百團大戰結束之後,蔣介石雖然明面上嘉獎了八路軍,對中國共產黨領導的敵後抗日武裝進行了表彰,但是也暴露了八路軍的實力,要知道1937年的時候八路軍才五萬餘人,但是才過了三年多的時間,就發展成為了擁有50多萬兵力100多個團的強大兵團,這讓蔣介石非常的擔心。百團大戰結束之後,蔣介石開始更加頻繁地和八路軍,新四軍等摩擦,還想消滅實力尚處於弱小的新四軍。
1940年10月19日,蔣介石致使何應欽,白崇禧以國民黨軍事委員會正,副總參謀長的名義致電八路軍總司令朱德,副總司令彭德懷,新四軍軍長葉挺,副軍長項英等,要求黃河以南的八路軍,新四軍等部隊開赴黃河以北地區進行整編。想要限制八路軍,新四軍的發展,或者想借日本人的手除掉八路軍,新四軍等部隊。
11月9日,朱德,彭德懷,葉挺,項英等將領駁斥了國民黨的無理要求。但是為了顧全抗戰大局,仍然答應皖南新四軍部隊開赴長江以北地區,針對中國共產黨方面的讓步,國民黨軍方面並沒有予以理睬,仍然命令第三戰區總司令顧祝同,第32集團軍總司令上官雲相集結兵力,準備向新四軍發動進攻。
1940年12月底,32集團軍總司令上官雲相在徽州召開軍事會議,參加會議的還有23集團軍總司令唐式遵,50軍軍長范子英,25軍軍長張文清,52師師長劉秉哲,40師師長方日英等國民黨軍隊高官,此次會議的目的要根據蔣介石的密令,制定作戰計劃,秘密,迅速,徹底地把新四軍消滅掉,不使漏網。會議結束之後,顧祝同和上官雲相已經在皖南調集了八個師八萬人的兵力,有兩個師還是從浙東和浙西前線調過來的,這樣大規模的兵力部署,讓日本人一度以為是要進攻他們。
1941年1月6日,國民黨軍40軍派出的搜索連和新四軍偵查部隊交火,早已埋伏好的國民黨軍八萬官兵開始行動,對行進到安徽涇縣茂林地區的新四軍部隊發動進攻。由於新四軍軍部領導意見不合,導致喪失了最佳的突圍時機,新四軍軍部以及直屬部隊共9000多人幾乎全軍覆沒。
皖南事變對新四軍的打擊是非常巨大的,但是在這場戰爭中,卻有一支部隊成功突圍了,那就是傅秋濤率領的新四軍一縱。當時一縱行進在左翼,戰鬥一開始,一縱電台就被擊毀了,喪失了和軍部的聯繫,傅秋濤立刻召集各部隊幹部開會,僅僅用了幾個小時就制定好突圍計劃,部隊迅速突圍,最後這支部隊由2000多人成功突圍,成為了後來新四軍重建的種子。1955年,傅秋濤被授予上將軍銜。