1936年，在國家危難之際，卜占亞毅然決然加入了抗日自衛救國會，承擔起秘密聯絡的重要任務。僅兩年後，他的勇敢與堅定使他成為中國共產黨的一員。
抗日戰爭期間，他在晉察冀地區加入了八路軍，其英勇表現使他迅速從一名普通指導員升為團級組織的核心領導——總支書記。特別是在冀東地區，卜占亞參與了聲名顯赫的百團大戰，並在多次反擊日軍的「掃蕩」和「清鄉」行動中立下赫赫戰功。
在艱苦的敵後游擊戰中，卜占亞不僅展現了卓越的軍事才能，還積極地動員和組織當地民眾，有效地打擊了日偽勢力的猖獗。抗日戰爭取得勝利後，為了維護前往東北的關鍵陸路通道，我軍與國民黨軍隊在熱河地區爆發了激烈的衝突。在這場戰鬥中，卜占亞作為主要指揮官，帶領部隊勇敢地參與了保衛承德的鬥爭。
在解放戰爭的關鍵時刻，卜占亞作為東北野戰軍的一員，展現了他的戰略才能和勇氣。在遼瀋戰役的高潮中，他帶領的404團在攻克錦州的戰鬥中大放異彩，他們勇猛無比，打擊了敵軍近千人，並俘獲了兩位敵方高級將領。
東北戰場取得勝利後，卜占亞隨四野大軍南下，積極投身於解放湘西和湘南的戰鬥。在衡寶戰役中，尤其是在蘆門前的戰鬥，他憑藉一團之力，巧妙地戰勝了國民黨的172師，顯示了他出色的戰術眼光和指揮能力。
新中國成立以後，卜占亞沒有停歇，繼續在西南及沿海地區參與剿匪鬥爭。抗美援朝期間，他在金城反擊戰中大顯身手，對停戰談判也發揮了關鍵作用。到了五十年代末，卜占亞再次被派往西藏，參與平息當地的叛亂。
在軍事任務完成之後，卜占亞在西藏從事軍政工作，他的努力對當地的社會變革產生了深遠的影響，為西藏的穩定與進步作出了重要貢獻。
在1963年，卜占亞成為了42軍的一員，先是作為政治部主任，後升任政委。42軍的歷史可以追溯到東野第5縱隊，卜占亞對這一環境頗為熟悉，因此他迅速適應了新的工作崗位。他的才華和能力得到了廣州軍區司令員丁盛的高度評價。特別是在1968年「楊、余、傅」事件後，卜占亞的職業生涯迎來了轉折點，他被提升為廣州軍區政治部主任。
到了1970年，中央政府作出了關鍵性的決策，將卜占亞調派至湖南省革命委員會，任命他為副主任。此外，他還同時擔任廣州軍區和湖南軍區的要職。不久之後，卜占亞更是升任為省委書記。能同時擔任這麼多重要職務，充分體現了中央對他的深厚信任和重視。
在湖南工作期間，卜占亞充分展現了他的領導才能。在那個混亂的時期，他全力以赴地組織和恢復了當地的工農業生產。在他的領導下，湘江大橋僅用了九個月就建成了，這一成就顯著提升了當地的交通運輸能力和經濟發展，也充分證明了卜占亞在困難環境下的卓越領導能力。
1972年10月遭遇了職業生涯的重大轉折。儘管曾獲得毛澤東的親自接見，他仍被免去湖南省委書記一職，並接受了組織的深入調查。在這段艱難時期，他展現出了相對坦誠的態度，主動揭露了許多公眾不為知曉的秘密，包括林彪集團在廣州企圖建立「另一個中央」的陰謀。
在這個自我剖析的過程中，卜占亞還披露了一些開國高級將領的相關情況，其中包括他曾深受恩惠的丁盛將軍。由於他的揭發，丁盛及其他人受到了不小的波及，一些廣州軍區的官員甚至因此改變了他們的命運軌跡。
在晚年，卜占亞在一次與丁盛之子的會面中，坦誠地表示他對丁盛感到愧疚。因其揭露有助於查清事實真相，加之並未真正參與反革命活動，卜占亞最終恢復了工作，於1973年被任命為蘭州軍區的副政委。
退役後，他選擇在北京安度晚年。在高齡之時，卜占亞偶爾還會回憶起那段波折重重的往事，但他的看法已有所改變。他最終於1999年在北京逝世，留下了一段複雜的歷史軌跡和深刻的思考。
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