1724年，清政府取消明朝遺留下的衛所制，把寧夏衛改為寧夏府，隸屬甘肅省，府城仍在寧夏城。下轄四縣一州，即寧夏縣、寧朔縣，平羅縣、中衛縣和靈州。寧夏縣和寧朔縣的縣署均設在府城內。清朝初期，游牧在伊犁河流域的蒙古準噶爾部首領噶爾丹勾結沙俄發動了分裂祖國統一的叛亂，於1690年悍然進軍內蒙古，威逼北京。康熙皇帝曾三次親自率軍征討，第三次親征噶爾丹時，於1697年農曆三月到達寧夏，視察軍情，調兵遣將，布置軍需運輸，將寧夏作為組織最後剿滅噶爾丹的大本營。康熙皇帝在視察寧夏時說：「往昔未嘗臨邊，不獲目睹邊地之苦，今巡行至此，視沿邊之地方，土瘠民貧，但兵丁甚精銳。」康熙是清朝傑出的君主，他的寧夏之行，在當地留下了許多美好的傳說。
1913年，袁世凱北洋政府改寧夏府為朔方道，旋又改為寧夏道，馬福祥任寧夏護軍使。1928年馮玉祥控制西北時，籌劃國民黨政府建立寧夏省。1929年1月寧夏省正式建立，轄九縣二旗，即寧夏縣、寧朔縣、平羅縣、中衛縣、金積縣、靈武縣、鹽池縣、鎮戎（今同心）縣、磴口縣和阿拉善旗、額濟納旗，門致中、吉鴻昌、馬鴻賓先後充任寧夏省主席。在此期間，曾發生過一段「馬仲英擾寧」的事件，這是寧夏現代史上一件震驚人心的大事。
馬仲英確實是一位富有傳奇色彩的人物，雖然只活了二十六歲，但在他短短的一生中，卻做出了三圍河州、兩亂河西、洗永昌、屠民勤、擾寧夏、出新疆，橫行甘、寧、青、新四省等許多驚天動地、令人瞠目結舌的事情。民間曾廣泛流傳着關於他的許多事迹，有些傳說還塗上了一層迷信色彩。他的擾寧夏，當時民間藝人還編寫了「馬仲英打寧夏」的小調，到處傳唱。事情還要從國民軍入甘說起。
1924年冬，馮玉祥部國民軍劉郁芬率部入甘後，接着孫連仲、佟麟閣、孫良誠、門致中等部也相繼入甘。當時甘肅八鎮的鎮守使，分別為隴東張兆鉀、隴南孔繁錦、肅州吳桐仁、河州裴建淮、寧夏馬鴻賓、西寧馬麟、涼州馬廷勷、甘州馬璘。
這些鎮守使大都長期獨霸一方，割據稱雄。其中除寧夏鎮守馬鴻賓附馮外，其他各鎮守使都害怕劉郁芬隨時消滅自己。因此，隴東的張兆鉀及隴南的孔繁錦，在吳佩孚的暗中操縱下，首先發難反對國民軍。劉郁芬見此，正欲排除異己，不久就將張兆鉀、孔繁錦等逐走，並將甘肅省第一師師長李長青、畢連陲等誘殺，將地方武裝黃得貴、宋有才、韓有祿等部全部消滅，將河州鎮守使換成自己的親信趙席聘。這樣一來，青海的馬麟及涼州的馬廷勷等大有兔死狐悲之感，隨時提防劉郁芬向自己下手，馬麟一直避而不願和劉郁芬接觸。在此階段，劉郁芬的參謀長楊耀東在靖遠被人刺殺，劉郁芬遂懷疑馬麟或馬廷勷派人所為，劉和二馬的矛盾越來越尖銳，到了必欲消滅對方而後快的地步。
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