USEARCH —— 最簡單易學的擴增子分析流程
USEARCH官方英文主頁：http://www.drive5.com/usearch/
本站經USEARCH作者Robert Edgar授權，由《宏基因組》公眾號翻譯的中文幫助文檔和系列教程。
USEARCH簡介
USEARCH是最好用的擴增子分析流程，在體積僅1 MB的軟體中實現了近200種擴增子分析常用功能，安裝方便且運行速度快。
圖1. USEARCH文章引用統計截圖(截止2022年2月24日，Google學術統計引用16,532次)
圖1. USEARCH作者谷歌學術主頁(截止2022年2月24日，Google學術統計引用101,538次)
USEARCH作者是Robert Edgar獨立研究員(Independent Investigator)在本領域開發了一系列經典演算法和軟體，如擴增子分析流程USEARCH[1]（引用1.6萬次）、嵌合體檢測軟體UCHIME[2]（引用1.1萬次）、OTU聚類和代表性序列鑒定演算法UPARSE[3]（引用9253次）、和測序數據錯誤過濾和校正的去噪演算法UNOISE[4]等。這些新演算法和軟體的推出，極大的提高了擴增子數據分析的速度和準確度。
USEARCH不僅分析速度快，而且軟體可用性強，可有效降低入門學習成本並節約寶貴時間。進一步閱讀，歡迎點擊下方鏈接，閱讀宏基因組公眾號關於USEARCH的歷史文章。
擴增子分析神器USEARCH簡介
USEARCH v11新功能介紹
USEARCH最新版v11命令大全
OTU表抽平otutab_rare
核心OTU鑒定otutab_core
USEARCH的優點
體積小巧：
QIIME系統軟體大小上G，而USEARCH只有1M的大小完成了市面上的大多數分析功能；
安裝方便：
軟體無依賴關係，下載後添加環境變數即可運行；
運行速度快：
R語言在大數據面前太低效，USEARCH採用C編寫，數據處理速度為R的20倍。
鑒定ASV的核心演算法UNOISE3也比主流軟體DADA2[5]快100倍，delbur快10倍以上[6]，詳見 主流非聚類方法dada2,deblur和unoise3介紹與比較；
跨平台：
絕大多數軟體只能在Linux上運行。
USEARCH支持三大主流操作系統，不僅在Linux服務上跑的溜，而且在你的Windows/Mac筆記本上也可以輕鬆分析多達上千個樣本的擴增子大數據。
軟體下載
32位版軟體下載
32位版USEARCH對個人用戶免費下載，請訪問以下地址自助免費申請
http://www.drive5.com/usearch/download.html
專業版購買
USEARCH 64位版，分為商業版和學術版(需要提供學術郵箱)。
商業版，原價$1,485美刀(~￥10,300元)，現價10,300元，可開發票和合同(含稅)
學術版，原價$885美刀(~￥6,200元)，現價6,200元，可開發票和合同(含稅)
軟體支持Linux / Mac OSX / Windows三大主流系統，可任選自己常用工作環境之一。
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聯繫方式
郵箱：宏基因組公眾號 [email protected]
微信：meta-genomics
電話：17001263056
參考文獻
Edgar RC: Search and clustering orders of magnitude faster than BLAST. Bioinformatics 2010, 26:2460-2461.
Edgar RC, Haas BJ, Clemente JC, Quince C, Knight R: UCHIME improves sensitivity and speed of chimera detection. Bioinformatics 2011, 27:2194-2200.
Edgar RC: UPARSE: highly accurate OTU sequences from microbial amplicon reads. Nature Methods 2013, 10:996.
Edgar RC, Flyvbjerg H: Error filtering, pair assembly and error correction for next-generation sequencing reads. Bioinformatics 2015, 31:3476-3482.
Callahan BJ, McMurdie PJ, Rosen MJ, Han AW, Johnson AJA, Holmes SP: DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data. Nature Methods 2016, 13:581.
Amir A, McDonald D, Navas-Molina JA, Kopylova E, Morton JT, Zech Xu Z, Kightley EP, Thompson LR, Hyde ER, Gonzalez A, et al.: Deblur rapidly resolves single-nucleotide community sequence patterns. mSystems 2017, 2:e00191-00116.
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