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晚清同治年间，在西宁府发生了回民武装暴动 ，首领是马桂源、马文义；参加这次运动的人，以回民为主，还有部分撒拉族民众。当时的西宁府隶属甘肃，地处河湟地区。这个地区回民暴动的突出特点：一是由教派之争演变为一场武装斗争；二是参与武装起事的回众欲迫使清廷交出地方权力，从而使暴动军控制了西宁地区。最后，这场动乱被左宗棠镇压。
清朝时期，甘肃省西宁府管辖西宁城、碾伯（今青海乐都） 、大通3县及巴燕戎格厅（今青海化隆）、丹噶尔（今湟源）、贵德、循化4厅。清代的散厅与县平级。西宁府统辖范围内部分回民和撒拉民属花寺门宦，即新教 ；另一部分回民则属于穆夫提门宦。史载，穆夫提门宦亦称“大会派”、“临洮教派”，也有称为“老教”的。
清咸丰初年，花寺门宦和穆夫提门宦开始发生矛盾。起初新老教派实际并无重大分歧，主要是因为争夺清真寺而引起纠纷的。乾隆年间爆发的“苏四十三起义” ，主要原因是清廷严禁新建清真寺。然而旧有的清真寺无法满足伊斯兰教信众举行礼拜、宗教功课、宣教活动所需，致使不同教派有时不得不挤在同一寺内诵经。那么多信众簇拥在一所清真寺内不仅难以伸展，而且难免因教义有别发生争论，遂引发纠纷，最后上升到肢体冲突、大型械斗。
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咸丰八年至九年（1858——1859），新老教信众在丹噶尔厅、巴燕戎格厅发生大规模械斗，有人员伤亡。1860年12月，署理西宁镇总兵马本源麾下撒拉族小军官马文义（即马尕三）（铁马读史头条号）趁军费困难而开始裁军之际，在巴燕戎格厅率回勇起事，旋即带领叛军与花寺门宦信众攻打西宁南川的穆夫提门宦信众。 马文义还趁机督众攻击与回民屡有冲突的西宁汉人民团，事情越闹越大。
1861年2月，花寺门宦和穆夫提门宦在西宁发生冲突，有伤亡。《钦定平回方略》记载，新老教信众发生冲突后，西宁知府朱百川将两教教首召、头目集召集至府衙调解，宣称：
“遵照旧章，不得添建礼拜寺，亦不得分别新老教，责成回民总约随时稽查”。
朱百川的训话，除了重申旧章——“不得分别新旧教”，强制花寺门、穆夫提两教仍旧在一寺内从事宗教活动之外，啥问题都没解决。
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由于西宁地区新老教争愈演愈烈，已经上升至“武斗”级别，未及清廷对该地区的统治，当时的陕甘总督乐斌派兵弹压。清军虽未与当地回、撒拉民众接仗，乐斌却一再捏造、谎报战功，经人举报，清廷派员赴西宁密查，将乐斌革职， 遣戍伊犁，任沈兆麟为陕甘总督。
1861年11月，沈兆麟“新官上任三把火”，立功心切，亲自赶到西宁府碾伯县，指挥清军官兵征剿盘踞巴燕戎格厅的撒拉军 ，途中被撒拉军伏击，惨遭大败，兵勇死伤不少，沈督率残兵败将仓惶退回西宁，旋即又狼狈返回兰州，向清廷“自请议处”。
《清实录·穆宗实录》记载，1862年6月，沈兆麟再次率军至西宁进剿。据他向清廷奏报：
“连日大小五六十战，毙贼四千余名，焚毁回庄多座，该匪被剿穷蹙，该喇嘛百户及总约马桂源率领十三工头人六、七十名，并撒、回三百余人，至代理巴燕戎格厅通判王锡文处，跪求投诚”。
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沈大人又在谎报军情、自夸其功。实际情况是马文义、马桂源尽量避开清军锋芒，实行韬晦之计，假意接受招抚，诡称罢兵息战，沈兆麟在奏报中无疑夸大了他的战功。
在率军镇压西宁回乱期间，沈兆麟还一本正经地草拟了一套《甘肃善后章程》 ，以加强对西宁地区的控制。此章程不但对花寺门、穆夫提两派严加限制，而且明确规定招募、训练“番兵”，即藏兵、羌兵，办理汉人团练，以震慑回族、撒拉族势力。沈兆麟天真地以为自己已经将回、撒叛军镇压了下去，便班师回撤兰州，于1862年7月28日由碾伯行至平番（今甘肃永登）三道沟时，突遇狂风暴雨，还夹杂着冰雹，山洪暴发，陕甘总督沈兆麟和亲随、卫弁37人被呼啸而下的泥石流裹挟、吞噬。
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【插图源自网络】
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