明太祖定都集慶，改為應天府府。明朝建國是以應天府為京師（而不是叫南京），在京師的基礎上才叫汴梁為北京。朱棣篡位後改北平為順天府，北京行在，這時候應天府依然叫做京師；直到正式下詔書遷都順天府之後，北京行在後改為京師，而原來的京師應天府則改稱南京，這才是南京的出現，至此明朝確定了兩京制的格局。
當然在很長一段時間內，北京和南京的地位都有些尷尬，北京是一直被稱為「行在」，即皇帝率文武百官駐紮的臨時首都。而南京身為名義上的都城，卻自明成祖以後就沒有皇帝回去長時間駐紮辦公。也就是明成祖的兒子明仁宗在位時期想遷回南京，不過這位仁宗皇帝在位僅僅十個月而已，所以沒來得及付諸行動就駕崩了。
可以說留都南京的中央機構，就是明朝朝廷的備份。那麼這兩套的中央機構有何不同呢，認真來說南京的中央機構是象徵意義大於實際意義。畢竟皇帝在北京，因此真正的決策權出自北京的中央機構。而南京沒有皇帝這個主心骨，所謂的中央機構也名不符實。所以就實權來說，北京有決策權，南京沒有，權力劃分很清楚，因此兩者之間並沒有什麼衝突。
多京城制或者兩京制度確實不是明朝特有，但是明朝特有的是南北雙京都有中央行政機構，就是從隋朝傳下來的三省六部：中書省，尚書省，門下省；禮部，吏部，戶部，工部，兵部，刑部。所以實際上明朝是唯一一個真正有兩個首都的朝代，而不是其中某個京城是陪都。南京六部一方面負責南直隸，浙江，江西，湖廣稅銀的押解，一方面負責造黃冊放在玄武湖，就造黃冊打回重造收手續費這一條就能賺的盆滿缽滿。
南京六部擁有實權，南直隸相當於現在蘇皖滬三個省級單位，同時由於南京的特殊性，還要兼管一些南方省份的事務。南直隸是沒有三司的，南京六部雖然沒有北京的大，但是也有一定的權力，否則其他省份的三司豈不是擺設。刑部相當於按察使司，兵部還要管南直隸以及三軍都督府，吏部負責南直隸以及南方省份的官吏，戶部就不用說了，南方財政是重中之重，哪怕是禮部也有負責明孝陵以及南京廟宇的祭祀，以及重要的南直隸與南方省份的科舉教育，一些禮節性的確是閑職，但是畢竟明孝陵明祖陵（鳳陽也在南直隸）在那，總不能搬了吧。光管理南直隸各地，這權力就不小了。
南京六部有一個很大的作用，就是作為升遷和貶謫的跳板，一般入閣要加六部銜，出身翰林，至少要在一部當過正印，一般是禮部，所以說禮部就是入閣的階梯。問題是六部就六個正印，哪裡來的位置給那麼多資歷不夠的人刷政績？這個時候一般就會遷南京六部尚書或者左侍郎，然後等京城六部出缺就能直接同級遞補或越級遞補。
要是當了南京禮部的正堂，基本就是北京禮部出缺的第一梯隊繼承人了，當年嚴嵩被夏言提拔就是走的這個流程，在南京禮部鍛煉，然後直入中樞當部堂。南京六部還有一個作用就是給政治鬥爭失敗的人作為養老院，畢竟北京的確可不是那麼容易等的。明代高度集權，實際上所謂「中央機構」都是向皇帝負責，無論是司禮監還是內閣也都是圍著皇帝轉的，無論是南京六部還是北京六部，任何工作都要經過內閣司禮監和皇帝才能獲批，所以南北六部毫無衝突。
