文 ｜ 徐锐
美国一名17岁高中生首次对淡水天使鱼进行基因组测序。 图片来源：Indeever Madireddy
美国一名17岁的高中生首次对淡水天使鱼进行基因组测序，序列数据已上传公共数据库。相关研究10月18日发表于microPublication Biology。
Indever Madiredy在今年3月宠物天使鱼Calvin死亡后，对其进行了基因组测序。
Madiredy虽然是高中生，但同时也是一位热心的养鱼人和生物学爱好者，此前他就曾使用CRISPR基因编辑技术进行过研究。而Calvin是他从鱼卵一手养大的。
“虽然我的天使鱼死了，但我想让它‘永存’，所以决定对它的基因组进行测序，并将相关数据贡献给科学界，这同时是在向我的宠物致敬。”Madiredy说。
Madiredy在位于加州的生物创客空间“生物妙趣”（一个社区实验室）开展了测序工作。这里的实验室设备向任何人开放，只需支付少量会员费即可使用。他将鱼存放在-80℃的实验室中，以保存其DNA。他花了约一个月的时间学习和准备测序。
Madiredy利用英国DNA测序公司牛津纳米孔科技有限公司制造的小型测序仪，花了两个周末完成了测序工作。该小型测序仪在DNA分子通过微孔时可以读取序列信息。相较其他测序技术，该纳米孔测序技术精确度略低，但测得的单个DNA片段更长，这使得测序软件更易于将这些片段重新组合在一起，从而得到完整基因组。这就像玩拼图游戏，碎块越大，需要拼的量就越少，就越好拼。
在测序结束后，Madiredy花了两个月时间分析数据和学习更多相关知识。随后他将序列数据上传到公共数据库。
天使鱼原产于亚马孙流域，如今作为水族鱼类在世界各地深受欢迎。测序结果表明，天使鱼的基因组与相关鱼类的基因组相似，并没有带来特别的“惊喜”。
Madiredy说，测序花费了约2000美元，其中近1000美元是通过众筹获得的。
“最重要的是我在这个社区实验室里遇到的人，特别是Johan Sosa和Kurt Chang给予了我极大的支持。”Madiredy说。
牛津纳米孔科技有限公司首席执行官Gordon Sanghera表示：“这是一个极佳事例，说明了好奇承载的科学精神，以及在消除了成本和复杂性技术等障碍后，年轻科学家能做什么。”
相关论文信息：
https://doi.org/10.17912/micropub.biology.000654
