（一）台湾
台湾防卫总司令部是台湾地区防务体制中的重要军事指挥机构，其前身为1949年10月因第二次国共内战而暂不存在的国民政府军事委员会陆军总司令部。1950年4月16日，台湾防卫总司令部在高雄县凤山镇（现高雄市凤山区）改组整编为“陆军总司令部”，负责台湾地区陆军的军事事务规划、督导及执行。1958年，根据当局军事整编计划，陆军总司令部与台湾地区保安司令部等机构合并成立台湾警备总司令部。
台湾防卫总司令 孙立人（兼），安徽庐江人，非黄埔系出身，因与美军关系密切而受蒋介石猜忌。
第4军军长 薛仲述，广东乐昌人，薛岳二弟。
辖第59师（薛叔达）、第90师（彭问津）、第286师（陈鹏）。
第6军军长 苏时，湖北枝江人，黄埔军校第六期毕业。
辖第207师（周中峰）、第339师（马涤心）、第363师（何俊）。
第18军军长 高魁元，山东峄县人，黄埔军校第四期毕业，土木系成员。
辖第11师（刘鼎汉）、第43师（鲍步超）、第118师（李树兰）。
第23军军长 刘仲荻，江西龙南人，曾任中央军校第一分校（南宁分校）主任。
辖第96师（陈辅汉）、第211师（魏蓬林）、第139师（刘云五）。
第32军军长 李玉堂（兼），山东广饶人，黄埔军校第一期毕业。
辖第252师（康乐三）、第255师（柴正源）、第266师（冯陈豪）、第256师（耿若天）。
第50军军长 郑挺锋，海南文昌人，郑介民胞弟。
辖第36师（张国英）、第91师（高芳先）、第147师（张家宝），另有第107干部师。
第52军军长 刘玉章，陕西兴平人，黄埔军校第四期毕业。
辖第2师（郭永）、第25师（李有鸿）、第40师（张文博）。
第54军军长 张纯，湖南湘乡人，黄埔军校第五期毕业。
辖第8师（谢志两）、第198师（叶锟）、第291师（吴世英）。
第62军军长 李铁军（兼），广东梅县人，黄埔军校第一期毕业，原胡宗南系二号人物。
辖第151师（罗懋勋）、第153师（李铸灵）、第163师（林泽长）。
第63军军长 莫福如，广东茂名人，薛岳旧部。
辖第152师（陈中坚）、第186师（黄质文）、第321师（黄锡彤）。
第64军军长 张其中，广东蕉岭人，黄埔军校第四期毕业。
辖第131师（郑彬）、第156师（张志岳）、第159师（倪鼎垣）。
第67军军长 刘廉一，湖南长沙人，黄埔军校第六期毕业。
辖第32师（冯陈豪）、第56师（袁九鹏）、第67师（何世统）、第75师（王光尧）。
第75军军长 吴仲直，浙江诸暨人，黄埔军校第六期毕业。
辖第6师（朱元琮）、第16师（曹永湘）。
第80军军长 唐守治，湖南零陵人，黄埔军校第五期毕业。
辖第201师（郑果）、第206师（邱希贺）、第340师（胡英杰）。
第87军军长 朱致一，江西于都人，黄埔军校第六期毕业。
辖第222师（詹抑强）、第221师（吴渊明代）。
高雄、基隆要塞司令部。
（二）澎湖
澎湖防卫司令兼马公要塞司令 李振清，山东临清人，庞炳勋旧部。
第96军军长 于兆龙，山东滨县人，五省联军出身。
辖第39师（韩凤仪）、第87师（柴正源）、第121师（郭思义）。
（三）金门
金门防卫司令官 胡琏，陕西华县人，黄埔军校第四期毕业，土木系核心成员。
第5军军长 高吉人，陕西靖边人，黄埔军校第四期毕业。
辖第14师（尹俊）、第200师（麻心权）、第13师（刘明奎）。
第19军军长 刘云瀚，江西大庾人，黄埔军校第七期毕业，土木系成员。
辖第18师（孟述美）、第45师（劳声寰）、第196师（张定国）。
（四）马祖
马祖指挥官，第92师师长李毓南兼。
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