嘉興是新石器時代馬家浜文化的發祥地,距今7000年前市境就有先民從事農牧漁獵活動。春秋時,此地名長水,又稱槜李,吳越兩國在此風雲角逐。戰國時,劃入楚境。秦置由拳縣、海鹽縣,屬會稽郡。兩漢時煮海為鹽,屯田為糧。三國時吳國雄踞江東,析由拳縣南境、海鹽縣西境置鹽官縣。吳黃龍三年(231)「由拳野稻自生」,吳大帝孫權以為祥瑞,改由拳為禾興,赤烏五年(242)改稱嘉興。兩晉、南北朝時,嘉興得到進一步開發,「一歲或稔則數郡忘飢」。隋朝開鑿江南河,即杭州經嘉興到鎮江的大運河,給嘉興帶來灌溉舟楫之利。唐玄宗天寶十年(751)析嘉興縣東境及海鹽、崑山等縣部分轄地置華亭縣。唐代嘉興屯田27處,「浙西三屯,嘉禾為大」,嘉興已成為中國東南重要產糧區,有「嘉禾一穰,江淮為之康;嘉禾一歉,江淮為之儉」的說法。五代十國時期,吳越國在嘉興設置開元府,領嘉興、海鹽、華亭3縣,是為嘉興首次設州府級政權。後晉高祖天福五年(940),因吳越王錢元瓘 之奏請,在嘉興置秀州,領嘉興、海鹽、華亭、崇德4縣。北宋改秀州為嘉禾郡,南宋寧宗慶元元年(1195)升郡為府,後改嘉興軍。元世祖至元十三年(1276)改嘉興軍為嘉興府安撫司,旋升為嘉興路總管府。宋元時,嘉興經濟較發達,被稱為「百工技藝與蘇杭等」,「生齒蕃而貨財阜,為浙西最」。乍浦、澉浦、青龍等港口外貿頻繁,海運興隆。明宣德五年(1430)析嘉興縣西北境為秀水縣,析東北境為嘉善縣;析海鹽縣置平湖縣;析崇德縣置桐鄉縣,嘉興府下轄7縣,稱一府七縣。此後四五百年內嘉興府縣體制基本未再變動。其時,在農業和手工業發展的基礎上,商品經濟日漸繁榮,棉布絲綢行銷南北,遠至海外,嘉興王江涇鎮的絲綢有「衣被天下」的美譽,嘉善有「收不完的西塘紗」的諺語,桐鄉濮院鎮絲綢「日產萬匹」,名聞遐邇。明弘治《嘉興府志》記載:「嘉興為浙西大府」,「江東一都會也」。明末清初,清軍攻破此處進行後進行了屠殺,使嘉興損失慘重,不復當年繁華。清朝中期,清政府進行了賦稅改革和整頓,並多次對杭州灣沿岸海塘進行修築,嘉興社會經濟才逐漸好轉,市鎮恢復繁榮。清咸豐十年(1860),太平軍攻克嘉興,建聽王府為當地軍政領導機構。清朝中期以後,受帝國主義掠奪和封建主義的剝削,嘉興的經濟和城市面貌日漸衰落和凋敝。1911年11月7日,辛亥革命黨人光復嘉興,成立嘉興軍政分府。民國初廢府存縣,改稱嘉禾縣,後復稱嘉興縣。1921年8月初,中國共產黨第一次全國代表大會在嘉興南湖的一艘遊船上閉幕,宣告中國共產黨成立。
1949年5月7日嘉興解放,分設嘉興縣、嘉興市,後撤併頻繁。1983年8月,撤銷嘉興地區行政公署,分設嘉興、湖州市,嘉興市設城區和郊區,下轄嘉善、平湖、桐鄉、海寧、海鹽5縣。1985年1月,經中共中央、國務院批准,嘉興市區及所轄嘉善、桐鄉、海寧縣被列為長江三角洲經濟開放區,至1988年,嘉興市及所轄5縣均被列為經濟開放區。1993年11月,嘉興城區更名為秀城區;1999年6月21日,郊區更名為秀洲區,2005年嘉興秀城區更名為南湖區。