1206年，鐵木真統一大漠南北各部落各部族，建立蒙古帝國，召開忽里台部族大會，被推舉為蒙古可汗，被尊稱為成吉思汗，在1225年西征歸來，分封子弟功臣，建三大汗國，封四個萬戶、九十五個千戶，在中央設立萬人怯薛營，統領蒙古軍隊，頒布法典《大札撒》，命畏兀兒人塔塔統阿創造了畏兀兒體蒙古文字，使蒙古族擺脫了無文字無歷史的原始部落狀況。
形成了以皇室子弟為中心的黃金家庭，以此統領各萬戶、千戶，使蒙古族一百人、軍隊十二萬人完全控制在蒙古大汗為核心中央政府手中，完全打破丁落後的部落、部族及其聯盟的鬆散的組織機構，提高了效率和權威，在其後的統治中發揮重要作用。
成吉思汗雕像
首先是蒙古帝國可汗和元朝皇位的繼承存在著嚴重問題，造成內部鬥爭分裂政治動蕩。在成吉思汗之後的汗位繼承仍然延用忽里台大會推舉產生。忽里台大會的成員為皇室成員太后及萬戶千戶組成，是具有較強勢力的皇族後裔家族所掌握，兩派或多派相互爭奪鬥爭，利益交換博弈，最終妥協而成，可汗對其對手進行清除殺戮，埋下了矛盾和禍患。彼此爭鬥，導致內部分裂削弱了帝國實力。
忽必烈繼任大汗，造成了元朝和大漠兩位可汗出現，不再是大帝國的可汗，忽里台大會僅在元朝內部使用，徒有形式。忽必烈延用漢王朝的帝王制度，預立皇太子，但受忽里台大會及皇族勢力影響，皇位繼承混亂。在四十年內有十位皇帝在位，有的僅幾個月，或被廢被殺，使政治動蕩不堪，統治實力下降。
忽里台大會
其次是官員的世襲制度。自成吉思汗確立官員世襲制度後，歷代實行無所更改，萬戶千戶包括各路州縣官均可世襲，成為政治低效頑固勢力擅權的弊政，也形成各汗國獨立相互征戰的局面。也形成了軍事將領鄙視漢臣文人的問題，使漢文化制度難以推行和教化，維護落後封閉的狀況。
再次蒙元統治階級重財富輕人力，多用一聚斂之臣。在蒙古帝國征戰過程掠奪財富屠殺居民，在征服金國、南宋時有所收斂，但屠城時有發生。將被征服的人員除工匠外視為奴隸工具，隨意處置，使大量的勞動力被殺害，在農業生產和基礎建設方面受到重大影響。蒙古統治上層重用色目人為計相，掌握財稅和經濟大權，設置多種名目的稅項，濫發鈔幣，發放高利貸，多為聚斂之人，貪縱壓榨，飲鴆止渴，對國家和人民造成巨大損失。
蒙古可汗金帳
最後實行民族等級制度，造成民族歧視和不平等。在元朝將各民族劃分四個等級：蒙古人、色目人、漢人、南人，蒙古人、色目人掌握主要權力，凌駕於漢人之上，享有特有待遇。在政治經濟社會方面嚴重不平等，導致民族矛盾衝突不斷。
蒙元時期的政治制度導致政治能力效率低下，蒙古人色目人重財重利，耽於享樂，無視民情民意，不注重民生，也沒有進行有效的改革創新，沒能學習借鑒漢王朝先進的制度和文化，固守著落後的封閉的思想意識，不思進取，也沒有能總結前朝的經驗教訓，嚴重影響了漢化進程，促進政治社會發展，造成了民族社會矛盾，導致民變四起和農民起義，造成了統治基礎不牢最終滅亡。
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