百级净化空调系统的新风需经一初、一中二级过滤随着过滤器容尘量的不断增加，新风管路中的阻力也随之增中。新风量将逐渐减少。而排风所过滤的是来自百级洁净室较清洁的空气（中效过滤器主要是为防倒灌而设置的），该过滤器的阻力增加比较缓慢，排风量的减少很小。因此若不进行调节，百级无尘车间的正式值将越来越小，这对保持无尘车间的洁净度极为不利。因此，必须适时关小回风总管上的风阀，使正式值接近设计值。若采用自动控制，将有以下两种最常用的控制方法：
（1）在净化空调系统的回风总管上设电动风阀在百级洁净室调试结束并投入运行后，通过洁净室内的正压值测点来控制电动风阀的开度，使正压值恒定在设计范围内。这种控制形式，对新风及排风不能作恒定风量控制。
（2）洁净空调系统中的送、排风机均配置变频电机在正常运行时，由设置在送、排风总管上的恒定风量装量控制送、排风机电机之频率，根据系统的阻力变化自动调整风机转速，使百级洁净室获得恒定的送、排风量。同时，为得到百级洁净室必需的正压值，通过洁净室内的正压值测点自动控制洁净空调系统回风总管上风阀的开度。这实际上也决定了净化空调系统的回风量和新风量。应该指出是，前述恒定风量装置，是指恒定动压或风速的控制系统，有别于民用空调系统中，其末端通常是散流器、百叶风口或条缝型风口等无阻力变化的风口，恒定了送风干管中的静压值，即可恒定该系统中原来的风量分配。而净化空调系统中的末端是高效过滤器，其初阻力为200Pa左右，终阻力可达450Pa左右。显然，用恒定送风总管中的静压值这一控制方式，就无法确保净化空调系统中恒定的风量分配。
上述第一种控制形式，控制系统十分简单，且投资很少。但缺点是，洁净室内的总风量将随着净化空调系统中总阻力的增加有所减小。这就要求设计人员在选择风机尤其是送风机时，要提高风机的风压，这样会造成一定的能量浪费。而第二种控制形式，克服了第一种控制形式的缺点，其控制品质比较高，当系统使用新的过滤器，运行阻力比较小时，送风机所需的输入功率也比较小，不会浪费风机的剩余压头，而且比较容易获得百级无尘车间所需的值班风量及其正压值。
另外，若仅从节约冷、热量的角度而言，在过渡季节应采用变新风量空调系统。但是，由于新风的含尘浓度远远大于百级洁净室回风的含尘浓度。况且，采用变新风的空调系统，仍需保证百级洁净室恒定的送风量。所以，一方面将使新、回、排风系统的控制方案比较复杂，另一方面，还将大大增加净化空调系统各级过滤器的过滤负荷，缩短了过滤器的使用寿命，所以净化空调系统的新风量宜采用恒定的最小新风量。
