
明末清初,漠西蒙古(即瓦刺)分為四大部落,其中活動於伊犁河流域的準噶爾部勢力逐漸壯大,佔有天山南北,並與清朝展開爭奪蒙古族地區和西藏的鬥爭。
康熙二十七年(1688),準噶爾汗噶爾丹趁蒙古族諸部內部紛爭之際東向大舉進攻,一路勢如破竹,追擊蒙古族部眾直至漠南草原,與清朝形成直接軍事衝突。康熙二十九年(1690),康熙帝統軍親征,與噶爾丹大戰於烏蘭布通(今內蒙古克什克騰旗),噶爾丹戰敗逃走。康熙三十四年(1695),噶爾丹再次進軍漠北,窺伺漠南。康熙帝於康熙三十五年(1696)發兵十萬北伐,分為三路,自統中路軍。噶爾丹聞訊西撤,與清朝西路軍遭遇於昭莫多(今蒙古烏蘭巴托南),又被擊敗。當時準噶爾統治集團內部已經發生分裂,噶爾丹之侄策妄阿拉布坦聚眾自立。昭莫多戰後,噶爾丹力量衰弱,眾叛親離,於康熙三十六年(1697)暴病而卒。

康熙
噶爾丹死後,策妄阿拉布坦掌握準噶爾統治權,將擴張重點轉向西藏。明清之際,漠西蒙古四部之一和碩特部由青海入西藏,與黃教領袖達賴、班禪建立聯合統治,並且接受清朝的冊封。18世紀初,和碩特首領拉藏汗與西藏地方勢力的矛盾逐漸激化,策妄阿拉布坦趁機發兵入藏,於康熙五十六年(1717)攻佔拉薩,殺拉藏汗。康熙帝決定「驅準保藏」,以皇十四子胤禎為撫遠大將軍,至西寧全權指揮軍事行動。康熙五十九年(1720),清軍從準噶爾軍手中奪回拉薩,並舉行六世達賴冊封典禮,控制了西藏局勢。
雍正初年,和碩特部貴族羅卜藏丹津又在青海發動叛亂,被川陝總督年羹堯鎮壓。雍正五年(1727)策妄阿拉布坦死,子噶爾丹策零嗣位,與清軍數次交戰,互有勝負。
乾隆十年(1745)噶爾丹策零亦死,諸子爭位,內江不已,準噶爾力量大為削弱。乾隆十九年(1754),準噶爾貴族阿睦爾撒納率部降清,清軍以之為嚮導,在次年終於將準噶爾平定,俘其汗達瓦齊,但阿睦爾撒納隨即又舉兵叛亂。乾隆二十二年(1757),清軍再次平定準噶爾,阿睦爾撒納逃入俄國病死。經過康、雍、乾三代皇帝的長期經營,清朝終於徹底擊敗了準噶爾部這深勁對手。

清軍之所以取勝,首先,清軍進行的是維護祖國統一、反對準部貴族分裂叛亂的正義戰爭,因而得到各族人民支持。其次,清廷剿撫並用的策略運用得比較成功。第三,清廷此時內部穩定,國力強盛,軍隊紀律嚴明,戰鬥力較強。第四,在戰爭指導上,能依據客觀情況,制定出切合時宜的作戰方針;針對作戰地區地理條件的特點,認真作好戰爭準備,注意發揮騎兵快速機動作戰的能力和發揮火器部隊的作用。
當然,清軍平定叛亂的戰爭所以延續70年之久,除了沙俄極力插手和支持叛亂者以及民族關係等原因,增加了戰爭的複雜性外,清軍在作戰指導上的一些失誤也是重要原因。而准部貴族在沙俄支持下掀起的民族分裂叛亂戰爭,是違背各族人民利益的不義之戰,必然遭到各族人民的強烈反對,政治上的不得人心,及其統治集團內部的爭權奪利和軍事上存在許多不可克服的致命弱點,決定了其失敗是必不可免的。