文 ｜ 徐銳
美國一名17歲高中生首次對淡水天使魚進行基因組測序。 圖片來源：Indeever Madireddy
美國一名17歲的高中生首次對淡水天使魚進行基因組測序，序列數據已上傳公共資料庫。相關研究10月18日發表於microPublication Biology。
Indever Madiredy在今年3月寵物天使魚Calvin死亡後，對其進行了基因組測序。
Madiredy雖然是高中生，但同時也是一位熱心的養魚人和生物學愛好者，此前他就曾使用CRISPR基因編輯技術進行過研究。而Calvin是他從魚卵一手養大的。
「雖然我的天使魚死了，但我想讓它『永存』，所以決定對它的基因組進行測序，並將相關數據貢獻給科學界，這同時是在向我的寵物致敬。」Madiredy說。
Madiredy在位於加州的生物創客空間「生物妙趣」（一個社區實驗室）開展了測序工作。這裡的實驗室設備向任何人開放，只需支付少量會員費即可使用。他將魚存放在-80℃的實驗室中，以保存其DNA。他花了約一個月的時間學習和準備測序。
Madiredy利用英國DNA測序公司牛津納米孔科技有限公司製造的小型測序儀，花了兩個周末完成了測序工作。該小型測序儀在DNA分子通過微孔時可以讀取序列信息。相較其他測序技術，該納米孔測序技術精確度略低，但測得的單個DNA片段更長，這使得測序軟體更易於將這些片段重新組合在一起，從而得到完整基因組。這就像玩拼圖遊戲，碎塊越大，需要拼的量就越少，就越好拼。
在測序結束後，Madiredy花了兩個月時間分析數據和學習更多相關知識。隨後他將序列數據上傳到公共資料庫。
天使魚原產於亞馬孫流域，如今作為水族魚類在世界各地深受歡迎。測序結果表明，天使魚的基因組與相關魚類的基因組相似，並沒有帶來特別的「驚喜」。
Madiredy說，測序花費了約2000美元，其中近1000美元是通過眾籌獲得的。
「最重要的是我在這個社區實驗室里遇到的人，特別是Johan Sosa和Kurt Chang給予了我極大的支持。」Madiredy說。
牛津納米孔科技有限公司首席執行官Gordon Sanghera表示：「這是一個極佳事例，說明了好奇承載的科學精神，以及在消除了成本和複雜性技術等障礙後，年輕科學家能做什麼。」
相關論文信息：
https://doi.org/10.17912/micropub.biology.000654
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