1206年，铁木真统一大漠南北各部落各部族，建立蒙古帝国，召开忽里台部族大会，被推举为蒙古可汗，被尊称为成吉思汗，在1225年西征归来，分封子弟功臣，建三大汗国，封四个万户、九十五个千户，在中央设立万人怯薛营，统领蒙古军队，颁布法典《大札撒》，命畏兀儿人塔塔统阿创造了畏兀儿体蒙古文字，使蒙古族摆脱了无文字无历史的原始部落状况。
形成了以皇室子弟为中心的黄金家庭，以此统领各万户、千户，使蒙古族一百人、军队十二万人完全控制在蒙古大汗为核心中央政府手中，完全打破丁落后的部落、部族及其联盟的松散的组织机构，提高了效率和权威，在其后的统治中发挥重要作用。
成吉思汗雕像
首先是蒙古帝国可汗和元朝皇位的继承存在着严重问题，造成内部斗争分裂政治动荡。在成吉思汗之后的汗位继承仍然延用忽里台大会推举产生。忽里台大会的成员为皇室成员太后及万户千户组成，是具有较强势力的皇族后裔家族所掌握，两派或多派相互争夺斗争，利益交换博弈，最终妥协而成，可汗对其对手进行清除杀戮，埋下了矛盾和祸患。彼此争斗，导致内部分裂削弱了帝国实力。
忽必烈继任大汗，造成了元朝和大漠两位可汗出现，不再是大帝国的可汗，忽里台大会仅在元朝内部使用，徒有形式。忽必烈延用汉王朝的帝王制度，预立皇太子，但受忽里台大会及皇族势力影响，皇位继承混乱。在四十年内有十位皇帝在位，有的仅几个月，或被废被杀，使政治动荡不堪，统治实力下降。
忽里台大会
其次是官员的世袭制度。自成吉思汗确立官员世袭制度后，历代实行无所更改，万户千户包括各路州县官均可世袭，成为政治低效顽固势力擅权的弊政，也形成各汗国独立相互征战的局面。也形成了军事将领鄙视汉臣文人的问题，使汉文化制度难以推行和教化，维护落后封闭的状况。
再次蒙元统治阶级重财富轻人力，多用一聚敛之臣。在蒙古帝国征战过程掠夺财富屠杀居民，在征服金国、南宋时有所收敛，但屠城时有发生。将被征服的人员除工匠外视为奴隶工具，随意处置，使大量的劳动力被杀害，在农业生产和基础建设方面受到重大影响。蒙古统治上层重用色目人为计相，掌握财税和经济大权，设置多种名目的税项，滥发钞币，发放高利贷，多为聚敛之人，贪纵压榨，饮鸩止渴，对国家和人民造成巨大损失。
蒙古可汗金帐
最后实行民族等级制度，造成民族歧视和不平等。在元朝将各民族划分四个等级：蒙古人、色目人、汉人、南人，蒙古人、色目人掌握主要权力，凌驾于汉人之上，享有特有待遇。在政治经济社会方面严重不平等，导致民族矛盾冲突不断。
蒙元时期的政治制度导致政治能力效率低下，蒙古人色目人重财重利，耽于享乐，无视民情民意，不注重民生，也没有进行有效的改革创新，没能学习借鉴汉王朝先进的制度和文化，固守着落后的封闭的思想意识，不思进取，也没有能总结前朝的经验教训，严重影响了汉化进程，促进政治社会发展，造成了民族社会矛盾，导致民变四起和农民起义，造成了统治基础不牢最终灭亡。
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