1724年,清政府取消明朝遗留下的卫所制,把宁夏卫改为宁夏府,隶属甘肃省,府城仍在宁夏城。下辖四县一州,即宁夏县、宁朔县,平罗县、中卫县和灵州。宁夏县和宁朔县的县署均设在府城内。清朝初期,游牧在伊犁河流域的蒙古准噶尔部首领噶尔丹勾结沙俄发动了分裂祖国统一的叛乱,于1690年悍然进军内蒙古,威逼北京。康熙皇帝曾三次亲自率军征讨,第三次亲征噶尔丹时,于1697年农历三月到达宁夏,视察军情,调兵遣将,布置军需运输,将宁夏作为组织最后剿灭噶尔丹的大本营。康熙皇帝在视察宁夏时说:“往昔未尝临边,不获目睹边地之苦,今巡行至此,视沿边之地方,土瘠民贫,但兵丁甚精锐。”康熙是清朝杰出的君主,他的宁夏之行,在当地留下了许多美好的传说。
1913年,袁世凯北洋政府改宁夏府为朔方道,旋又改为宁夏道,马福祥任宁夏护军使。1928年冯玉祥控制西北时,筹划国民党政府建立宁夏省。1929年1月宁夏省正式建立,辖九县二旗,即宁夏县、宁朔县、平罗县、中卫县、金积县、灵武县、盐池县、镇戎(今同心)县、磴口县和阿拉善旗、额济纳旗,门致中、吉鸿昌、马鸿宾先后充任宁夏省主席。在此期间,曾发生过一段“马仲英扰宁”的事件,这是宁夏现代史上一件震惊人心的大事。
马仲英确实是一位富有传奇色彩的人物,虽然只活了二十六岁,但在他短短的一生中,却做出了三围河州、两乱河西、洗永昌、屠民勤、扰宁夏、出新疆,横行甘、宁、青、新四省等许多惊天动地、令人瞠目结舌的事情。民间曾广泛流传着关于他的许多事迹,有些传说还涂上了一层迷信色彩。他的扰宁夏,当时民间艺人还编写了“马仲英打宁夏”的小调,到处传唱。事情还要从国民军入甘说起。
1924年冬,冯玉祥部国民军刘郁芬率部入甘后,接着孙连仲、佟麟阁、孙良诚、门致中等部也相继入甘。当时甘肃八镇的镇守使,分别为陇东张兆钾、陇南孔繁锦、肃州吴桐仁、河州裴建淮、宁夏马鸿宾、西宁马麟、凉州马廷勷、甘州马璘。
这些镇守使大都长期独霸一方,割据称雄。其中除宁夏镇守马鸿宾附冯外,其他各镇守使都害怕刘郁芬随时消灭自己。因此,陇东的张兆钾及陇南的孔繁锦,在吴佩孚的暗中操纵下,首先发难反对国民军。刘郁芬见此,正欲排除异己,不久就将张兆钾、孔繁锦等逐走,并将甘肃省第一师师长李长青、毕连陲等诱杀,将地方武装黄得贵、宋有才、韩有禄等部全部消灭,将河州镇守使换成自己的亲信赵席聘。这样一来,青海的马麟及凉州的马廷勷等大有兔死狐悲之感,随时提防刘郁芬向自己下手,马麟一直避而不愿和刘郁芬接触。在此阶段,刘郁芬的参谋长杨耀东在靖远被人刺杀,刘郁芬遂怀疑马麟或马廷勷派人所为,刘和二马的矛盾越来越尖锐,到了必欲消灭对方而后快的地步。