在第四次《忍界大战》时，药师兜之所以敢和带土合作，是因为他掌握了仙术，完成了蜕变。毫无疑问，此刻的药师兜已经超越了大蛇丸，他进入了龙地洞，学习了大蛇丸无法触及的仙术，成为忍界大战中除了带土和斑之外最大的反派。
此刻药师兜掌握的最强的能力就是仙术和秽土转生，但其实还有隐藏能力。我们也是在药师兜洗白之后才知道，原来他掌握了研究透彻的柱间细胞，在佐助被斑杀死之后药师兜赶往战场用柱间细胞成功救了佐助。那么问题来了，柱间细胞的强大不言而喻，药师兜同时掌握了柱间细胞和仙术，为什么从来不使用木遁呢？药师兜的战斗本来就不多，他唯一一次也是最经典的一战就是对战鼬和佐助。当时的药师兜几乎是压着鼬和佐助打的，但凭佐助和鼬一个人还真不好解决药师兜。
药师兜身怀仙术和柱间细胞，但是他却始终不使用木遁？甚至可以说药师兜也注入了大和残留的实验物质。之所以这一战中没有使用木遁，首先是对战鼬和佐助是没有必要，当时药师兜占尽了地利，在阴暗的巢穴中，他可以用无机转生发动更有效地攻击代替的木遁，其次就是鼬和佐助都有须佐能乎防御。药师兜的木遁就算在强，也不可能和柱间的真数千手一样拥有攻破须佐能乎的能力。
木遁虽然是很强大的攻击型忍术，但是面对拥有霸体的鼬和佐助，自然不会冒着消耗大量查克拉，还有几率被反吞噬使用木遁。不过假如药师兜转而和其他忍者战斗，那么木遁则会有很出彩的表现，只可惜药师兜开局遇到了会须佐能乎的宇智波两兄弟，也是最后一次战斗。
其次则是自身的原因，药师兜虽然拥有了柱间细胞，但是有没有掌握木遁还真是不一定，首先，木遁并不是拥有柱间细胞都可以使用的，不过药师兜的柱间细胞是研究得很透彻的，所以理应来说应该掌握了木遁。
而药师兜更偏向于辅助使用，将这种力量注入了白绝体内，并且创造了实验体大和。其实药师兜也不过是利用阿飞观察木遁的实验，有没有反噬能力等等。只可惜这件实验品还没有做出成果，药师兜就被伊邪那美强制洗白。
所以药师兜即便是掌握了木遁，也没有实践的机会或者说他不敢用。或许药师兜本想让阿飞试用，然后自己在掌握这种力量，只可惜被鼬终结了。但是药师兜的柱间细胞并没有被荒废，而是注入了佐助身体中，成功复活了佐助，也算是功过相抵吧，只能说鼬料事如神，即便是自己已死依旧给佐助留下了防备带土的天照，鸣人肚子里的别天神，还有最重要的药师兜的柱间细胞！忍界大战救了自己的弟弟。
