1905 年 10 月 19 日大臣会议正式进行了机构改革，其机构职能明显扩大，组织构成也进一步完善。起初大臣会议的所辖机构主要为小大臣会议和大臣会议办公厅。后来在大臣会议组织机构中又增加了一些附属机构，如彼得格勒通讯社、远东事务委员会和酒类专营特别委员会等。
在讨论对大臣会议进行改革时，曾有人建议将大臣会议改组成为类似于西方国家的现代内阁。但事实上，改革后的大臣会议主席虽然不再由沙皇担任，但是却仍由沙皇直接任命，并且大臣会议仍向沙皇负责，而不是向立法机构负责。可以看出，改革后的大臣会议与现代内阁仍不完全相同，大臣会议也因此保留了原有的机构名称。
1905 年大臣会议改革的直接目的是为了加强中央各直属部门的统一和协调工作，提高政府工作效率。改组后大臣会议主席由沙皇在其信任的大臣中间挑选和任命，而此时的沙皇仍然有权组织召开全体大臣会议并在会议期间行使会议主席的权力。会议召开期间若大臣会议主席缺席，沙皇有权任命某位大臣临时履行会议主席的职责。
改革后的大臣会议主席的职责相当于政府总理，享有广泛的行政权力。如大臣会议主席有权就重大问题单独向沙皇汇报和请奏；有权要求所属部门负责人就其关心的问题进行汇报和作出解释；大臣会议主席有权参加国务会议和大臣委员会组织召开的所有会议；各部、总局和委员会负责人在向沙皇提交的工作报告时须提前向大臣会议主席汇报并获得其批准，未获得大臣会议主席批准的工作报告和奏章各部门负责人不得向沙皇呈奏。
《大臣会议章程》规定在特殊情况下，各部门负责人呈奏的报告若无大臣会议主席批准，那么在其个人向沙皇呈奏时须有大臣会议主席同时在场等。1905 年 10 月改革后，大臣会议主要成员包括：内政大臣、财政大臣、司法大臣、工商业大臣、交通大臣、国民教育大臣、陆军大臣、海军大臣、御前大臣、外交大臣、土地管理与规划总局（1915 年 10 月 26 日改组为农业部）局长，国家监察总局和主教工会的负责人。
其他非正式成员如需参加会议讨论，则视所研究的问题临时由大臣会议主席确定。《大臣会议章程》第 13 条就大臣会议的主要职能进行较详细的规定。《大臣会议章程》规定，除了国家防务、外交政策及宫廷事务以外，涉及多部门的具有公共性质的行政事务均须通过大臣会议统一讨论和协调。
而涉及防务、外交和宫廷事务的问题在有相关部门负责人提出申请并获得沙皇批准后，大臣会议有权进行讨论和研究。具体而言，此时的大臣会议主要职责包括以下几方面：1、法律动议与咨询。大臣会议有权研究所属各部门提交与之相关的法律问题，获得通过后再交到国务会议和国家杜马讨论。2、对公共行政事务具有讨论和决定权。3、有权讨论所辖部门提交的机构章程的修订和主要中央和地方行政部门的人事任免问题。（陆军、海军、外交和宫廷部门除外）4、有权讨论由沙皇特别指定的关于国防、对外政策和宫廷事务等问题。5、大臣会议在国家预算、信贷及特别经费支出方面具有广泛权力。
如组织编写年度国家预算，发放特别贷款，负责协调各部委与财政部、国家监察总局关于财政预算的相关问题，有权向各部委拨发预算外款项等。6、原大臣委员会所辖的各类行政事务。除了以上行政事务管理权力以外，大臣会议还享有部分立法权。
按照 1906 年《国家根本法》第 87 条规定，在不与国家根本法、国家杜马章程、国务会议章程及选举法相抵触的前提下，大臣会议所有权在国家杜马休会期间批准通过一般性法律文件并在沙皇批准后直接实施。大臣会议须在国家杜马恢复工作后的两个月内将实施的相关法律文件交由国家杜马讨论，审议通过后即成为正式法律文件。
1905 年 10 月 19 日大臣会议改革后，原大臣委员会的部分权力改由大臣会议行使，如对公共行政事务研究，协调各部委工作，部分涉及陆军部和海军部利益的事务，各部门无法单独解决的事务，审议关于公共行政事务的法律文件，限制、加强或废除由沙皇批准施行的行政措施，研究涉及国家秩序、稳定及安全事务，研究国家粮食生产与供应问题，讨论研究重大突发事件等。
此外，原由大臣委员会负责的有关芬兰事务也开始由大臣会议负责处理。1906 年 4 月 23日大臣委员会被正式废止，其所辖事务大部分转交由大臣会议处理。为此，大臣会议组建了“小大臣会议”。小大臣会议主要负责国家行政方面的一般事务的讨论和研究。
