雖然朱元璋最大的對手陳友諒、張士誠先後敗亡，但是朱元璋的軍事行動並沒有停止。此時的軍事行動主要是針對盤踞在浙江的方國珍。
方國珍雖然佔了反元首義的名頭，但是似乎海上出身的勢力總是首鼠兩端，天生就是投降派。往後推三百年，明末的鄭芝龍同樣如此。方國珍在朱元璋做大後，時而挺朱，時而挺元，反正誰都不得罪。
哪邊來人他都好吃好喝地招待着，要錢給錢，要糧給糧。當初張士誠斷了大都方面的糧草之後，就是方國珍「忠心耿耿」地從浙江走海路給大都送糧，維持元廷的運行。
這件事後來朱元璋知道後還寫信斥責了方國珍，可是方國珍依然是唯唯諾諾，嘴上稱是，私底下卻並不老實。後來經過幾次外交戰線的鬥爭，方國珍答應，只要朱元璋攻下杭州，他就納地來朝。
至正二十六年十一月，李文忠攻下了杭州，方國珍就裝傻，拒絕實現承諾。而且仗着背後有元廷撐腰加官進爵，方國珍漸漸傾向於「元朝正朔」，與老朱漸行漸遠。
這誰能忍？恰逢當時徐達等人都在前線圍攻平江，朱元璋想想，啊我能忍，暫時沒空管他。方國珍這邊也不傻，他一直在觀察江南的戰局，眼見張士誠大勢已去，平江城是守不住了，便在至正二十七年三月派人去應天朝貢。
但此人一邊對朱元璋朝貢，另一邊繼續勾結元廷結交陳友定。這次朱元璋就忍不住了，寫了封信給方國珍，例數其十二大過，而且讓方國珍給交二十三萬石糧草。原文如下：
汝初納款謂杭城克即獻土來歸，此汝左右之士共保富貴之良謀也，豈意汝懷奸挾，詐陽降陰畔數相愚弄，張士誠與爾壤地相接，取爾甚易然，所以不敢加兵於爾者誠以吾力能制之爾，故得以安處海隅坐享三郡之富是我大庇於爾也，爾乃自爲不祥，背棄信義時遣姦細覘我動靜，潛結陳友定以圖相援，彼自救不暇何暇救人爾，何惑之甚也。
今明以告爾吾師下姑蘇，即南取溫台慶元水陸並進無能御也，爾早於此時改過效順，能盡以小事大之義猶可保其富貴以貽子孫以及下人，如其不然集三郡之兵與我一較勝負亦大丈夫之所爲，不然舍三郡之民爲偷生之計，揚帆乘舟竄入海島，然吾恐子女玉帛反爲爾累，舟中自生敵國，徒爲豪傑所笑也，非分之恩不可數得，爾宜慎思之。
這封信送到方國珍手上的時候，方國珍看完怕的要死，於是召集手下人等商量該如何應對。
先是郎中張本仁很自信地對方國珍說道：「江左之兵，方圍姑蘇姑，蘇勍敵也，國富兵強高城深池懷必死之志勝負難必，彼安能輕越千里而取我？」
這完全就是沒腦子的說法了，那打完蘇州朱元璋就不能休息了？還是說這幾個人明天就快死了過一天就一天？
另一個謀士劉庸也點頭稱是道：「江左兵多步騎，步騎平地用也，施諸海濱其如吾海舟何？」
這也不靠譜，朱元璋和陳友諒決戰打的是什麼？水戰啊。朱元璋一個正兒八經的南方政權，國號都是吳，你不能說你比他更南他就是個北方政權，沒這樣的道理。除非你打定主意跑海上去，那另說。但是鄭芝龍那等大海商加大海寇都不願意，方氏又豈會願意？
但奇怪的是，這兩人發完言，方國珍的那些弟弟侄兒竟然都覺得說得很有道理，都很膨脹表示不用怕，我們海軍完爆朱元璋。
只有一個明白人據理力爭對方國珍說：「此二者皆非所以爲公福也，惟智可以決事，惟信可以守國，惟直可以用兵，江左一下姑蘇出兵南向，乘勝而驅責吾背叛之罪辭，直而師壯吾誰與爲援者將一敗塗地矣，莫若遣使奉書明示不敢背德，庶幾可以解紛息兵而公得以常保富貴福及子孫不然禍至無日矣。」
忠言歸忠言，但是方國珍這傢伙蛇鼠兩端又遇事猶豫不決，他一直不知道到底是該戰還是該降，他覺得先把金銀珠寶運到海上是肯定沒錯的，於是「日夜運珍寶集巨艦爲泛海計。」所以這也是個被時勢造出來的假英雄。
朱元璋對方的動作那是一清二楚，只不過目前騰不出手來教訓他。至正二十七年九月，平江已下，朱元璋即遣朱亮祖領兵屯駐新昌攻打關嶺山寨，不費吹灰之力拿下，進而收取天台縣。
這樣方國珍的老巢台州就暴露在了朱亮祖面前，朱亮祖馬不停蹄地進攻台州，方國珍的弟弟方國瑛出戰，方國瑛不敵朱亮祖，沒過幾天台州淪陷，方國瑛只得乘坐巨艦從海上跑路走人。
為了加快進度，朱元璋又派湯和為征南將軍，吳禎為副將軍，進攻慶元。朱亮祖則從黃岩方向進攻溫州，於溫州城南七里列陣。方國珍的兒子方明善出戰，這方明善又哪是朱亮祖的對手，沒多久就敗下陣來，太平寨也丟了，朱亮祖兵臨城下。分兵猛攻東西兩門，當天就拿下溫州，方明善跑路。
朱亮祖不敢怠慢，領兵窮追不捨，一直追到海上一個叫盤嶼的位置，當時湯和和吳禎已經攻下了慶元，方國珍也出海跑路，吳禎也追到了盤嶼。於是兩人合力又大敗方國珍。十一月十七日，朱元璋又加派廖永忠增援湯和。
十二月，湯和派人拿信勸降方國珍，方國珍見大勢已去也不再頑抗，讓他的兩個兒子方明善，方明則向湯和交上大印投降，又派另一個兒子方明完親自去應天謝罪乞降。他親自寫了一封很可憐的謝罪信給朱元璋，原文如下：
臣聞天無所不覆地無所不載，王者體天法地於人無所不容，臣荷主上覆載之恩久矣，不敢自絕於天地，故一陳愚衷知必有以容臣者。
臣本庸才昧於學術，遭時多故起身海島，非有父兄相藉之勢，與眾馳逐又非有圖成望大之心，不過欲得湯武之君爲之依附而已，向者王師之渡江左霆擊電揮至於婺城，遠近震驚是以遣子拜師歸心效順，惟時固已知主上有今日矣，所以依日月之末光望雨露之餘澤者也，而主上推誠布公賜手書歸質子俾守城邑如錢鏐故事，奉遵約束不敢有違。
豈意從子明善不戒擅構釁端，得罪實深固不可角□羊，今者，守強之吏馳書飛報言天兵遠臨，聞之不勝駭愕惶惑失措，遂俾守者奉迎王師，然而未免浮海何也，昔有孝子於其親遇小杖則受大杖則走適與相類竊自咎，十年之間非主上無以至今日，一旦墮墜天下後，世必有以議臣者敢冒斧鉞之誅，遣子入侍，伏望複全覆育之恩，更加生成之賜容歸老死使子侄輩得全餘生以聽驅策實臣萬幸。
這封信大概的意思就是臣聽聞老天沒有哪裡覆蓋不到的，大地沒有什麼是他不裝載的，臣受主上的恩德已經很久了，不敢自絕於天地，所以現在希望主上知道我的苦衷寬容臣。臣以前就是一個庸才，又沒讀過什麼書，只不過因為一些變故所以才在海島起家，並沒有父兄的勢力幫助，臣又沒有什麼爭奪天下的心，只不過想得到一位湯武一樣的君王，依附於他，當初主上的軍隊以雷霆之勢攻下婺州，臣就知道主上會有今天這番風光，故而一直依附主上，不敢有違，但是誰料想我那個不孝子明善背着我做了如此大逆不道之事，臣聽聞主上大軍壓境得到時候誠惶誠恐不知所措的去了海上，還命令守城者迎奉王師。我這十餘年不是主上照顧，我也不會又今天，臣現在讓兒子來侍奉主上，希望主上能夠讓我安享天年平平安安的度過餘生就是臣的萬幸了。
我估摸着朱元璋看到這封信的時候心裏應該是不屑的。陳友諒命亡流矢、張士誠死守平江。這兩個人，不管性格上有多少缺陷，但都稱得上亂世反王。
唯獨方國珍一直在那裡不陰不陽、不戰不降，打打不過，噁心，要來噁心別人。不教訓一下就以為可以和我掰掰手腕，稍微教訓一下你，你就把所有的責任都推給自己的兒子，都是他們背着你乾的，你不想這麼做。
不過考慮到方國珍在浙江沿海地區根深蒂固，倘若逼急了，他潛入大海天天和你打游擊，那真是要煩死，故而還是接受了方國珍的投降，對他的行為既往不咎。至此元末群雄起事最早的方國珍被滅，從頭到尾稱霸十九年，江浙之地盡歸朱元璋之手。
軍事和內部制度上完成改革的朱元璋意氣風發，當然此時的他也非常大度，平江城裡俘虜的有元廷宗室神保大王等九人，朱元璋也不為難他們，直接派人送他們回大都同時還帶了一封信給元順帝。原文如下：
「曩者，天棄金宋，曆數在殿下祖宗，故以韃靼部落起事沙漠入中國與民爲主，傳及百年至於殿下，海內兵興豪傑紛起擾亂中原，邑里蕭條，縱有遺民又處朝秦暮楚之時，民庶之不安已十七載矣。
如予者父母生於元初定天下之時，彼時法度嚴明，使愚頑畏威懷德，強不凌弱眾不暴寡，在民則父父子子夫夫婦婦各安其生，惠莫大焉古者帝王混一止乎，中原四夷不治，惟殿下之祖宗四海內外殊方異類盡爲土強亘古所無，豈意辛卯之年妖人橫起不三四年間海內海外勢如瓦角□羊，殿下屢嘗命將征伐國勢日衰妖氣愈盛，遂令故將大臣服毒而歿臨陣而陷十常八九，如以義旗而興爲將者李察罕張思道李思齊雖能殄滅妖寇，功已高權已重豪傑之志在焉。
殿下不能誰何尤甚於妖人之作亂也，蓋其心不異曹操奉漢獻帝於許下，殿下豈不知之前妖人之作亂權臣之跋扈，非妖人易於作亂權臣易於跋扈，此蓋殿下不能體祖宗所爲故天將棄之，如棄金宋之時，事不可救，予本庶民，因亂起兵保障鄉里，官軍隔絕遂爲眾所推戴，數年以來因輯眾撫有江東，兩浙湖湘兩淮漢沔江西嶺廣人各生理近，殄滅反側張士誠於彼得神保天王及黑漢等九人，昔殿下祖宗滅金宋盪除其宗室親王駙馬盡行殄滅亦何忍也，將謂已王天下有萬世之永時運在天，豈由人乎，今我則不然所獲元氏子孫悉皆放歸，望殿下思祖宗之傳以善待之。」
這封信其實就是在元順帝面前無形凡爾賽。在順帝本紀里沒提到過這封信，但是作為今時今日朱元璋送來的信，元順帝應該還是會看看的。
這封信里朱元璋對於元順帝的稱呼還是很有禮貌的，直呼殿下。直言你蒙古人的衰落是因為天命如此，就如同當年上天放棄金宋幫助你們蒙古人一樣，稱龍鳳政權為妖人，且提醒漢獻帝你身邊的察罕呀，王保保呀，李思齊這些人固然能夠幫你剿滅妖人，但是這些傢伙每一個都想當曹操，他們看你就像曹操看漢獻帝一樣。
我起兵開始只是為了保衛鄉里，後來這麼多年下來才有今天的勢力，當年你的祖先滅金宋之時，對兩國宗室屠戮殆盡，這是不對的，現在我也俘獲了殿下你的元室子孫，但是我不會和你祖先一樣殺了他們，我現在把他們放回來，希望殿下能夠好好善待他們。元順帝看到這封信的內心應該是想罵娘的。
朱元璋雖然對元順帝的稱呼還是客氣，但是言語中已經透露出天命不在你的意思，同時還在信中離間了元順帝同王保保李思齊這些人的關係，針對性很強，堂皇陽謀。
也正是這封信以及其後的表態很多人認為明初明朝是個蒙古化的政權。某些不講究文獻引用格式的日本學者還特別喜歡說朱元璋崇拜蒙古。雖然此信承認蒙元的合法性，稱自己曾經的宗主為妖人，把蒙元入主華夏說成天意，但是仔細回頭一想其實朱元璋此時也是沒有辦法，雖然他此時大業初成，但是他還是需要地主文人階級合作，而且他自己的隊伍里元朝的降官可是佔據相當重要的地位。
可能朱元璋覺得這個逼裝得不過癮，於是馬上又給王保保寫了一封信，上次寫完信讓王保保直接開戰，這次我們來看看他寫的什麼：
「曩者，累遣使皆被拘留，未審合下雅意若何，今都事李節思歸特遣人送去，所拘使者亦望發還，方今天下豪傑如萌芽之發尚未長成，合下如存大義宜整師旅聽命於朝令四境貢賦入京，或時赴朝廷與君共謀大事以安天下，可也不然，名爲臣子而朝廷之權專于軍門，縱此心自以爲忠，安能免於人議，若猶豫不決，恐變生部屬，事有難言，合下果忠於君，當以赤心事之，若有他圖，速宜堅兵以固境土，予近於九月初八日削平姑蘇張氏，江南已定，東連天海西抵巴蜀南及嶺廣止有閩中一區，已遣偏師征討，旦夕必下，即目諸軍屯駐在內居間養銳，合下如欲借力但遣一使至即時調發應援薄有金織文綺四端用見遠意。」
這已經完全膨脹的沒有逼數了，直接告訴王保保，你趕快把之前的使者還給我，你要是忠於王事就趕快進京同順帝商量怎麼平定天下，如果你有其他圖謀就擁兵自重固守自己的疆土，當然如果閣下想要同我合作我這邊也樂意配合。但是此時的王保保只能看着朱元璋在他面前耀武揚威，因為此時的他還在和李思齊較量，而且元廷對他的態度則越來越曖昧了。
辦完了這些國事，朱元璋對於有功之臣也必須要賞，九月徐達班師回朝的時候，朱元璋把右相國李善長，左相國徐達，平章常遇春，都督馮勝，平章湯和胡廷瑞，右丞廖永忠，左丞華高，都督康茂才，都督副使張興祖、梅思祖，參政薛顯，趙庸，曹良臣及各衛指揮千百戶於戟門，開始大肆封賞功臣。
先是封李善長為宜國公，徐達為信國公，常遇春為鄂國公，當然不只是加官進爵，還是有物質獎勵的，那就是彩絹，徐達十一匹，常遇春十匹，胡廷瑞馮勝各九匹，曹良臣各八匹，廖永忠華高康茂才各七匹，薛顯趙庸張興祖梅思祖各六匹，各指揮使五匹，千戶四匹，百戶人三匹，軍人米一石鹽十斤。從這裡可以看出，有些後起之秀還沒有起來，還有繼續拼搏爵位的機會。
可能看慣了各種歷史小說和電視劇的各位覺得這也太小家子氣了，才這麼點。但是說真的，這在當時已經很多了。尤其是最後每一位士兵都有一石米差不多114斤，還有10斤鹽，這些獎勵足以讓軍心提升一個檔次了。
