李治和武則天一看強壓著長孫無忌、褚遂良表態這條路行不通。但是他們也發現了另一個顧命大佬李勣的微妙態度，只要討論廢立皇后的會議李勣都是請病假，這其實就代表了李勣對這件事的微妙態度。但是倆人也不敢肯定，於是派出心腹秘密的到李勣家裡去探口風，李勣的回答也非常標準，「這是皇帝陛下的家事，問我們這些外人幹什麼？」
有了三巨頭中的李勣的公開支持，長孫無忌也不好意思公開反對了，廢后的事一錘定音，在公元655年十月十三日，李治終於頒下詔書：以「陰謀下毒」的罪名，將王皇后和蕭淑妃廢為庶人，囚於別院，她們的父母、兄弟等也被削爵免官，流放嶺南。七天以後，李治再次下詔，將武則天立為皇后；與此同時，又將反對最力的宰相褚遂良外貶。十一月初一日，舉行了冊立武則天為皇后的儀式。這一年李治27歲，武則天31歲。
在接下來的幾年裡，李治和武則天開始培植以李義府、許敬宗等文官集團中的小官開始抗衡以長孫無忌為首的于志寧、韓瑗、來濟等老派文臣，當新派羽翼豐滿之後，在公元659年將長孫無忌、于志寧、韓瑗、來濟等人削職免官，貶出京師。李治這個小皇帝通過十年的時間，順利的坐穩皇位，並平穩、成功的清除了父親李世民時代的老臣和宗室中對他有威脅的所有人，順利的完成了一朝天子一朝臣的權力交接。
李治和武則天完成權力交接的過程是古代君主教科書式的權謀手段，一朝天子一朝臣是歷史規律，除了技術官僚（包括軍人）向來都是要更換的，這個過程可以說暴烈的，手段包括誅殺、軟禁、贖買等等，但是有一個原則就是更換過程中要對國家正常運行產生的負面要儘可能的小，很多君主在這個過程中處理的過於操切，導致朝政震蕩、甚至亡國的不在少數，李治、武則天兩口子拿出了十足的耐心，用了十年時間培養自己體系內的官僚，在他們成熟之後，慢慢的完成了替換，在他們將長孫無忌等罷黜的時候就順理成章並且無限絲滑，幾乎沒引起任何震動。不得不佩服他們的手段、耐心、心性。而其他人在模仿武則天行事的時候，只學到她的行而沒學會其中的實，效果也迥然不同，例如她兒媳婦韋氏。
王皇后和蕭淑妃的下場就非常凄慘了。她們被廢之後被關在一個破落的小院，武則天是個事業型的女強人，所有的心思都撲在工作上，不免就忽視了李治，寂寞的李治經常跑去看王皇后和蕭淑妃，畢竟蕭淑妃和李治有一段非常美好的回憶。李治看到小院非常逼仄，被封閉的非常嚴密，只有一個遞送食物的小窗戶跟院外連接。想到過往的情誼，李治不免心生憐憫，「皇后、淑妃，你們還好嗎？」王皇后和蕭淑妃聽到丈夫的關愛的話語不禁悲從中來嚎啕大哭，王皇后說：「陛下，我們的已經沒有名分了，就不要再稱呼皇后、淑妃了，如果您顧念昔日的情分，就把這個院子改名叫回心院吧，讓我們重見天日，我們也就滿足了。」李治滿口答應。
武則天聽說之後大怒，這要把她們放出來，自己隨時有可能被翻盤啊，於是瞞著李治把王皇后噩耗蕭淑妃打了一百大板，打的骨斷筋折，然後武則天非常有創意的發明了一種新的折磨人的方法，他將王皇后和蕭淑妃砍掉四肢泡到兩個大酒缸，武則天還給這種刑罰取了一個「骨醉」的名字。王皇后和蕭淑妃受到非人的折磨了幾天都沒死，武則天也失去耐性，於是讓人勒死王皇后和蕭淑妃。王皇后臨死前坦然受死，「我早就知道，跟你鬥法失敗早晚是個死。」蕭淑妃則大怒：「阿武妖媚狡猾，才導致我淪落至此！但願來世，我化作貓，阿武為鼠，我要生生世世掐著她的喉嚨！」於是武則天下令宮中不許養貓。日後，武則天多次夢見蕭淑妃和王皇后出來作祟，披著頭髮流著血像死時的慘狀一樣。於是武則天從太極宮移居到了蓬萊宮（即大明宮），不久再次夢到她們，從此多居洛陽，終生不歸長安。等李治知道的時候，只剩下王皇后和蕭淑妃殘缺不全的屍體，一切都晚了，於是默認了，王氏族人、蕭氏族人全都流放嶺南，並追改王氏的姓氏為「蟒」，蕭氏為「梟」。
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