羅帥和肖華辭任院長和副院長，他升為一把手，依然向羅帥彙報工作

莫文驊將軍特別會做政治工作，戰爭年代長期擔任要職，解放後也是被羅榮桓和肖勁光搶著用。

莫文驊解放後在東北軍區擔任副政委，去北京開會時，被羅榮桓邀請到總政工作。

羅榮桓讓他到總政來工作，目的是明確的。總政準備籌建政治學院，希望他擔任副院長，負責學院的日常工作。

政治學院成立後，級別不低，屬於大軍區級別，院長是羅榮桓兼任，第一副院長是肖華，莫文驊擔任第二副院長。

因為羅榮桓和肖華在總政工作比較多，學院的日常工作都是莫文驊來負責，他經常向羅榮桓彙報工作。

他擔任副院長長達7年時間，到了1961年，羅榮桓身體不好，辭任院長，肖華也辭去了第一副院長，上級任命莫文驊為院長。

他在擔任院長期間，為政治學院的建設和發展貢獻非常大，但也受到過一些委屈。

1965年，他被錯誤批判，離開了工作崗位，到了福州軍區擔任副政委。在福州工作時間很短，被葉帥留下，問題得到平反，恢復了職務。

工作1年多後，他就被扣上了「劉鄧黑幹將」，與吳克華、肖華為「三華反三軍」。他中斷工作長達8年時間，直到1975年才恢復工作。