永元元年(北魏太和二十三年,公元499年)八月,在誅殺江祏後,蕭寶卷召蕭遙光入殿,告訴他江祏等人的罪狀。這讓蕭遙光害怕不已,回到中書省就裝瘋號哭,從此稱病不去中書省履職。
看到這有人可能會覺得不可思議了,這蕭遙光之前不是還信誓旦旦準備自立為帝嗎?現在為何這般模樣?因為在蕭遙光最初的設想中他是準備和自己的弟弟蕭遙欣一起行動的,他自己密謀舉兵佔據東府,蕭遙欣則從江陵發兵順流而下。誰知剛要起事之際,蕭遙欣卻病死了,然後江祏等人又被殺了,這能讓蕭遙光不害怕嗎?
蕭寶卷當然也清楚蕭遙光的事,但考慮到他的聲望後,決定任命他為司徒並讓他在自己家中休養從此不再過問政事,於是就召他入朝聽旨。已是驚弓之鳥的蕭遙光擔心入朝後就會被殺,便決定鋌而走險,在八月乙卯日(十二日)傍晚召集部曲佔據東府,以討伐劉暄為由起兵作亂。蕭遙光趁着夜色率百人殺進東冶釋放囚犯,又從尚方(兵工廠)奪取武器,隨後找來了驍騎將軍垣歷生一同參與叛亂。垣歷生到後與蕭遙光親信劉沨一起勸蕭遙光趁夜迅速拿下台城,可蕭遙光卻因為疑心不敢出兵,直到天稍亮,才身着戎裝登城行賞賜。垣歷生趕忙再勸他出軍,此時的蕭遙光希望台城內部自己生變,於是再次拒絕了建議。
為了讓自己造反顯得有理有據,蕭遙光又派人去劫持蕭坦之,結果被蕭坦之裸身跳牆逃脫。逃跑後的蕭坦之路遇游邏主顏端被擒,將情況告知,顏端親自驗證實情後與蕭坦之一同入台城,並帶着一支兩百人的隊伍從西掖門入殿守衛。另一邊蕭遙光也派人去劫持沈文季,也遇到了同樣的情況。這下子台城內禁軍開始聚集,但因為情況不明,還是不免有些人心惶惶,直到徐孝嗣奉詔入台城後人心才開始安定。
丙辰日(十三日),蕭寶卷正式下詔開始反擊。他命尚書符遙光口述蕭遙光罪狀,又下令戒嚴並赦免京城囚徒。徐孝嗣、沈文季以下負責屯衛宮城,蕭坦之則率軍前去討伐蕭遙光,屯兵湘宮寺,鎮軍司馬曹虎則屯兵青溪大橋中,左興盛屯兵東府東籬門,三面圍攻東城併火燒司徒府。蕭遙光見狀派遣垣歷生從西門出戰,禁軍竟然屢遭敗仗,軍主桑天愛更是慘遭殺害。蕭坦之等人於是改變策略決定圍困蕭遙光。
這招果然起到了效果,戊午日(十五日),先前被蕭遙光挾持入東府的蕭暢與沈昭略偷偷出南門渡淮水逃入台城,此舉讓東府內眾人的情緒一落千丈。這還不是最糟的,次日垣歷生從南門出戰,誰知他竟然棄槊投降曹虎,但曹虎並未放過他將其殺害。最能打的垣歷生都投降了讓蕭遙光怒不可遏,下令殺了垣歷生的兒子,至此蕭遙光所部徹底沒了鬥志。
到了晚上蕭坦之等人也發動了總攻,攻佔了東府。大勢已去的蕭遙光回到小齋,穿上衣服和帢帽坐着,手裡拿着點燃的蠟燭照明,下令關起所有房門讓部下拒敵。但這時哪還有人願意為他賣命,全部散作一團逃了。左右都逃出屋。禁軍軍主劉國寶、時當伯等此時也已殺到,蕭遙光聽見動靜趕忙吹滅蠟燭躲在床底。但很快就被破門而入的禁軍從床底拽出斬首。至此,僅持續了四天的蕭遙光作亂被輕鬆平定。
己巳日(二十六日),蕭寶卷開始就此次平叛論功行賞,徐孝嗣被任命為司空,沈文季被任命為鎮軍將軍,原本擔任的侍中、僕射之職不變。蕭坦之被任命為尚書右僕射、丹陽尹,原來的右將軍官職照舊不動。劉暄被任命為領軍將軍,曹虎為散騎常侍、右衛將軍。南齊朝廷似乎又恢復了穩定,可事實真是這樣嗎?