毛主席在讀明代馮夢龍編纂的《智囊》一書時曾批註曰：
“自古能軍無出李世民之右者，其次則朱元璋耳。”
唐太宗李世民創造了許多以弱勝強的經典戰例，最符合毛主席的軍事智慧特徵；而朱元璋之所以能緊隨李世民之後排名第二，是因為他奪取天下的一系列軍事謀略也深得毛主席的讚賞。
李世民
朱元璋在十幾年的戰爭磨練中，以非凡的軍事才能，從普通一卒到三軍大帥，直至登上大明開國皇帝的寶座。而那些在他還是無名小校時已久歷兵戎的群雄，曾幾何時都先後成了他的刀下鬼或麾下將。毋庸置疑，朱元璋是一個卓越的軍事家，軍事上的成功，是他能夠得天下的主要原因。
毛主席說：“戰略問題是研究戰爭全局的規律的東西。”朱元璋正是在錯綜複雜的元末戰爭中，正確地把握了戰爭全局，充分利用客觀局勢造成的有利因素，在戰爭發展的各個階段制定出正確的戰略決策。
朱元璋由於“凡有征伐，命之往，輒勝”，而得到郭子興的賞識，授以兵柄，三年中接連從親兵升為九夫長、鎮撫、總管，直至小明王韓林兒冊封的右副元帥。可惜主帥郭子興才能平庸，趙均用等野心勃勃，內部不和，自相殘殺，外又有元軍威逼，全賴朱元璋獨力支持，紅巾軍才得以在內外交困中保存了下來。公元1355年，郭子興病歿，朱元璋代總其軍。不久，他斷然放棄了經營三年的淮西，率領一萬餘人的精幹部隊，南下渡江，另闢江南根據地。
朱元璋為何要渡江南下呢？究其原因有三：一是“和陽乏稂，謀欲渡江”，是為保證軍餉不致匱乏；二是避免與趙均用、孫德崖發生火拚，自相削弱；三是“有明基業，實肇滁陽一旅”，朱元璋早在略定遠、下滁州時已與李善長、馮國用等儒士制定了以南京為根據地，取元朝而代之的總的戰略計劃，而渡江作戰則是這個大戰略的第一個重大步驟。
當時的江南不僅盛產糧食，駐守的元軍也因被群雄分割而孤立分散，有利於各個擊破。於是朱元璋便抓住這個有利時機，果斷決定揮師渡江。渡江之後，他擺脫了各種制約，名義上，雖仍臣屬於韓林兒、劉福通，但僅僅“念林兒勢盛可依藉，乃用其年號以全軍中”而已。正是靠着宋政權的“捍蔽”，元軍主力“不能以匹馬只輪臨江左”。朱元璋在攻克南京之後，接連又佔領了安徽、江蘇、浙江的大片土地，力量迅速壯大，成為元末最重要的一支軍事力量。
朱元璋
公元1360年，元末農民戰爭開始轉變為大規模的封建統一戰爭，朱元璋面臨著嚴重局面：宋政權由於主力北伐失利，在元將察罕帖木兒的進逼下，都城汴梁失守，退保安豐（今安徽壽縣），一蹶不振。若察罕帖木兒勒兵南下，宋軍不能抵禦，朱元璋很可能受到元軍的威脅。與此同時，更為嚴重的威脅來自東西兩側。雄踞長江上游的漢王陳友諒，“跨有江漢，土廣鋒銛，東南無二。矜其強大，日尋於長矛大鏃之間”。下游的吳王張士誠，“南包杭、紹，北跨通、泰”，擁有相當實力。朱元璋中居南京一帶，正處於東西兩大強敵之間。這時，陳友諒恃強，已順流而下，佔領了南京上游的九江、安慶、太平等軍事重鎮，並遣使與張士誠相約為聯盟。除此之外，南方的方國珍，雖不是勁敵，卻也在狐疑觀望，以待時機。
對如此嚴重局勢，朱元璋進行了審慎的調查和分析。他首先關注的是中原戰場，但從獲得的軍事情報中斷定，由於內鬥，元軍主力還不致馬上兵臨城下。至於方國珍，志在保土，實力孱弱，遲早是“樊籠之鳥，取之如寄”。由此，他決定對南北兩面暫取守勢：北與察罕帖木兒通好，以爭取時間；南對方國珍羈縻，免得制肘。對東西兩側之敵，他認為“吳、漢者，門庭之寇，赴之宜迅”。但是，到底是先打張士誠，還是先打陳友諒，朱元璋的決策集團分歧很大。
絕大多數人認為：“張士誠，富而弱，宜先。”而劉基則認為：“友諒踞上游，且名號不正，宜先伐之。陳氏既滅，張氏為囊中物耳。”朱元璋在反覆權衡利弊之後認為：“友諒剽而輕，其志驕；士誠狡而懦，其器小。志驕則好生事，器小則無遠圖。若先攻士誠，友諒必空國而來，使我疲於應敵，事有難為；先攻友諒，士誠必不能出姑蘇一步為之援。”於是採納了劉基的意見，決計先伐陳友諒。
朱元璋的這一戰略決策，既顯示出他能在極其複雜的形勢中駕馭戰爭全局的軍事才能， 更顯示出他敢於以弱勝強的大無畏膽略。當時的陳友諒，無論從軍事實力還是從戰略地 位上，都處於絕對優勢。而朱元璋的許多將士懾於陳軍強盛，懼怕與陳軍作戰，甚至連主要謀士李善長聽到朱元璋要誘使陳友諒速來時，也驚慌失措地問：“方憂寇來，何為誘致之？”
朱元璋胸有成竹，一面“遣使齎書偽降約為內應”，誘敵深入；一面派大將胡大海率精兵直搗敵後。而陳友諒竟縱身跳進了朱元璋設下的陷阱，使朱元璋在龍灣痛快淋漓地全殲其主力。龍灣戰役不但打敗了陳友諒，也大大震懾了張士誠。此後，朱元璋與陳友諒的幾次大戰，張士誠始終按兵不動。尤其是鄱陽湖大決戰，朱元璋傾國而出，南京幾成空城，甚至連朱元璋自己也不無後顧之憂，大戰正酣之際便派大將徐達還鎮南京。而張士誠仍龜縮在姑蘇城內不敢出援陳友諒。朱元璋先打陳友諒的戰略決策，打破了吳、漢建立軍事聯盟的可能性，從而使自己擺脫了東西兩線同時作戰的軍事危機，並最終將他們各個擊破。
展示朱元璋非凡軍事才能的另一戰例是北伐戰爭。北伐戰爭表現了他在重大勝利面前仍然能保持清醒頭腦，冷靜應對。
朱元璋在削平陳友諒、張士誠之後，公元1367年10月，決計北伐。由於接連的勝利，讓不少將領產生了輕敵情緒。在研究北伐進軍路線的軍事會議上，許多人主張“直搗元都”。朱元璋鑒於“元建都百年，城守必固，若懸師深入，屯兵于堅城之下，饋餉不足，援兵四集，非我利也”，力排眾議，果斷地提出先取山東，撤其屏蔽；旋師河南，斷其羽翼；拔潼關而守之，據其戶檻。全局在握，然後進兵元都，“則彼勢孤援絕，不戰可克其都”。北伐戰爭正是按照朱元璋的這一戰略安排取得了勝利，從出師北伐到克元大都僅僅用了十個月的時間。朱元璋在總結北伐戰爭的經驗時曾說：“士不可以恃廣，人不可以恃眾，朕從起兵以來，與諸豪傑相角逐，每臨小敵亦如大敵，故能致勝。”
朱元璋的軍事思想也存一些瑕疵，突出的一點是他泥古不化，固守着古代兵法中所謂“窮寇勿追”的教條，以致多次貽誤戰機，縱虎歸山，導致了本來可以避免的損失。
朱元璋北伐戰爭的戰略雖然是正確的，但“窮寇勿追”的教條仍然造成了重大失誤。北伐軍平齊、魯，掃河、洛之後，征虜大將軍徐達已料定元順帝必棄大都而北竄，並提醒朱元璋：“師進而彼北奔，不窮跡之，將為異日憂。”但朱元璋卻反駁說：“元運替矣，彼且自澌盡，何煩我窮兵為。”命徐達“出塞之後，固守疆圉，防其侵軼可也”。其結果，元順帝北竄後，仍然保存着完整的政治、軍事機構，因此得以在塞北重新組織力量，不斷大規模南侵，成為明初的最大禍患，迫使朱元璋在建國後整整二十中不得不屢次興師動眾，與其交戰，人力、財力上的損失是慘重的。
假使朱元璋當初能決計除惡務盡，犁庭掃穴，一舉摧毀元朝的官僚機器和軍事力量，何來二十年之後患？
毛主席一貫主張“宜將剩勇追窮寇”，他評價朱元璋的軍事才能“次”於李世民，就暗含着對他固守“窮寇勿追”的軍事教條等失誤的委婉批評。
毛主席對朱元璋的經歷研究得非常仔細，甚至一些歷史細節也不放過。當他讀到《明史》中講元至正二十四年春，朱元璋在即吳王位後親自率兵征伐武昌，一舉蕩平漢、沔、荊、岳等地區的記錄時，揮筆批道：
“不令諸子孫統兵作戰，失策。”
在毛主席看來，朱元璋應該讓諸子孫也在槍林劍叢中經受鍛煉，不能讓他們坐享其成。在這方面，無產階級革命領袖毛主席遠遠超越了封建帝王朱元璋——他將自己的愛子毛岸英送上了抗美援朝戰場，竟至壯烈犧牲！
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