「改土歸流」，就是廢除西南各少數民族地區的土司制度，改由中央政府委派流官直接進行統治，實行和內地相同的地方行政制度。流官的任免、升遷、調遣均由中央政府決定，不能世襲。明代已經在西南地區部分地施行「改土歸流」，但大規模地在西南地區推行「改土歸流」，是在清代雍正年間。
我國西南地區歷來為少數民族聚居地區，苗、彝、瑤、壯、白等兄弟民族分布在貴州、雲南、廣西、四川和湖南等地。由於地處邊陲，交通不便，經濟文化較為落後，所以元明時期中央王朝對這一地區推行一種特殊的地方行政制度，即土司制度，也就是由中央政府指定當地少數民族的部族首領充任少數民族聚居區的各級官吏，史稱土司和土官。
土司有宣慰司、宣撫司、安撫司等官爵名號，雖是皇帝封賜，但實際上具有濃厚的割據性，官位實行世襲制。土官是按照漢族的地方行政制度設立府、州、縣，並委派少數民族的首領擔任土知府、土知州、土知縣。土官雖由朝廷委任，但和土司一樣，亦割據一方，世代世襲。初設土司、土官，以統治少數民族，曾在一定程度上起到維護中央王朝在這些地區統治的作用。但隨著土司制度的發展，土司的勢力越來越大，終成尾大不掉之勢，這些少數民族的上層首領或不聽中央號令，或陽奉陰違，或發動叛亂對抗朝廷，他們極力維護落後的舊制度，名為朝廷命官，實際是割據一方的土皇帝。地處邊隅的土司，更是「無事近患腹心，有事遠通外國」。他們自恃擁有轄地廣闊的世襲領地和大批驕兵悍將，根本不願受朝廷的約束，代表了分裂割據勢力，阻礙了少數民族地區社會政治、經濟、文化的發展，日益成為多民族國家統一的障礙。清初土司叛亂屢有發生。
雍正四年（1726），雲貴總督鄂爾泰奏請改土歸流，胤禛即委派鄂爾泰為雲南、貴州、廣西三省總督，辦理西南地區的改土歸流事宜。自此，清廷即在雲南、貴州、廣西、四川、湖南等地大力推行改土歸流，廢除土司，按照內地的府、州、縣行政制度，委派非世襲的流官進行統治。軍事上解除了土司的土兵，清廷另派軍隊到土司原來的管轄區進行駐紮。經濟上由中央政府統一丈量土地，然後制定統一的稅收標準。
清代的改土歸流，始於康熙朝，盛於雍正朝，收於乾隆朝。
雍正四年到雍正十三年（1726—1735），是清廷在西南地區實行大規模改土歸流的集中時期。清廷實行改土歸流的目的，是為了強化其在西南少數民族地區的統治。改土歸流之後，清廷在西南地區實行保甲制度，凡遇有事，「逐村清理、逐戶稽查」，加強了封建地主階級專政。在實施改土歸流的過程中，使用了武力進剿的手段，曾使少數民族地區的人民蒙受很大的戰爭災難，許多無辜的人民遭到清軍的殺戮，生產遭到嚴重的破壞。此外，由於清廷完全從有利於其統治目的出發，因此，改流並不徹底。清廷在雲南、貴州、四川裁去土司的「土官」稱號，取消其權力的同時，繼續授予「土舍」、「土弁」等名目，以此作為封建基層統治的工具以及中央委派來的流官的助手。個別地區甚至又設新土司，四川就曾新設安撫司11個、宣慰司1個。這就使得土司制度的殘餘得以長期保存下來。加之，清代吏治敗壞，許多流官貪婪成性，到任以後，大肆盤剝西南少數民族人民。所以，改流以後，許多地方殘破落後的局面並沒有很大變化。
但是，作為西南地區政權體制上的一次改革，改土歸流的歷史作用仍然是應當肯定的。首先，改土歸流有利於多民族國家的統一，有利於多民族國家內部的經濟、文化的交流，從而部分地消滅了長期以來存在土司政權的割據狀態，穩定了西南地區的政局。其次，改土歸流在某種程度上調整了生產關係，促進了西南少數民族地區社會經濟的發展。過去那種刀耕火種、與世隔絕的狀況，由於漢族地區先進的生產技術、耕作技術、優良的作物品種傳到了西南地區，對閉塞落後的西南地區的農業發展起了促進作用。再次，改土歸流後，由於政權體制的一致，有利於兄弟民族之間的滲透和交融，對於中華民族大家庭的鞏固和發展起了積極的作用。
