動畫電影《小王子》根據原著改編，但又不完全是原著里的故事，這部電影更多的是一個小女孩的故事。小女孩的媽媽對她寄予了厚望，她希望小女孩能上最好的學校，為此她們排練了很多遍面試官很有可能會問的問題，然而真正面試時面試官卻換了問題，沒有準備的小女孩就這樣被淘汰了。雖然面試失敗了，但是小女孩的媽媽買了一所學區房，這樣的話小女孩就可以上最好的學校了。
不過，很快她們就發現隔壁住了一個怪老頭，他每天都在搗鼓些奇奇怪怪的東西，甚至還有一架破舊的直升飛機，沒有人願意跟這個怪老頭玩。在她們搬來的第一天，怪老頭就不小心把他們家砸壞了，因此他賠了一罐硬幣。一天晚上，小女孩在寫作業的時候，老頭從窗戶外扔進來一個紙飛機，小女孩打開飛機發現上面寫著一個小王子的故事，老頭還在紙上寫了他想和小女孩做朋友的願望，不過小女孩不太喜歡怪老頭，她拒絕了他。第二天，小女孩整理硬幣的時候發現了很多關於小王子的有趣的小玩意兒，她突然來了興趣。她找到老頭，並表示對小王子的故事很感興趣，願意和老頭做朋友，於是，老頭又繼續把這個故事講了下去。
小王子住在一個比他大不了多少的星球b612上，星球上只有他一個人，生活很無趣，他每天所做的事無非就是看日升日落，剷除猴麵包樹，有一天，風不知從哪個星球上吹來了一粒種子，小王子很開心，他日日用心澆灌，終於長出了一朵玫瑰。小王子和玫瑰很快就相愛了，可是玫瑰就像很多不懂戀愛的少女，總會讓另一半傷心，終於，小王子受不了玫瑰的自負離開了她。離開玫瑰後，小王子到了很多星球，他發現成人的世界很奇怪，外面的世界也不過如此。後來他來到了地球上，在這裡他遇到了一隻狐狸，他想和狐狸做朋友，可是狐狸說只有馴服了它才能和它做朋友。小王子馴服了狐狸，他們愉快地相處了很長時間，小王子在地球上看到了很多玫瑰，他開始想念起自己的玫瑰，於是他決定回去找她。
小女孩和老頭相處得越來越好，可是他們不小心闖了禍，小女孩的媽媽也發現了小女孩整天不學習跟怪老頭一起玩，她很生氣，勒令小女孩好好學習，不許再跟怪老頭玩了。老頭其實是個飛行員，年輕時有次駕駛飛機時降落到了一片沙漠，在沙漠中遇到了小王子，他所說的故事都是真的。開學前一天，老頭身體出現了問題，被送到了醫院，小女孩很傷心，她決定為老頭找到小王子，滿足他的願望。
小女孩瞞著媽媽駕駛著老頭的直升飛機走了，行駛了一段時間，她來到了一個星球，這個星球上沒有兒童，全是埋頭工作的大人。她在這裡找到了小王子，可是此時的小王子什麼都不記得了，他變成了一事無成的大人。小女孩發現這一切都是商人搞的鬼，他剝奪了小王子的童年記憶，不僅如此，他還試圖奪取小女孩的記憶。一番較量下，小女孩打敗了商人，喚醒了小王子的記憶，他們一同駕駛著直升機飛走了。他們來到了b612，然而b612上長滿了猴麵包樹，玫瑰也死了。小女孩很難過，小王子告訴她：「我能看見她，只有用心看才能看得真切。」玫瑰一直活在小王子的心裡。
