在第四次《忍界大戰》時，藥師兜之所以敢和帶土合作，是因為他掌握了仙術，完成了蛻變。毫無疑問，此刻的藥師兜已經超越了大蛇丸，他進入了龍地洞，學習了大蛇丸無法觸及的仙術，成為忍界大戰中除了帶土和斑之外最大的反派。
此刻藥師兜掌握的最強的能力就是仙術和穢土轉生，但其實還有隱藏能力。我們也是在藥師兜洗白之後才知道，原來他掌握了研究透徹的柱間細胞，在佐助被斑殺死之後藥師兜趕往戰場用柱間細胞成功救了佐助。那麼問題來了，柱間細胞的強大不言而喻，藥師兜同時掌握了柱間細胞和仙術，為什麼從來不使用木遁呢？藥師兜的戰鬥本來就不多，他唯一一次也是最經典的一戰就是對戰鼬和佐助。當時的藥師兜幾乎是壓著鼬和佐助打的，但憑佐助和鼬一個人還真不好解決藥師兜。
藥師兜身懷仙術和柱間細胞，但是他卻始終不使用木遁？甚至可以說藥師兜也注入了大和殘留的實驗物質。之所以這一戰中沒有使用木遁，首先是對戰鼬和佐助是沒有必要，當時藥師兜佔盡了地利，在陰暗的巢穴中，他可以用無機轉生髮動更有效地攻擊代替的木遁，其次就是鼬和佐助都有須佐能乎防禦。藥師兜的木遁就算在強，也不可能和柱間的真數千手一樣擁有攻破須佐能乎的能力。
木遁雖然是很強大的攻擊型忍術，但是面對擁有霸體的鼬和佐助，自然不會冒著消耗大量查克拉，還有幾率被反吞噬使用木遁。不過假如藥師兜轉而和其他忍者戰鬥，那麼木遁則會有很出彩的表現，只可惜藥師兜開局遇到了會須佐能乎的宇智波兩兄弟，也是最後一次戰鬥。
其次則是自身的原因，藥師兜雖然擁有了柱間細胞，但是有沒有掌握木遁還真是不一定，首先，木遁並不是擁有柱間細胞都可以使用的，不過藥師兜的柱間細胞是研究得很透徹的，所以理應來說應該掌握了木遁。
而藥師兜更偏向於輔助使用，將這種力量注入了白絕體內，並且創造了實驗體大和。其實藥師兜也不過是利用阿飛觀察木遁的實驗，有沒有反噬能力等等。只可惜這件實驗品還沒有做出成果，藥師兜就被伊邪那美強制洗白。
所以藥師兜即便是掌握了木遁，也沒有實踐的機會或者說他不敢用。或許藥師兜本想讓阿飛試用，然後自己在掌握這種力量，只可惜被鼬終結了。但是藥師兜的柱間細胞並沒有被荒廢，而是注入了佐助身體中，成功復活了佐助，也算是功過相抵吧，只能說鼬料事如神，即便是自己已死依舊給佐助留下了防備帶土的天照，鳴人肚子里的別天神，還有最重要的藥師兜的柱間細胞！忍界大戰救了自己的弟弟。