我们上期盘点了さかみはら色的同人作品《圣斗士宙斯篇》和《圣斗士混沌篇》的世界观设定。
而天界惊诧于雅典娜圣斗士的实力，居然先后击败了海皇和冥王，于是宙斯决定假意向雅典娜开战，即“创世纪”计划，继续试炼雅典娜和圣斗士。宙斯以神力复活领悟第八感的圣斗士，包括白羊座的穆、双子座的加隆狮子座的艾奥利亚、处女座的沙加、天秤座的童虎及天蝎座的米罗等，阿波罗也将五小强传送回大地。
此时处女座黄金书圣斗士沙加参透了自己第七使徒光明神靡菲斯特的身份，阿波罗要求沙加返回天界，沙加依然决定效忠雅典娜，第十使徒月影神米拉赶来准备惩处“叛徒”，结果被沙加击杀，正式拉开了雅典娜与宙斯间的“圣战”。
而第十三使徒火炎神浮士德也就是凤凰座一辉，也拒绝了第八使徒木罗神阿里昂的征召，双方展开大战。因为冥王哈迪斯战败后被天界封印于诸神的墓地—冥蓬域，而敌人的敌人就是朋友，所以冥界三巨头出手协助一辉，遭到木罗神反杀，最终一辉恢复第九感神识，杀死了木罗神。
此时天帝阿维尔也降临人间界，他曾将大地的管辖权交给雅典娜。阿维尔拿出具有弑神之力乌拉诺斯之剑，让雅典娜选择放弃大地，或者杀死天帝阿维尔继续反抗宙斯。雅典娜不忍心杀死心爱的兄长，接过乌拉诺斯之剑准备自杀，阿维尔阻止了雅典娜，并自尽，坚定了雅典娜反抗宙斯的决心，阿维尔神之血让雅典娜神衣进一步觉醒，雅典娜实力大增。阿维尔的忠实部下第五使徒水浒神和第六使徒金刚神将阿维尔“遗体”带回天界。
得到消息的冰河与紫龙踏上征程，没想到十二使徒圣命神安塔利斯居然解除了童虎的诸神的假死法，导致童虎灰飞烟灭了，悲愤的紫龙领悟第九感击杀了圣命神。
战军神斯波尔图斯派出嘉利美特三骑士试探黄金圣斗士实力，结果分别被加隆、穆、米罗击杀，后来加隆与战军神同归于尽，而穆、艾欧利亚和米罗以雅典娜之惊叹与假扮沙加的土烈神艾修塔同归于尽。
这期间青铜五小强和支援而来的海魔女、奥路菲杀掉了不少普通天斗士，天界先遣部队基本被消灭，圣斗士大军准备进攻天界。
雅典娜率领沙加和五小强启程进攻天界，天界目前还有天界三妃（天后·赫拉、智慧与美之女神·亚提密斯、爱与调和之女神·美利露提亚）和前三名神帝（太阳神阿波罗、冥丽神黛里斯普罗托、海雄神特里顿）镇守，实力远超圣斗士。
因为除一辉外，其他四小强没有“天上人之证”身份，所以迷失在超空界，关键时刻，原第四使徒大地神伊卡洛斯，也就是射手座黄金圣斗士艾俄洛斯化身的飞鸟将他们引入天界。
镇守天空域的阿维尔已自尽，他的两名忠实部下，水浒神劳伦士和金刚神亚维奥搭起彩虹阶梯，将众小强送到海楼域，冰河对战同样使用冻气的海雄神特里顿，冰河的绝对零度落败于海雄神的超绝对零度，这时海皇波塞冬赶来支援，这海雄神原是海皇波塞冬麾下第一任海龙将军，被海皇派到宙斯身边做卧底，结果执掌天界圣海野心膨胀的海雄神背叛了波塞冬，两人最终同归于尽。而冰河也破冰而出，掌握了超绝对零度。
瞬单挑掌管冥蓬域的冥丽神黛里斯普罗托，掩护紫龙和星矢到太阳神殿，瞬逐渐不敌的关键时刻，一辉赶来，兄弟齐心，其利断金，此时封印在冥蓬域的哈迪斯神识附身在瞬身上，与一辉两人合力击杀了冥丽神。
到达太阳神殿的星矢和紫龙想采用老套路，一个拖住阿波罗，另一个闯“日轮门”进入宙斯神殿，可惜“日轮门”与阿波罗小宇宙关联，星矢和紫龙接近“日轮门”时，圣衣直接融化成水，赶来的冰河赶忙施展超绝对零度救援，反弹的热浪将冰河的圣衣一并融化，此时，一辉和瞬也赶到了，五人再次因雅典娜之血觉醒了神圣衣。
五小强群战阿波罗，使阿波罗负伤，作为曾经的挂王，阿波罗也觉醒了最强神之力，天衣直接觉醒为主神级别的神衣，最终以一辉和紫龙阵亡的代价，保障了星矢、冰河、瞬通过了“日轮门”。之前沙加也护送雅典娜一路杀到太阳神殿，结果也是死于阿波罗之手，实际上阿波罗看到了圣斗士舍生忘死的决心，存在一定的放水行为。
月神在天上界入口布置了防御部队，冰河和瞬施展了合体必杀技“钻石风暴”打散了防御部队，为星矢开路，面对漫山遍野的侧近天斗士，星矢也体力不支倒地，冥界潘多拉放死去的黄金圣斗士灵魂过去激励星矢。
在奥林匹斯山宙斯神殿，雅典娜与赫拉的对话，揭示了实际上一直以来，都是赫拉在幕后操纵挑起圣域之战、与海界和冥界之战，这段情节车田正美设置的是死睡二神的妹妹命运女神刻尔操纵的。雅典娜的神衣因阿维尔鲜血而觉醒，轻松击败了赫拉。
天马座圣斗士星矢终于陪着雅典娜进入神殿见到了宙斯，宙斯也揭示了亲自发动创世纪的真实原因，并不是为了毁灭大地，而是为了筛选对抗混沌皇帝卡奥斯的人选，见到闯关而来的星矢非常欣慰。
这时所有人都在等待星矢大战宙斯的结果，大家相信弑神大魔王可以再次完成弑神壮举。实际上冥王三巨头、阿波罗、天帝阿维尔等实际上都活着，宙斯带着雅典娜和星矢前往未知领域，而冰河和瞬被传送回圣域。
下一步的剧情将承接《圣斗士混沌篇》
