1965年，空軍首任司令員劉亞樓病故後，誰來接替職務呢？
根據劉亞樓生前對林總的推薦，加上林總對吳法憲工作能力的認可等諸多因素考慮。在空軍司令員的任命上，軍委打破常規，讓吳法憲從政委轉為司令員。
對於擔任司令員一職，吳法憲一開始的態度是遲疑的，他認為楊成武、劉震都是合適的人選，自己願意與他們搭檔，配合把空軍工作做好。
為何推薦楊成武，因為1957年空軍與防空軍合併，組建新空軍，空軍有一部分幹部、以及部隊都是防空軍轉過來的，而楊成武曾經擔任過司令員。
對於推進劉震，更容易理解。他是空軍副司令員，上將軍銜，又是軍事幹部，倆人在解放戰爭時期搭檔多年，彼此非常了解。
至於林總為何沒有選擇他們兩位，而堅持用吳法憲，我們就不過多評價，裏面的因素有多種。
當吳法憲擔任司令員後，林總讓他挑選一位合適的搭檔。從這一方面講，希望新政委能很好配合他工作，就像當初吳法憲一直配合劉亞樓工作一樣。另一方面，給他一個很大自主權，選擇容易配合，能力可以的，這樣有利於日後的團結，不至於鬧矛盾。
在這樣的情況下，他推薦副政委余立金。
余立金是紅二方面軍六軍團出身的將領，在抗戰、解放戰爭，以及新中國成立之初，長期干軍事教育工作。1952年，調任華東軍區空軍政委、南京軍區空軍政委、空軍副政委等職。
1967年，他擔任政委僅僅2年，就因所謂楊余傅事件，而受到誣陷，離開工作崗位，多年後才得到平反。
余立金離開空軍後，林總讓吳法憲再挑選一個政委作為搭檔，又選擇了王輝球擔任。
王輝球是空軍的老人，在1953年調任空軍政治部主任，此後的很多年裡，一直負責具體政治工作，也是空軍歷史上任政治部主任時間最長的一位，前後14年之久。
就在吳法憲主持空軍工作期間，他的職務和黨內地位也在不斷提升。1967年兼任副總長，1969年進入政治局工作。自大運動爆發後，他一直是軍委辦事組成員，這個機構是負責處理軍委提出的工作的，一開始楊成武擔任組長，後來黃永勝。
可以說，在六十年代，他的軍事生涯達到最輝煌的時刻。1971年9月後，他的命運急轉直下，消失在公眾視野中。1981年，被組織安排到濟南生活，過着與普通百姓無二的生活，學會了很多生活技能。
