1917年9月1日,孫中山為反對北洋軍閥解散國會,在廣州召集國會非常會議,通過《中華民國軍政府組織大綱》,正式成立中華民國軍政府。該大綱確立以大元帥為核心的軍政體制:設海陸軍大元帥1人(孫中山當選),元帥2人(唐繼堯、陸榮廷當選)。大元帥作為軍政府最高元首,總攬行政權並直轄各部;元帥輔佐政務,可兼任他職。各部總長由國會選舉後經大元帥特任,同時在各地另設都督。
海陸軍大元帥
孫文(1917年9月當選),廣東人,革命黨領袖。他以《臨時約法》為旗幟凝聚護法力量,但因缺乏實際軍權而受桂系、滇系掣肘,1918年5月憤然辭職。
海陸軍元帥
唐繼堯(1917年9月當選,未就任),雲南人,滇軍首領。他表面支持護法,實則藉機組建「靖國聯軍」擴張地盤,後主導軍政府改組為七總裁制,成功架空孫文。
陸榮廷(1917年9月當選,未就任),壯族,廣西人,舊桂系首領。他欲借孫文聲望對抗北洋勢力,但公開反對另立政府,主張黎元洪復職,暗中與北洋妥協,最終聯合唐繼堯改組軍政府驅逐孫中山。
參謀處參謀總長
李烈鈞(1917年9月任),江西人,革命黨核心成員。他實際掌握駐粵滇軍兵權,主導護法軍北伐,協調西南軍閥聯合行動,是孫中山軍事戰略的核心執行者。
秘書處秘書長
章炳麟(1917年9月任),浙江人,革命黨元老。他負責起草重要文件,初期支持護法,後因政見分歧漸離權力中心,轉向學術活動。
汪兆銘(1917年9月代理),廣東人,孫文重要助手。他憑藉文采與政治手腕協調各方,但後期轉向親日。
徐謙(1917年9月代理),江西人,革命黨元老。他短暫代理秘書長後轉任司法職,堅持推行近代化司法改革,奠定廣州國民政府司法體系基礎。
古應芬(1917年12月代理),廣東人,粵系官僚代表。他以財政、行政能力輔助舊桂系掌控廣東,強化地方割據,客觀上維繫了護法陣營的表面統一。
戴傳賢(1918年2月代理),四川人,國民黨理論奠基者。他在代理期間撰寫《孫文主義哲學基礎》,將三民主義與儒家思想結合,為後期「清黨」提供理論依據。
參軍處參軍長
許崇智(1917年9月任),廣東人,革命派核心成員,粵軍實際領導者。他憑藉其在福建新軍的資歷及同盟會背景,深度參與護法軍政府籌建,主導軍事決策與部隊整編,成為孫中山早期武裝鬥爭的關鍵支柱。
黃大偉(1917年10月代理),湖北人,革命派成員。他擁有近代化軍事教育背景,深得孫文信任,在粵軍東擴福建期間被任命為第一路軍司令,率部參與閩南軍事行動。
大元帥府親軍總司令
李福林(1917年9月任),廣東人,革命派成員。他在護法時期率"福軍"衛戍廣州河南帥府,深得孫文信任。
衛戍總司令部總司令
方聲濤(1917年9月任),福建人,駐粵滇軍將領,唐繼堯在粵代理人。他在護法時期率部參與軍政府的軍事行動,並主導閩南地區作戰,援助粵軍控制20餘縣。
徐紹楨(1918年3月代理),廣東人,辛亥元勛。他在護法時期協助孫文整訓粵軍,鞏固廣東革命根據地。其早年訓練新軍的經驗為護法軍政府培養骨幹力量,但受制於西南軍閥掣肘,實際軍事影響力有限。
外交部總長
伍廷芳(1917年9月任),廣東人,革命派成員,中國近代首位法學博士,法學家與外交家。其在護法運動期間出任軍政府首任外交總長,憑藉國際法專業背景主導對外交涉,力倡「護法」合法性。
王正廷(1917年9月署),浙江人,革命派成員,中國近代體育先驅。他作為南方代表參與巴黎和會前期籌備,主張通過國際舞台爭取權益。其履職體現軍政府吸納專業外交人才的策略,但因南北政權對立,實際涉外活動受限,派繫上親近孫文但保持一定獨立性。
林森(1918年4月署),福建人,革命派成員,辛亥元勛。他此前主導起草《中華民國臨時約法》,護法期間以法統捍衛者身份協調各方。其外交活動側重凝聚內部共識,受限於舊桂系。
內政部總長
孫洪伊(1917年9月任),天津人,國會「韜園派」領袖。他雖任內政總長,但長期駐上海任全權代表,並以調和南北矛盾著稱,推動直系倒段,後因與孫文政見分歧退出。
居正(1917年9月署),湖北人,革命黨元老。他在護法時期以孫洪伊未到任為由代理內政部務,主導廣州本地行政與民政治理。
財政部總長
唐紹儀(1917年9月任),廣東人,民國首任內閣總理,外交家與改革派。他在護法時期出任財政總長但未實際到任。
廖仲愷(1917年9月署),廣東人,孫文核心幕僚。他以財政次長代理部務,實際執掌軍政府財權,其高效理財為護法運動提供核心經濟支撐。
陸軍部總長
張開儒(1917年9月任),雲南人,駐粵滇軍將領。他在護法運動期間任護法軍政府陸軍部總長兼靖國軍第五軍軍長,支持孫文護法反段祺瑞,但1918年遭唐繼堯撤職。
許崇智(1917年10月署)
海軍部總長
程璧光(1917年9月任),廣東人,原北洋政府海軍總長,1917年7月應孫文邀請率海軍第一艦隊南下參加護法運動。1918年因反對孫文炮擊廣東督軍署(莫榮新)而與其矛盾激化,次月於廣州海珠碼頭遇刺身亡,疑為舊桂系或革命黨激進派所為。
林葆懌(後),福建人,原北洋政府海軍將領,護法艦隊主力艦「海圻」號艦長。程遇刺後接任護法軍政府海軍總司令,初期支持孫文,後轉向西南軍閥主導的「七總裁制」軍政府。
交通部總長
胡漢民(1917年9月任),廣東人,孫文核心助手之一。他在任職期間整頓財政,短期內顯著提升軍政府收入,鞏固護法經濟基礎,但因國民黨右派立場,後期與孫文政見分歧。
馬君武(1917年9月署),廣西人,革命派核心成員。他在護法運動期間推動護法區域交通建設,強化軍政府後勤保障,1924年因反對「聯俄聯共」政策被國民黨開除。
籌餉委員會委員長
簡英甫(1917年9月任),近代實業家,他依託商界資源為護法軍政府籌措資金,緩解財政壓力。