據聞，嘉木樣一世於大夏河畔的扎西旗選址建寺，等到大殿建成後，僧俗人眾為表崇敬，於寺名前冠以「拉章」（即佛宮）字型大小，久而久之轉音稱作「拉卜楞」，後來便以人們喜聞樂見的「拉卜楞」為寺名。1721年，嘉木樣一世留有遺囑不再轉世，待其示寂後由法台一世賽倉·阿旺扎西活佛宣布，故而沒有尋訪轉世靈童。然而「遺囑」遭到一世德哇倉·羅藏頓珠活佛等人反對，且引起拉卜楞寺僧眾的群起附和，最終迫使法台阿旺扎西做出讓步，重新宣布嘉木樣轉世。此後，阿旺扎西認定河南蒙旗親王之子為轉世靈童，羅藏頓珠則尋訪到名為「郭喇」的轉世靈童，雙方僵持不下致使嘉木樣之位長期空缺。直至1738年阿旺扎西圓寂，羅藏頓珠繼任法台，才得以認定郭喇為轉世靈童，並於1743年迎至拉卜楞寺坐床，由此開始「嘉木樣」活佛系統的傳承。
青年喇嘛
自建寺以來，嘉木樣一世創建聞思學院和續部下院，二世建立時輪學院，這一時期在清廷及青海蒙古的支持下，拉卜楞寺規模不斷擴大，學經制度日趨完善，確立以教授顯密二宗為主，兼及醫藥、歷算、繪畫等為輔的學院體系。至三世嘉木樣建成醫藥學院，五世時又建喜金剛學院、續部上院，並擴建各種佛殿，成為黃教六大宗寺之一，最盛時僧人有四千餘人，聲名遠播勢力日盛，許多寺廟及部落民眾紛紛歸附，故而形成政教統一的形式。
俯瞰拉卜楞寺
拉卜楞寺的子寺較多，據傳甘肅境內有66寺，青海境內6寺，四川境內21寺，內蒙古境內7寺，西藏境內5寺，山西1寺，北京1寺。鑒於拉卜楞寺與子寺的密切程度不同，實行不同的管理方法：第一種是掌握政教大權，由拉卜楞寺院派員管理寺廟及其所屬部落的一切政教事務，也即由拉卜楞寺全權管理；第二種僅執掌教權，拉卜楞寺派法台或經師、僧官、代表等處理教務，政務由寺廟自行處理；第三種僅存在宗教上的聯繫，寺廟獨立擁有政教權力，拉卜楞寺不直接管理。
僧侶與民眾
轄域民眾大體上分為四類：第一類稱神民，由蒙藏王公貴族從屬民中調撥給寺院，這些民眾世代繁衍充當寺廟的 「香火戶」，一般會選送子弟出家為僧，也以勞動產出供養寺廟，一般由拉卜楞寺派員全權管理，比如青海河南蒙旗十一支箭地、拉卜楞寺附近十三庄等；第二類稱政民，是拉卜楞寺利用教權控制的部落之民，由寺廟派員執掌政教權力加以治理，比如美武五族、阿萬倉等；第三類稱教民，這些民眾由世襲大土官頭人統治，但在宗教信仰上接受拉卜楞寺的影響和控制，因而寺廟派遣僧人傳教或建立子寺滲透，比如牙端木、唐科爾等部落民眾；第四類稱「拴頭」即與拉卜楞寺有來往的村莊，嘉木樣活佛派遣官員到村莊，當地應負擔食宿，作為回報村莊差人來寺也受禮遇，另外一旦村莊發生衝突，拉卜楞寺給予支持或居中調處。
部落民眾
拉卜楞寺所屬部落按依附程度分別管理，既通過政教權力分割，也通過管理子寺實現直接或間接統治，選任三類頭目即郭哇、更擦布、赤哇等管理其所屬寺院和所屬部落，任期一般都是3年，其中郭哇、更擦布是由嘉木樣活佛80個侍從中選任，赤哇由活佛或有學問的學者擔任。拉卜楞寺派駐郭哇治理6個神民部落，有權召集民眾作戰，可以干涉民事、刑事訴訟案件或其他糾紛，而對擁有頭人的神民部落，拉卜楞寺則通過頭人間接統治該部落的群眾；更擦布即嘉木樣活佛的代表，是拉卜楞寺派往寺院的全權行政官員，其權力限於寺院行政，故地位稍次於郭哇；赤哇由拉卜楞寺派往屬寺主持宗教事務，督促全寺僧侶學經，遵守宗教戒律，如與屬寺僅有宗教關係，拉卜楞寺只派赤哇，而對政教都屬於拉卜楞寺的屬寺，則同時派赤哇、更擦布分管政教事務。
喇嘛
寺廟擁有不菲寺產，寺內主要活佛也有較多土地、牧場、森林、牧畜、房屋等，財產的所有權也各有差異，比如全寺公產為所有僧侶之財產，而六大學院亦有公共私產，而嘉木樣佛宮、大小活佛則另有私產，當然一般僧人也有少量個人財產，總的來說，拉卜楞寺的財產數目便相當可觀。1958年前，拉卜楞寺出租土地2.17萬畝多，周圍13庄900餘戶都依靠租佃田畝為生，僅在夏河縣就有拉卜楞寺所有的羊36500多隻、牛7400多頭、馬9540匹，而且經營出租房屋5100多間，此外寺院從事放高利貸、商業投資、信徒布施、僧徒募化等聚攏起巨額財產，從而具備雄厚的經濟勢力。
豐收時節
拉卜楞寺地處川青甘康四省交通要地，是當地最大的寺院，又在各地廣建寺廟，歷來得到中央政府和地方實力派的支持，加之周邊藏人部落依附，故而形成頗有影響的一方勢力。
