王憲是中期的一名官員，出生在東平，於弘治三年考中進士，歷任阜平、滑縣知縣。後被徵召擔任監察御史。
到了正德初年的時候，王憲得以升任為大理寺丞，不久後又升遷為右僉都御史，負責清理甘肅屯田事務。
之後，再升為右副都御史，巡撫遼東。又歷任鄖陽、大同知府。因在應州抵禦敵寇有功，獲賞蔭封為錦衣衛，世襲百戶。後來升為戶部右侍郎，改任陝西巡撫，又被召入朝廷任兵部右侍郎。
當時，京城附近盜賊興起，王憲與太監張忠、都督朱泰一同捕捉盜賊，再次因功獲賞蔭封。
武宗皇帝南征的術後，便命令他率領戶、兵、工三部郎中各一人監督管理軍需物資。
武宗皇帝回京後，又按照皇帝的旨意，代替王瓊擔任兵部尚書。
嘉靖皇帝即位後，王憲被給事中史道彈劾而被罷免。
嘉靖四年，朝廷推薦鄧璋和王憲擔任三邊總制，言官們堅持認為不可，但嘉靖皇帝最終還是任用了王憲。
部將王宰、史經接連打敗敵寇，嘉靖皇帝下詔書褒獎他們。
不久後，吉囊率領數萬騎兵渡過黃河，從石臼墩深入明朝境內，王憲督率總兵官鄭卿、杭雄、趙瑛等人分兵據守要害之地襲擊敵寇，都指揮卜雲又截斷了他們的退路。
敵寇到了青羊嶺後，大敗而逃。五天內四次獲勝，斬殺敵首三百多級，繳獲馬匹、駱駝、器械裝備無數。
嘉靖皇帝非常高興，加封王憲為太子太保，又賞給他一個兒子承襲錦衣衛世襲百戶的蔭封。到這時，王憲已經被蔭封了三個兒子承襲錦衣衛世襲百戶了。
有宦官在陝西織造花絨，王憲請求停止。接著又因為九廟建成，請求釋放因議禮而獲罪的官員，很被士大夫們稱讚。
張璁、桂萼想任用王瓊為總制，於是改任王憲為南京兵部尚書。不久，又被召入朝廷擔任左都御史。
再不久後，朔州告警，朝廷推薦王憲總督宣府、大同。王憲不肯前往，說：「我剛進入中台，怎麼就這樣急於驅趕我呢？」
給事中夏言、趙廷瑞藉此彈劾王憲借口有病逃避危難，王憲就這樣被罷免回家。
沒過多久，嘉靖皇帝又想起王憲，召他任兵部尚書。
小王子入侵，王憲上奏條陳平定敵寇以及各邊防禦事宜，又請求設立京營分伍操練法，諸將不得借口在內府供事，逃避軍營操練。嘉靖皇帝都讚許並採納了他的建議。
按照舊制度，論功行賞，有生擒、斬首、當先、殿後、奇功、頭功等名目，但後來冒領功勞的日益增多。
王憲制定了軍功承襲的規格，自永樂至正德，斟酌各朝輕重大小的不同，詳細地列出上報。嘉靖皇帝下詔將他的建議載入《會典》，作為成例。
不久，王憲又兼任團營總督僉事。西番各國來進貢，稱王號的有一百多人。
王憲與禮臣夏言等請求依照成化、弘治年間的舊例，在答敕中只答覆一個國王，並限定進貢的期限和人數。這一建議得到批准。
大同發生兵變，王憲起初上書表示首亂者應當誅殺，其餘的人應當遣散。
但由於大學士張孚敬與總督劉源清卻主張用兵，王憲就不敢再堅持原來的建議。
接著，劉源清攻城不能取勝，北方敵寇又侵入境內，上書請求另外派遣大臣抵禦北寇，自己得以專心攻城。
王憲也同意他的奏請，朝廷內部很多評論的人都因此責怪王憲。
嘉靖皇帝很快醒悟到大同是個重鎮，不宜破壞，於是停止了用兵，兵變也很快就平定了。劉源清終究因罪被罷免。
過了幾年，王憲因年老請求退休，去世。追贈少保，謚號康毅。
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