國家糧食生產與供應問題，討論研究重大突發事件等。
此外，原由大臣委員會負責的有關芬蘭事務也開始由大臣會議負責處理。1906 年 4 月 23日大臣委員會被正式廢止，其所轄事務大部分轉交由大臣會議處理。為此，大臣會議組建了「小大臣會議」。小大臣會議主要負責國家行政方面的一般事務的討論和研究。
