清入關以前，於崇德四年（39）曾派專使入藏聯繫。崇德七年（42），西藏各教派首領派遣伊拉古克三等專使到盛京朝貢。同年，和碩特蒙古顧實汗殺藏巴汗，尊五世達賴喇嘛羅桑嘉錯為宗教領袖，控制了西藏地方的權力，後又於順治二年（45），贈四世班禪羅桑卻吉堅贊以「班禪博克多」的尊號，以分割五世達賴喇嘛的權力，鞏固其在西藏的統治地位。
清入關定都北京以後，清廷進一步加強與西藏的聯繫。
順治八年（53），順治皇帝派恰噶喇嘛、嘉饒喇嘛入藏，問候達賴和班禪，並邀請五世達賴喇嘛到北京會晤。順治九年（54），順治帝在太和殿設宴為達賴洗塵。翌年，五世達賴喇嘛返藏，順治帝又在南苑設宴為之餞行，冊封五世達賴喇嘛為「西天大善自在佛所領天下釋教普遍瓦赤喇恆喇達賴喇嘛」，冊封顧實汗為「遵行文義敏慧顧實汗」。明確了五世達賴喇嘛的宗教領袖地位和承認顧實汗對西藏地方的統治。
準噶爾部的侵擾，結束了長期以來清廷依靠和碩特蒙古統治西藏的局面，清廷開始着手重新組建西藏地方政權。採取噶倫共同掌政制度，即由清廷委任五人為噶倫（開始時四人），其中一人為首席噶倫，一總西藏地方政務。乾隆十五年（1750），清廷下令廢藏王，建立噶廈（發令機關），於駐藏大臣和達賴喇嘛之下，設四噶倫（三俗一僧）分理政務。四噶倫地位平等，互不統屬。自此，達賴喇嘛由西藏地方的宗教領袖轉而成為政治領袖。
這樣，西藏的噶廈即成「政教合一」的地方政權，隸屬於清帝。
與此同時，提高駐藏大臣的地位和擴大駐藏大臣的職權。
乾隆五十六年（1791），又發生了廓爾喀人（尼泊爾的一個民族）入侵西藏事件。廓爾喀為了達到擴張其勢力的目的，借口邊境稅收糾紛，大舉入侵，掠奪後藏，殘殺藏民。八世達賴喇嘛和七世班禪報請清廷發兵。乾隆帝即派大將軍福康安率領由滿、漢、蒙、藏等各民族人組成的軍隊一萬七千人入藏，在藏族人民的支援下，乾隆五十七年（1792）五月，即將廓爾喀人全部逐出西藏，迫使廓爾喀「軍前乞降」，永不再犯。
廓爾喀軍能很快深入後藏地區，充分暴露西藏噶廈地方政權的弱點和弊端，官吏貪污舞弊，兵備廢弛，若不改弦更張，西藏政局就不能安定。乾隆帝命福康安等會同西藏各方人士，籌議西藏善後章程。經過先後多次會奏，最後經清帝批准，於乾隆五十八年（1793）正式頒佈《欽定藏內善後章程》。《章程》第一條首先明確規定：「駐藏大臣督辦藏內事務。」地位與達賴喇嘛、班禪平等，噶倫以下官員盡為駐藏大臣屬員，事無大小，均應稟告駐藏大臣辦理。特別是清廷接受了以往為達賴喇嘛呼畢勒罕（化身）紛爭不已的教訓，創設了「金瓶掣籤」制度，即在達賴喇嘛的化身出世之後，將西藏各地報出的呼畢勒罕，由駐藏大臣將姓名、出生年月日，用滿、漢、藏文繕寫在牙籤上，投入「金奔巴」（即金瓶）瓶中，然後由駐藏大臣親自用象牙筷子從中取出一根，以此認定繼承達賴喇嘛的靈童，然後在駐藏大臣主持下舉行坐床典禮。
由此，明確規定了達賴喇嘛和班禪轉世，必須由駐藏大臣親臨並履行「金瓶掣籤」手續。此外，又規定西藏地方上起噶倫下至營官的所有大小官員，一律由駐藏大臣會同達賴喇嘛揀選，分別奏補揀放。並對官位的品級、銓選亦作了詳細規定。
駐藏大臣對於西藏的3000名藏軍，負有督察、校閱等責任，藏軍的大小軍官均由駐藏大臣會同達賴喇嘛揀放，經過考驗，有權升擢和斥革。另外派綠旗兵一千名駐藏。駐藏大臣每年春伙兩季定期巡邊，並派人沿邊設鄂博（用石塊堆砌以作定界）。
西藏的外交大權一律集中於駐藏大臣。達賴喇嘛和班禪與鄰國的來往書信，必須交駐藏大臣閱視，回信必須由駐藏大臣代為酌定，鄰國僑商入藏，必須持有駐藏大臣頒發的執照。
此外，駐藏大臣對西藏的宗教事務、司法案件，均有管理和核定之權。
對於西藏的財政亦有「稽查總核」之權。總之，駐藏大臣作為清朝中央政府的代表，在西藏地方行使全面的統治權力。《章程》還規定，西藏地方的賦稅和財政收入，一律歸西藏地方支用。駐藏軍隊的費用及西藏地方主要官吏的俸祿一律由中央政府支出。在西藏地方設鑄錢局鑄造銀幣，統一貨幣的成色和折算比價。對內對外貿易，統一稅收標準，設卡查驗。
《章程》進一步以文字的形式肯定了西藏地方與清朝中央政府早就開始的隸屬關係，具有法律條文的性質。《章程》的制定，對於進一步加強清朝中央政府對西藏的統治，對於穩定西藏的政局，以及維護多民族國家的統一，都有很大的積極意義。
