巴斯德的一生進行過很多的研究，主要成果表現在微生物方面，其中研究最多的要數疫苗了。巴斯德疫苗解決了當時社會很多的問題，減輕了無數人的痛苦，挽救了生命，引起醫學實踐的重大變革。早在巴斯德之前就有人提出病菌這一存在，但並未取得重大成果，巴斯德通過研究實驗，證明了這一存在，讓世人信服，這也為之後他研究疫苗做了鋪墊，並在之後的研究中，提出殺死某些病菌和治療相關疾病的方案。巴斯德疫苗有很多種，最先研究出來雞霍亂病原菌和炭疽疫苗，降低了當時法國這方面的死亡率，之後又研究出狂犬病疫苗。說到狂犬病疫苗，這裡不得不提到研究它的起因，狂犬病來源於病毒感染，可當時無人得知，巴斯德從前面的研究發現：經反覆傳代和乾燥的物質可減少其毒性，注射入體內可獲得一定的免疫力。當時就有一個被瘋狗咬傷的男孩去請求巴斯德的幫助，巴斯德抱着試一試的心態，最後利用新研究的成果救治了男孩，不過真正的狂犬病疫苗在1889年才問世，從那以後，再也不用擔心人類這一大公敵造成的威脅了。
他為了研究疫苗，常常冒着被傳染的危險採集標本，實驗過程不管多麼艱辛，不管失敗多少次，他總是不得到想要的結果決不放棄。巴斯德疫苗解決的都是當時社會存在的，與人的生命息息相關的大問題，直至今日，疫苗仍然在用，巴斯德研究疫苗的思考方式更是被人稱頌!
巴斯德的一生有很多的成就，他研究與微生物有關的一切事物，為人類生產生活做出巨大的貢獻。在巴斯德生活的那個年代，環境衛生問題造成的生物污染，引起疾病或者死亡很常見，例如手術感染;還可能造成工業生產的巨大損失，例如生產葡萄酒和牛奶，微生物的污染導致酒變質、牛奶保質期縮短。當時法國的釀酒業就存在酒變酸這一問題，若得不到解決，工廠便會損失慘重，巴斯德受邀去研究解決的辦法。在研究過程中，他發現了問題的根源在於酒中存在乳酸桿菌，只要殺滅了這種細菌，一切問題都解決了。最後他研究出一個合適的溫度，既可以殺滅細菌，又不會使酒的質量受到影響。後來用同樣的思路解決了牛奶變質的問題，人們將這種方法稱之為“巴士消毒法”，也就是巴斯德消毒法。
在那之後，醫生們受到啟發，手術時嚴格消毒，避免了一些手術因細菌感染而造成的死亡。現如今，巴斯德消毒法仍廣泛應用於許多方面，比如說食品生產，醫療衛生，實驗室研究等等。當然了，現在用的方法可能隨着科技的進步而有所改進，但整體仍在沿用巴士消毒法。巴斯德消毒法在當時的社會為人民謀了很大的福利，就連壽命也延長了，造福了世世代代的人。
從某種意義上說巴斯德是一位科學家，但是他卻說自己不懂科學，還說自己相信神創論，當然，這與巴斯德信仰基督教有關。他相信神，不能說他迷信，也並不影響他的研究，反而這種信仰一直促使他不斷進行探索。曾經有一段時期，有些派別的知識分子主張“自然生萬物”，而巴斯德認為這是謬論，他勇敢地站起來反對，所以那時的他並不受許多科學家們的認可，還受到一定程度的排擠，但是他直到去世也仍然堅守自己的信仰。
巴斯德晚年的時候到母校演講，他傳給學生的觀念依然與他的信仰有關，相信神的存在，神創造一切，巴斯德所理解的神和盲目的迷信是不一樣的，在他的心裡，神就像一種信念，一條繩索，只有順着他走，才能看到結果。並且在他看來，他的所有成功都源於神，在神的指引下，他發現了自然界吸引他的地方，然後他開始研究，最後得知神創造自然的奧妙，並利用發現造福人類，他常提的觀點就是：當自己對自然研究更深刻，就更接近神。
他說他找不到證據來證明神與科學有矛盾之處，說到這裡，還有一則小故事：巴斯德在一次火車旅途中遇到一個年輕人，年輕人看到巴斯德手握念珠便開始跟他講科學，勸他不要迷信，巴斯德耐心地聽年輕人講完，然後說出自己的想法，他還是堅持自己的觀點，最後年輕人才知道，原來是巴斯德。由此可以看出巴斯德信仰始終不變，科學與神也不衝突，只在於個人怎麼理解。
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