在阿根廷“超級軍旗”飛機服役23年之際，阿根廷海軍航空司令部（COAN）開始進行研究，以評估對其升級或更換的方式。
2004年底，當時的阿根廷海軍航空兵司令伊格萊西亞斯少將向國防部提交了一份提案，提出了對現有飛機進行現代化。2005年5月，該項目還在國會中進行了討論，以評估超級軍旗的現代化。最終取得的共識是，對“超級軍旗”進行現代化改裝，對捍衛阿根廷海洋和大陸架主權是有益的。
在接下來的幾年裡，該項目仍然是COAN的優先事項。以至於在每次活動、儀式或年度總結中，它總是被提及。但是，在當時，超級軍旗飛機飛機狀態還是比較良好的，所以，似乎COAN也並不急於該項目的推進。2009年，阿根廷海軍上將戈多伊（Godoy）表示打算對“超級軍旗”進行現代化改裝，當時尼爾達·加雷（Nilda Garré）擔任國防部長，她向法國提交了一份意向書，她傳達了阿根廷對法軍“超級軍旗”的興趣。
自1980年以來，法國海軍的“超級軍旗”經歷了持續的現代化過程（雷達、導航和攻擊系統、座艙所有部件的人機工程）。歷次升級採用了不同的標準，最初的“超級軍旗”為標準1，第一階段升級稱為標準2。
標準2（SEM 2）的關鍵是用Anémone雷達取代之前的Agave雷達。Anémone雷達對海上目標的探測距離增加了250%，並針對AM39反艦導彈和中程空對地（ASMP）戰略空對地核導彈進行了優化。新雷達在所有模式下的性能都有提升，並增加了抗電子干擾的能力。
飛機的駕駛艙換裝了新的HUD，新的UAT90機載計算機代替了UAT40，慣性導航器達到了更高的標準（UNI40M）。
1997年，智能空對地武器達到了標準3（SEM 3）。配備了新的湯姆森CSF ATLIS（激光照射吊艙），該系統允許在白天，使用激光照射引導AS30L導彈和500磅Paveway II激光制導炸彈。但是“超級軍旗”不能同時攜帶ATLIS和LGB炸彈，只能使用“A照B打”的模式進行攻擊。
不過，該標準 4 （SEM 4）已經取消了這一限制。法國海軍航空中隊於1999年1月首次部署了 “超級軍旗”SEM 3，正好趕上空襲南聯盟的行動。這是自1993年以來，“超級軍旗”首次參加實戰，也是其首次在實戰中發射激光制導彈藥。“超級軍旗”執行了412次進攻任務，投下了266枚LGB Paveway II並發射了兩枚AS30L導彈。
必須指出的是，“超級軍旗”具有的戰略重要性，因為它能夠發射ASMP中程空對地導彈，這是法國空基核打擊力量的重要組成部分。
標準4（SEM 4）於2000年之後繼續實施，重點是改進自衛系統。總共有47架“超級軍旗”升級到了標準4。
上一次重大升級是在2006年。法國海軍將34架“超級軍旗”升級為標準5（SEM 5），可以執行夜間精確攻擊任務。座艙照明可以適合夜視儀，配備了15個泰雷茲Damocles瞄準吊艙。ATLIS吊艙雖然相當古老，但由於其出色的白天目標瞄準能力，仍然還在使用。SEM 5還包括加密的無線電通信能力和低成本的EADS Fightacs便攜式觸摸屏戰術信息系統。
2011年在利比亞聯合保護行動行動標誌着“超級軍旗”SEM 5的最後一次大規模戰鬥。戴高樂號航空母艦剛剛從印度洋部署回來。由於利比亞與地中海相連，到戰區的飛行距離很短，因此“超級軍旗”可以比在阿富汗攜帶更多的武器，每架飛機最多攜帶四枚GBU49 GPS/LGB炸彈。（續待）
