加州理工学院Mitchell Guttman等研究人员开发新技术-RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE)首次实现了全基因组水平同时分析RNA-RNA、DNA-DNA以及RNA-DNA互作(1)。
RD-SPRITE技术原理(1)
研究人员通过该技术以及RNA转录的干扰等发现核内非编码RNA普遍参与核内功能结构域的组织。
这些非编码RNA转录后会产生高浓度的聚集，这种聚集的非编码RNA就像“种子”一样进一步募集其它调控RNA以及蛋白，进而影响远程DNA互作、染色质状态以及基因转录。
研究人员认为该项技术捕捉到的多种多样非编码RNA作用方式值得进一步挖掘；此外，这种全基因组RNA-DNA综合互作的分析技术还能用于转录对染色质结构的影响以及核外RNA聚集结构的详细解析。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7
该项工作2021年11月4日发表在Cell(1)。
同日，Cell还上线来自UCLA Kathrin Plath等研究人员的工作，细致分析了Xist RNA如何募集蛋白失活X染色体；研究人员结合动态成像数据等提示这可能是一个相分离的过程(2)。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01275-7
Comments：
RD-SPRITE技术全基因组水平分析RNA-DNA综合互作，是非常强大的工具，能获取独到信息；将来进一步结合与蛋白互作的信息会能为大家带来更“全景”的细胞核组织结构。
但是这项技术从原理上看起来很难高质量做到单细胞，毕竟它依赖重复多次接头连接。
通讯作者简介：
https://www.bbe.caltech.edu/people/mitchell-guttman
https://www.hhmi.org/scientists/kathrin-plath
参考文献：
1. S. A. Quinodoz et al., RNApromotes the formation of spatial compartments in the nucleus. Cell. 0(2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.014.
2. Y. Markaki et al., Xist nucleates local protein gradients to propagate silencing across the X chromosome. Cell. 0 (2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.022.
原文链接：
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01275-7
