全基因组综合分析RNA-DNA互作的技术揭示染色质功能组织的核心

2022年06月28日05:33:11 科学 1571

加州理工学院Mitchell Guttman等研究人员开发新技术-RNA & DNA SPRITE (RD-SPRITE)首次实现了全基因组水平同时分析RNA-RNA、DNA-DNA以及RNA-DNA互作(1)。

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RD-SPRITE技术原理(1)


研究人员通过该技术以及RNA转录的干扰等发现核内非编码RNA普遍参与核内功能结构域的组织。

这些非编码RNA转录后会产生高浓度的聚集,这种聚集的非编码RNA就像“种子”一样进一步募集其它调控RNA以及蛋白,进而影响远程DNA互作、染色质状态以及基因转录。

研究人员认为该项技术捕捉到的多种多样非编码RNA作用方式值得进一步挖掘;此外,这种全基因组RNA-DNA综合互作的分析技术还能用于转录对染色质结构的影响以及核外RNA聚集结构的详细解析

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https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7


该项工作2021年11月4日发表在Cell(1)。


同日,Cell还上线来自UCLA Kathrin Plath等研究人员的工作,细致分析了Xist RNA如何募集蛋白失活X染色体;研究人员结合动态成像数据等提示这可能是一个相分离的过程(2)。

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Comments:

RD-SPRITE技术全基因组水平分析RNA-DNA综合互作,是非常强大的工具,能获取独到信息;将来进一步结合与蛋白互作的信息会能为大家带来更“全景”的细胞核组织结构。

但是这项技术从原理上看起来很难高质量做到单细胞,毕竟它依赖重复多次接头连接。

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https://www.bbe.caltech.edu/people/mitchell-guttman


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https://www.hhmi.org/scientists/kathrin-plath

参考文献:

1. S. A. Quinodoz et al., RNApromotes the formation of spatial compartments in the nucleus. Cell. 0(2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.014.

2. Y. Markaki et al., Xist nucleates local protein gradients to propagate silencing across the X chromosome. Cell. 0 (2021), doi:10.1016/J.CELL.2021.10.022.

原文链接:

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01230-7

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(21)01275-7

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